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标题: 求助 top文件中 itp文件的顺序问题 [打印本页]

作者
Author: crush 时间: 2022-1-16 14:15
标题: 求助 top文件中 itp文件的顺序问题
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请问各位老师，在top文件[molecules]字节中，各个分子的次序和数目需要和结构文件gro里的次序保持一致。我的问题是上面的各个itp文件有先后顺序吗？如图，①②③的次序可以随意更改吗？
小分子itp必须排在水分子itp前面吗？

作者
Author: SpongeBob 时间: 2022-1-16 16:53
可以更改，不需要保持一致

作者
Author: crush 时间: 2022-1-16 17:01

SpongeBob 发表于 2022-1-16 16:53
可以更改，不需要保持一致

好的，感谢您的解答！

作者
Author: sobereva 时间: 2022-1-17 07:11
要搞懂gromacs拓扑文件的基本逻辑，否则总会在这种问题上糊涂

始终记住grompp看到的是所有被include的文件完全展开之后的状态，因此你只需要关注最终各个字段的出现顺序。所以在不知道被include的文件包含什么东西的前提下没法确切说文件的include的顺序能不能改。

而且还要记住[ position_restraints ]是对它前面那个[moleculetype]而言的，比如倘若你把2和3的位置改了，位置限制就成了对离子施加了。

作者
Author: crush 时间: 2022-1-17 20:28

sobereva 发表于 2022-1-17 07:11
要搞懂gromacs拓扑文件的基本逻辑，否则总会在这种问题上糊涂

始终记住grompp看到的是所有被include的文 ...

明白了！谢谢老师！

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