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标题: gmx模拟后修正周期性时组的选择问题 [打印本页]

作者
Author: uenh1998 时间: 2022-1-17 11:09
标题: gmx模拟后修正周期性时组的选择问题
各位老师好，想问一个关于GMX模拟后的问题。
做完模拟后需要用 gmx trjconv -f md.xtc -s md.tpr -o cen.xtc -center -pbc mol 指令处理体系的周期性。我的体系是蛋白配体带结晶水的复合物，想请问老师们。centering与输出组。这两个组一般来说对于这种体系，分别应该选择什么呢？
谢谢各位老师！

作者
Author: sobereva 时间: 2022-1-17 11:40
centering选蛋白
输出的组取决于你，想让轨迹里保留哪些就选哪些。比如选了non-water则轨迹里就把水都扣除了。

作者
Author: uenh1998 时间: 2022-1-18 09:11

sobereva 发表于 2022-1-17 11:40
centering选蛋白
输出的组取决于你，想让轨迹里保留哪些就选哪些。比如选了non-water则轨迹里就把水都扣除 ...

嗯明白了，谢谢老师！

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