计算化学公社

标题: 提取单个水分子转动动能的问题 [打印本页]

作者
Author: gongrehk 时间: 2022-1-23 14:40
标题: 提取单个水分子转动动能的问题
请问Gromacs跑完后如何提取单个水分子的转动势能呢?比如说纯水。
gmx traj -ekr -ekt 好像可以提取某个组的转动和平动动能，我试了以下命令
'gmx traj -s MDprd.tpr -f MDprd.trr -n water_index.ndx -ekr water_EKR.xvg -ekt water_EKT.xvg'然后发现，平动动能(ekt)似乎没有问题，跟用1/2mv^2得到的结果一致。
然而，转动动能(ekr)竟然出现负值，而且某些时刻量级非常大，很明显有问题。
更有意思的是，这个命令我反复执行的时候，平动动能每次都不变，转动动能却有时候会剧烈变化.

请问是不是哪里出现了问题呢?
谢谢大家！

作者
Author: sobereva 时间: 2022-1-23 22:10
“反复执行的时候，平动动能每次都不变，转动动能却有时候会剧烈变化”这种事应该是程序bug
先尝试目前最新版，还有问题的话到官方论坛里报告

作者
Author: gongrehk 时间: 2022-1-25 19:08
好的，我用最新版试试。谢谢sobereva老师！

作者
Author: DeductionV 时间: 2022-2-9 10:26
您好，我想问一下您用1/2mv^2的时候是如何换算的单位？直接用1/2mv^2算出来的应该是焦耳的单位吧，怎么换算成KJ/mol呢？

作者
Author: 邱美佳 时间: 2022-2-10 12:11

sobereva 发表于 2022-1-23 22:10
“反复执行的时候，平动动能每次都不变，转动动能却有时候会剧烈变化”这种事应该是程序bug
先尝试目前最 ...

请问卢老师2018.8版本能否计算平动动能和转动动能呢？

作者
Author: sobereva 时间: 2022-2-11 01:14

邱美佳发表于 2022-2-10 12:11
请问卢老师2018.8版本能否计算平动动能和转动动能呢？

试试便知，我都给了现成的预编译版

GROMACS的原生Windows版的编译和安装方法（支持GPU加速）
http://sobereva.com/458（http://bbs.keinsci.com/thread-11848-1-1.html）

作者
Author: sobereva 时间: 2022-2-11 01:14

DeductionV 发表于 2022-2-9 10:26
您好，我想问一下您用1/2mv^2的时候是如何换算的单位？直接用1/2mv^2算出来的应该是焦耳的单位吧，怎么换算 ...

J为单位的数值除以1000再除以阿伏伽德罗常数就是

作者
Author: 邱美佳 时间: 2022-2-11 13:26

sobereva 发表于 2022-2-11 01:14
试试便知，我都给了现成的预编译版

GROMACS的原生Windows版的编译和安装方法（支持GPU加速）

卢老师，如果是换版本的话是不是轨迹要重新跑一遍呢？

作者
Author: sobereva 时间: 2022-2-11 15:14

邱美佳发表于 2022-2-11 13:26
卢老师，如果是换版本的话是不是轨迹要重新跑一遍呢？

不用

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