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标题: Gaussian PH=13的水溶液，做过渡态如何输入溶剂条件 [打印本页]

作者
Author: 王婷婷 时间: 2022-1-14 16:49
标题: Gaussian PH=13的水溶液，做过渡态如何输入溶剂条件
请问做高斯过渡态计算体系是水溶液，溶剂是水，体系的PH=13，碱性环境，存在的SCN-，该如何输入这个PH=13的溶剂条件，
是直接在体系中加入一个OH-，选择水做溶剂吗？

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Author: wzkchem5 时间: 2022-1-14 17:21
对，注意OH-的第一配位层要显式描述，另外画Gibbs energy profile的时候要把OH-的浓度从默认的1mol/L校正成0.1mol/L，或者也可以不校正但写明[OH-]按1mol/L算而非按pH=13算

作者
Author: 王婷婷 时间: 2022-1-14 20:25

wzkchem5 发表于 2022-1-14 17:21
对，注意OH-的第一配位层要显式描述，另外画Gibbs energy profile的时候要把OH-的浓度从默认的1mol/L校正成 ...

请问OH-的第一配位层要显式描述的意思是什么？是指还需要画一个H2O分子吗？

作者
Author: wzkchem5 时间: 2022-1-14 20:36

王婷婷发表于 2022-1-14 13:25
请问OH-的第一配位层要显式描述的意思是什么？是指还需要画一个H2O分子吗？

要画不止一个，应该至少要画3个，分别和OH-的O形成一根氢键，但是我拿不准3个是不是够了，最好查研究[OH(H2O)n]-团簇的文献，会告诉你需要加多少个水才能算准

作者
Author: 王婷婷 时间: 2022-1-14 20:40

wzkchem5 发表于 2022-1-14 20:36
要画不止一个，应该至少要画3个，分别和OH-的O形成一根氢键，但是我拿不准3个是不是够了，最好查研究[OH( ...

好的我去学习以下这个内容。非常感谢您的指导

作者
Author: dnlx 时间: 2022-1-17 23:03

wzkchem5 发表于 2022-1-14 20:36
要画不止一个，应该至少要画3个，分别和OH-的O形成一根氢键，但是我拿不准3个是不是够了，最好查研究[OH( ...

顺便请教一下，如果模拟水溶液中铁离子和亚铜离子之间的氧化-还原反应：

Fe(III) + Cu(I)Cl2 --> Fe(II) + Cu(II)Cl2
是不是也需要给两个金属离子加上足够的水分子配位体？但这样一来，铁离子和亚铜离子就不容易直接碰撞、发生电子得失了。

作者
Author: wzkchem5 时间: 2022-1-17 23:16

dnlx 发表于 2022-1-17 16:03
顺便请教一下，如果模拟水溶液中铁离子和亚铜离子之间的氧化-还原反应：

Fe(III) + Cu(I)Cl2 --> Fe(I ...

对。这种反应取决于是内界机理还是外界机理，如果是外界机理，反应速率对两个反应物之间的距离没那么敏感，不过你得用Marcus理论算电子转移速率

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