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标题: ATB保存文件时的问题 [打印本页]

作者
Author: wangdafeixh 时间: 2022-1-23 17:45
标题: ATB保存文件时的问题
各位老师，我使用autodock对接后，使用ATB生成小分子拓扑文件
因为之前看到说GROMACS是联合力场，ATB保存文件时应该保存united-atom文件
但发现united-atom文件比all-atom文件少了两个氢原子
所以请教一下各位老师，应该保存哪个文件？

作者
Author: 牧生 时间: 2022-1-23 18:57
ATB服务器得到的，应该使用united-atom。。

联合原子力场，其意义就是把比如甲基，乙基上的氢原子联合到碳上，所以united-atom就看不到那些氢原子了。。比如乙醇，CH3-CH2-OH会被联合为C-C-OH （这两个C在联合原子力场里面是会有区别的），放心使用united-atom。
但不可略去的原子仍然会保留，比如苯酚，它的united-atom和all-atom就是一样的。

作者
Author: sobereva 时间: 2022-1-23 22:05
分清楚GROMACS和GROMOS
ATB对于有的分子既可以给出联合原子的也可以给出全原子的结构+拓扑文件
联合原子版非极性氢不直接描述
用哪个都可以

作者
Author: wangdafeixh 时间: 2022-1-25 19:32

牧生发表于 2022-1-23 18:57
ATB服务器得到的，应该使用united-atom。。

联合原子力场，其意义就是把比如甲基，乙基上的氢原子联合到 ...

谢谢老师！

作者
Author: wangdafeixh 时间: 2022-1-25 19:32

sobereva 发表于 2022-1-23 22:05
分清楚GROMACS和GROMOS
ATB对于有的分子既可以给出联合原子的也可以给出全原子的结构+拓扑文件
联合原子 ...

谢谢老师！

作者
Author: faylovesnow 时间: 2023-1-9 11:12

牧生发表于 2022-1-23 18:57
ATB服务器得到的，应该使用united-atom。。

联合原子力场，其意义就是把比如甲基，乙基上的氢原子联合到 ...

请问大于40个原子的分子结构如何使用atb获取top文件呢？

作者
Author: faylovesnow 时间: 2023-1-9 11:12

sobereva 发表于 2022-1-23 22:05
分清楚GROMACS和GROMOS
ATB对于有的分子既可以给出联合原子的也可以给出全原子的结构+拓扑文件
联合原子 ...

请问大于40个原子的分子结构如何使用atb获取top文件呢？

作者
Author: 牧生 时间: 2023-1-9 11:16

faylovesnow 发表于 2023-1-9 11:12
请问大于40个原子的分子结构如何使用atb获取top文件呢？

上传全原子的结构式就行了啊，就会给出联合原子的top和gro

但我更建议用sobtop搞全原子的。精度比联合原子的高，且现代社会的算力已经足够了

作者
Author: faylovesnow 时间: 2023-1-9 11:26

牧生发表于 2023-1-9 11:16
上传全原子的结构式就行了啊，就会给出联合原子的top和gro

但我更建议用sobtop搞全原子的。精度比联合 ...

我也不知道为啥文献中全是用的53a6力场进行的模拟，而且都是很新的文献。

作者
Author: 牧生 时间: 2023-1-9 11:28
53a6也没错，但是amber+gaff更好。

作者
Author: sobereva 时间: 2023-1-9 23:25

faylovesnow 发表于 2023-1-9 11:26
我也不知道为啥文献中全是用的53a6力场进行的模拟，而且都是很新的文献。

尽信文献不如无文献
53A6比起AMBER+GAFF没有任何额外好处（除了可忽略不计的耗时降低外）

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