计算化学公社

标题: 如何沿着振动方向移动原子位置？ [打印本页]

作者
Author: Freeman 时间: 2022-1-18 16:34
标题: 如何沿着振动方向移动原子位置？
大家好。
我优化分子到平衡位置后，还想研究一下分子在平衡位置附近的性质。请问，有没有办法让高斯（或者别的什么程序）生成一个分子沿着各个振动方向移动一段距离的坐标的方法？

作者
Author: sobereva 时间: 2022-1-18 16:48
gview观看振动的界面里直接就能实现

作者
Author: Freeman 时间: 2022-1-18 17:00

sobereva 发表于 2022-1-18 16:48
gview观看振动的界面里直接就能实现

谢谢社长。可是我需要批量处理很多分子的很多振动模式，没办法一个一个调呀。最好能在命令行上实现这个功能。

作者
Author: dreamyeye 时间: 2022-1-18 18:56

Freeman 发表于 2022-1-18 17:00
谢谢社长。可是我需要批量处理很多分子的很多振动模式，没办法一个一个调呀。最好能在命令行上实现这个功 ...

高斯计算结果里有分子振动的位移，可以用分子坐标加上某个振动模式的位移，可以得到和Gview一样的效果。

作者
Author: sobereva 时间: 2022-1-18 21:23

Freeman 发表于 2022-1-18 17:00
谢谢社长。可是我需要批量处理很多分子的很多振动模式，没办法一个一个调呀。最好能在命令行上实现这个功 ...

在VMD中绘制Gaussian计算的分子振动矢量的方法
http://sobereva.com/567（http://bbs.keinsci.com/thread-19287-1-1.html）
此文里的脚本就是读取振动矢量绘制的。稍微改改就能实现

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