计算化学公社

标题: 多步任务有bug？ [打印本页]

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作者
Author: Freeman    时间: 2022-1-19 19:07
标题: 多步任务有bug？
大家好。
我要用orca算溶液相分子的自由能。这个计算分了四步：1、半经验xtb优化，气相（因为是openbabel批量生成的xyz文件，可能结构不太好，要预优化一下）；2、b3lyp优化，气相；3、m05-2x单点，气相（orca自身没有m05-2x定义，要自己输入参数）；4、m05-2x单点，smd溶液相。输入文件如下：

1. ! opt xtb2 miniprint
   
2. %pal
   
3. nproc 24
   
4. end
   
5. * xyzfile -1 2 000800.xyz # 这是openbabel自动生成的坐标文件
   
6. 
   
7. $new_job
   
8. ! opt freq b3lyp d4 def2-svp miniprint
   
9. %pal
   
10. nproc 24
    
11. end
    
12. * xyzfile -1 2 000800.orca.xyz # 这是上一步应该产生的优化好的结构文件（该输入文件名是000800.orca.inp，默认用不带后缀的输入文件名+.xyz作为优化好的坐标文件）
    
13. 
    
14. $new_job
    
15. ! 6-31g* miniprint
    
16. %pal
    
17. nproc 24
    
18. end
    
19. %method
    
20. scalhfx = 0.56
    
21. scaldfx = 0.44
    
22. scalggac = 1
    
23. scalldac = 1
    
24. scalmp2c = 0
    
25. end
    
26. * xyzfile -1 2 000800.orca.xyz
    
27. 
    
28. $new_job
    
29. ! 6-31g* miniprint
    
30. %pal
    
31. nproc 24
    
32. end
    
33. %cpcm
    
34. smd true
    
35. smdsolvent "Acetonitrile"
    
36. end
    
37. %method
    
38. scalhfx = 0.56
    
39. scaldfx = 0.44
    
40. scalggac = 1
    
41. scalldac = 1
    
42. scalmp2c = 0
    
43. end
    
44. * xyzfile -1 2 000800.orca.xyz
    

复制代码

提交后立马报错：

1. WARNING: Found SMD or SMDSolvent or CPCM keyword with XTB calculation, but no ALPB keyword.
   
2.          This is not implemented.
   
3.   ===> : Please use ALPB keyword instead
   
4.   ===> : Skipping actual calculation
   

复制代码

说同时检测到smd和xtb，就报错了。问题是，我根本没给xtb加溶剂啊。这可怎么解决？
记得之前也遇到过相似的问题，第一步是单点+波函数稳定性检测，第二步是优化，结果报错说“波函数稳定性检测和优化两个任务冲突了”（差不多这个意思）。orca好像总是把多步的关键词混在一起，难道说orca的多步任务有bug吗？

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作者
Author: hebrewsnabla    时间: 2022-1-19 19:52
是哪一步报错的？

你的第三步和第四步有问题，没有定义泛函。

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作者
Author: wzkchem5    时间: 2022-1-19 20:06
$new_job是个比较老的功能，第N步任务会默认把前N-1步的任务拷过来，所以只适合一部分情况下的多步任务，如果遇到前面某一步的某个关键词在后面既不需要又关不掉的情况，建议用ORCA 5.0新出的compound job方法

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作者
Author: dnlx    时间: 2022-1-19 23:54

hebrewsnabla 发表于 2022-1-19 19:52
是哪一步报错的？

你的第三步和第四步有问题，没有定义泛函。

M05-2X泛函是自己在method部分定义的。

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作者
Author: hebrewsnabla    时间: 2022-1-20 00:32

dnlx 发表于 2022-1-19 23:54
M05-2X泛函是自己在method部分定义的。

没写对。只修改了系数，没有定义模板泛函是什么或者GGAX GGAC分别是什么

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作者
Author: Freeman    时间: 2022-1-20 11:12

hebrewsnabla 发表于 2022-1-20 00:32
没写对。只修改了系数，没有定义模板泛函是什么或者GGAX GGAC分别是什么

请问模板泛函怎么定义呢？

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作者
Author: hebrewsnabla    时间: 2022-1-20 14:16

Freeman 发表于 2022-1-20 11:12
请问模板泛函怎么定义呢？

orca没有内置M05-2X的模板泛函，只能用libxc的

1. 
   
2. %method
   
3.   method dft
   
4.   exchange hyb_mgga_x_m05_2x
   
5.   correlation mgga_c_m05_2x
   
6. end
   

复制代码

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