计算化学公社

标题: 求助有机分子和金属离子作用体系的AICD和NICS计算 [打印本页]

作者
Author: Fencros7y 时间: 2022-1-15 10:45
标题: 求助有机分子和金属离子作用体系的AICD和NICS计算
老师们好，最近在计算一个吩嗪分子和钾离子作用的体系（吩嗪分子两个N分别和两个K作用），结构优化用的是b3lyp def2svp，目前遇到两个问题：
1、如果我只想考虑吩嗪分子的pi轨道，在multiwfn里显示pi轨的时候如何区别哪些占据为2的pi轨是吩嗪的那些是K原子的呢？
2、计算NICS的时候发现 nmr=giao b3lyp def2svp算不了会报错，我应该如何计算吩嗪分子三个环的NICS(1)zz值呢？
新手上路，请各位老师赐教。

作者
Author: sobereva 时间: 2022-1-15 14:22
1 Multiwfn直接能识别哪些MO是pi轨道，看下文。之后用Multiwfn主功能0自己肉眼依次看自动给你识别出的pi轨道的特征进一步验证
在Multiwfn中单独考察pi电子结构特征
http://sobereva.com/432（http://bbs.keinsci.com/thread-10610-1-1.html）

2 问报错怎么解决永远要说清楚显示什么报错
仔细看
在网上求助计算化学问题的时候必须把问题描述得详细、具体、准确、清楚
http://sobereva.com/620（http://bbs.keinsci.com/thread-25787-1-1.html）

作者
Author: Fencros7y 时间: 2022-1-15 16:01
本帖最后由 Fencros7y 于 2022-1-15 16:03 编辑

sobereva 发表于 2022-1-15 14:22
1 Multiwfn直接能识别哪些MO是pi轨道，看下文。之后用Multiwfn主功能0自己肉眼依次看自动给你识别出的pi轨 ...

感谢sobereva老师回复。
1、根据您给的帖子，在multiwfn中使用了查找pi轨道的功能，然后在主菜单功能0中观看了对应的轨道，问题已经解决，谢谢。
2、是我提供的信息不够，下面附上了计算用的gjf文件和计算生成的log文件，如果老师有空的话请过目。

作者
Author: sobereva 时间: 2022-1-15 20:40

Fencros7y 发表于 2022-1-15 16:01
感谢sobereva老师回复。
1、根据您给的帖子，在multiwfn中使用了查找pi轨道的功能，然后在主菜单功能0中 ...

程序bug
尝试通过自定义基组方式用def2-SVP，或者尝试G16（实测G16 B.01可以跑）

作者
Author: Fencros7y 时间: 2022-1-15 22:59

sobereva 发表于 2022-1-15 20:40
程序bug
尝试通过自定义基组方式用def2-SVP，或者尝试G16（实测G16 B.01可以跑）

我去试试，再次感谢sobereva老师回复。

作者
Author: Fencros7y 时间: 2022-1-17 09:45

sobereva 发表于 2022-1-15 20:40
程序bug
尝试通过自定义基组方式用def2-SVP，或者尝试G16（实测G16 B.01可以跑）

sob老师您好，通过师兄的指点利用gen成功优化了该体系结构，不过在尝试画AICD的时候遇到了如下问题：
1、优化之后的两个K原子不和吩嗪分子共平面了，因此在使用multiwfn的寻找pi轨道功能的时候无法找到平面；
2、优化之后吩嗪分子的原子视觉上是共平面的，但发应该是发生了旋转，导致原本全部为0的z坐标也不为零了；我尝试搜索了一下这种情况，发现您曾经做过如下回答：“几何优化完之后，把结构载入Multiwfn，进入主功能300的子功能7，选择10 Make the plane defined by selected atoms parallel to a Cartesian plane，然后输入一批原子，此时程序会旋转体系，使得根据这批原子拟合的平面平行于某个笛卡尔平面”，但我进入主功能300的时候发现没有子功能7，请问老师如何解决呢？
以下附上计算输入和输出的文件，希望老师有空能解答一下。

作者
Author: sobereva 时间: 2022-1-17 11:15

Fencros7y 发表于 2022-1-17 09:45
sob老师您好，通过师兄的指点利用gen成功优化了该体系结构，不过在尝试画AICD的时候遇到了如下问题：
1 ...

给K用lanl2DZ是很烂的选择
用6-311G*优化再说，并且做振动分析

体系不是纯平的就没法严格判断什么分子轨道是pi轨道

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