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标题: 经验贴：对于使用packmol+lammps的小白可以进来看看，手把手教使用，保姆级。 [打印本页]

作者
Author: mengxiangidea 时间: 2022-1-16 17:03
标题: 经验贴：对于使用packmol+lammps的小白可以进来看看，手把手教使用，保姆级。
对于使用packmol+lammps的小白可以进来看看，手把手教使用，保姆级。

作者
Author: alonewolfyang 时间: 2022-1-16 17:19
挺好的教程，只是4页称不上保姆级吧

作者
Author: mengxiangidea 时间: 2022-1-16 19:02

alonewolfyang 发表于 2022-1-16 17:19
挺好的教程，只是4页称不上保姆级吧

命令在论坛里面或者手册里面都有，主要针对从没有接触过计算机仿真的手把手的小白，对于有计算机基础的确实不算保姆级，仅个人意见，我当初对于这些全是自己摸索，而且也没看见有人发过。

作者
Author: chaochao 时间: 2022-4-30 16:13
向您请教一个问题，我用ms建立了CO2，H2O, CO2 hydrate的pdb，我写的inp文件内容是：tolerance 2.0
add_box_sides 1.2
output mixmodel.pdb
structure CO2.pdb
number 64
inside box 0.0.0.30.30.20
end structure
structure H2O.pdb
number 368
inside box 0.0.0.30.30.20
end structure
structure chaojingbao.pdb
number 1
inside box 0.0.0.20.30.30.50
end structure
structure CO2.pdb
number 6
inside box 0.0.0.50.30.30.70
end structure
structure H2O.pdb
number 368
inside box 0.0.0.50.30.30.70
end structure
但出现了这样的问题，请问这种情况应该怎么解决呀

作者
Author: mengxiangidea 时间: 2022-4-30 22:28

chaochao 发表于 2022-4-30 16:13
向您请教一个问题，我用ms建立了CO2，H2O, CO2 hydrate的pdb，我写的inp文件内容是：tolerance 2.0[/backco ...

你的盒子为什么是七个参数？在inside box的时候，里面坐标是：x轴最小值、y最小值、z最小值、x轴最大值、y轴最大值、z轴最大值。而且每个参数之间需要有空格隔开。

作者
Author: shishui 时间: 2023-6-28 12:31
本帖最后由 shishui 于 2023-6-29 17:17 编辑

已解决

作者
Author: 2796 时间: 2024-8-30 22:51
(vmd) 3 % topo writelammpsdata methanol_box.data
ERROR) Cannot use 'topo writelammpsdata' without a molecule
Info) ======================
Info) Please cite TopoTools as:
Info) Axel Kohlmeyer & Josh Vermaas, (2019). TopoTools: Release 1.8
Info) https://doi.org/10.5281/zenodo.598373
Info) ======================
我用packmol生成盒子后按照pdf里的进入VMD出现了如下报错，是我的盒子有问题么？盒子是按照sob老师的帖子生成的
构建5*5*5 nm^3甲醇盒子

首先在GaussView或其它可以对分子建模的程序里画一个甲醇，然后保存为methanol.pdb。对于这种刚性小分子，用Packmol之前结构不需要非得优化，毕竟GaussView直接画的甲醇的基本几何参数是合理的，而且不管对其做不做优化，等动力学跑起来之后就都一样了。

创建一个名为methanol_box.inp的文本文件，内容如下

tolerance 2.0
add_box_sides 1.2
output methanol_box.pdb
structure methanol.pdb
number 1000
inside cube 0. 0. 0. 50.
end structure

作者
Author: 2796 时间: 2024-8-30 22:54
顺便向请教一下有没有关于lammps的详细使用学习途径，本人纯小白，为了应对毕业，没有什么学习途径，十分头痛，主要想模拟大分子燃烧反应过程。想学习关于lammps建模运行及其可视化相关知识。

作者
Author: WUIDHAU 时间: 2025-11-21 22:08
我是一名最近才接触md的初学者，我想请问以下大佬几个问题，第一是在matlab中大佬写的角数量是1：500并说是自己想要角的个数，这个我不太懂，意思是跟data文件表头通常带的xx angles的这个数量吗，第二是我观察到大佬改变了原子种类数，将c na o h分成了两类，可是在下面的atoms信息中不是也标明了它所属的原子种类吗，就比如大佬的c改了之后，下面的atoms中该怎么去更改哪些属于1哪些属于6

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