计算化学公社
标题: 台式机想要加个独立显卡用GPU加速算GROMACS,请大家给点建议 [打印本页]
作者Author: MSer 时间: 2022-1-14 15:07
标题: 台式机想要加个独立显卡用GPU加速算GROMACS,请大家给点建议
本帖最后由 MSer 于 2022-1-14 15:14 编辑
大家好，最近拜读了sobereva大佬的：GROMACS的原生Windows版的编译和安装方法（http://bbs.keinsci.com/thread-11848-1-1.html），而自己的模拟体系比较大，约27万个原子，想要用GPU加速提高计算速度，但奈何在下对计算机配置方面是个小白，特此向各位大佬求助，请问我可以买个什么样的独显呢？（台式机，预算2000-5000左右，如果性能提升明显，预算还可以增加），以下是我台式机配置，请大家提提宝贵意见，万分感谢！
台式机配置：
CPU： i5-11500
散热器：九州风神玄冰400
主板： 微星B560M BOMBER
内存： 海盗船复仇者8G*2 DDR4 3200
系统盘：三星9A1 512G M.2 NVME
仓库盘：希捷1T 7200 r/min
机箱： 先马工匠5号 商用中塔式
电源 ： 长城GW-6000SW 额定500W
显示器：红米1A 24寸
作者Author: 牧生 时间: 2022-1-14 15:55
本帖最后由 牧生 于 2022-1-14 16:04 编辑
看起来你的预算不多啊
GPU跑gromacs比CPU快数十倍，所以，十分十分有必要配制显卡。
你的体系有27万原子的话，纯CPU，估计几乎跑不动，或者慢的你根本没耐心等到1 ns。。
由于预算好像不是很充分，那么最低最低档，也建议1080TI。即使买二手的1080TI（虽然性能也还算不错）。但是你的体系也不算小，1080TI每天大约也就10多ns，估计后期跑来的时候，你自己会觉得慢的受不了，还不如增加点钱，一步到位，直接买个2080TI及以上的卡。
其他硬件方面，一千人有一千种说法，主要还是看自己用起来觉得合适就行。
作者Author: sobereva 时间: 2022-1-14 16:00
这里明确说了GPU加速的配置
计算化学购机配置推荐
http://sobereva.com/444
PS：以后甭用长城的破电源
作者Author: MSer 时间: 2022-1-14 16:10
好的，那我跟导师再说说，哈哈，谢谢
作者Author: MSer 时间: 2022-1-14 16:20
好的，谢谢sob老师，这篇我也看了，只是不知道3070对我的电脑配置适不适用（能不能发挥显卡性能），就先来问一问大家有什么其他建议
。
作者Author: MSer 时间: 2022-1-14 16:45
抱歉打扰您了，冒昧的问一下，有大致的运行速度对比吗？就例如27万原子，1080Ti一天10几ns，2080Ti一天多少ns这样的直观的对比吗？
是否可以借鉴显卡性能天梯跑分进行对比，比如NVIDIA GTX 1080Ti 943分 ；NVIDIA GeForce GTX 2080Ti 1207分； NVIDIA GeForce GTX 3070Ti 1295分; 那 2080Ti 的计算速度就是1080Ti 的1.3倍这样吗，还是说没有直接的关联呢。
作者Author: 牧生 时间: 2022-1-14 16:51
本帖最后由 牧生 于 2022-1-18 14:30 编辑
我试了一下我现成的9.1万原子的表面活性剂体系，用的三点水模型，截断为1。
用gmx 2021.4，加了-update gpu选项，cpu使用16线程
3090的速度为 282 ns/day，GPU使用率85%
1080TI的速度为 120 ns/day， GPU使用率95%
我并不认为显卡天梯图与计算速度有简单的比例关系
使用一个29.3万原子的体系
3090的速度 87 ns/day ， gpu使用率90%
1080TI的速度37 ns/day， gpu使用率98%
若只使用CPU（6149）来跑，指定16核（开了超线性），速度为7.9 ns/day
经过速度对比，3090大约是1080TI的2.3~2.5倍的速度。
作者Author: MSer 时间: 2022-1-14 17:08
嗯嗯，好的，谢谢，大致有个参考就行
作者Author: Acee 时间: 2022-1-14 21:15
27万原子的体系，就你目前的预算，计算速度相当慢，想要达到一个较长的时间尺度，建议考虑使用coarse-grained model。这样的话，在GPU配置较差的情况下达到一个不错的时间尺度和空间尺度。
作者Author: sobereva 时间: 2022-1-15 07:18
coarse-grained model不能轻易用。很可能在折腾粗粒化模型上不仅浪费大量时间，最后还糟质疑，最后达到数据发表花的时间成本远高于直接用全原子模型，何况对于如今GPU加速来说算这样大小的体系根本不算什么事（除非要跑到微秒级别而且真有特别适合的粗粒化模型才适合用）。
作者Author: sobereva 时间: 2022-1-15 07:20
3070完全适合用
作者Author: 喵星大佬 时间: 2022-1-15 21:10
上次教你一个update给你省了多少时间啊，哈哈哈哈哈
作者Author: 牧生 时间: 2022-1-16 08:00
当事人非常开心
作者Author: lonemen 时间: 2022-1-16 09:56
咦，这个技巧好
作者Author: adong 时间: 2022-1-16 11:39
使用GPU加速，请问加入 -update gpu 选项，是只需要在cpu执行命令基础上多加入这个，还是也得同时指定 -nb gpu ？
作者Author: 牧生 时间: 2022-1-16 11:52
本帖最后由 牧生 于 2022-1-16 11:55 编辑
我用的命令是： gmx mdrun -deffnm md -v -ntomp 16 -ntmpi 1 -gpu_id 0 -update gpu
我没有用-nb，也没有-pin on等。从我使用的经验来看，对于双路cpu+两个显卡，如果跑两个任务，且分别指定不同的显卡，指定CPU的核数不超过单CPU物理核心数的时候，gmx已经很聪明的会自动分别调用两个cpu，不会冲突。 对于在gpu上跑任务时，cpu核数不宜过多。你可以自行测试，开启和关闭超线程情况下的计算速度，指定不同cpu核数下的计算速度。
作者Author: dinghongming 时间: 2022-1-16 13:01
3060Ti应该可以，性价比也很高~
作者Author: adong 时间: 2022-1-16 21:32
收到，非常感谢
作者Author: MSer 时间: 2022-1-17 08:35
好的，谢谢sob老师
作者Author: Entropy.S.I 时间: 2022-1-17 21:25
1080Ti跑27w原子，rvdw=1.4，榨干（利用率98+）后速度27ns/d，你这11也太慢了，1fs步长？
作者Author: Entropy.S.I 时间: 2022-1-17 21:28
用更强的CPU榨干显卡，3090（3080Ti）是1080Ti的3倍
作者Author: 牧生 时间: 2022-1-17 21:53
我设置rvdw为1，用的2fs。1080ti有30多ns/day，我也不再奢求什么了。
6149能榨gpu到现在这个程度，我已经非常知足了。毕竟，我的主业也不靠模拟谋生。
作者Author: abdoman 时间: 2022-2-11 10:17
需要注意一点的是，你当前的电源是500W
就算只上1块GPU，这个功率肯定不够安全，至少也得750W往上走。
因此，需要换电源。
而且还得注意GPU的电源接口是2个8pin还是6+8pin（注意换电源时的模组线）
作者Author: chenbq18 时间: 2022-2-18 21:07
请问 您的gpu利用率怎么这么高。我的v100的卡32g，一万多个原子，利用率也就三四十。cpu给了10核，开了pin on反而更慢了呢
作者Author: 牧生 时间: 2022-2-18 21:09
本帖最后由 牧生 于 2022-2-18 21:21 编辑
一万多原子，利用率三四十也差不多。GPU加速，要体系大了才能体现出优势，起码十万原子以上才能看出优势。
这个命令就足够了
gmx mdrun -deffnm md -v -ntomp 16 -ntmpi 1 -gpu_id 0 -update gpu
作者Author: chenbq18 时间: 2022-2-19 10:35
好的 多谢
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