计算化学公社

标题: 求助：有机手性小分子计算比旋光度该用什么泛函和基组好 [打印本页]

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Author: hpz1994 时间: 2022-1-25 15:31
标题: 求助：有机手性小分子计算比旋光度该用什么泛函和基组好
我要计算一个具有53个只含有C、H、O元素的二萜分子在甲醇溶剂中的比旋光度，打算用Gaussian的polar=optrot计算。而计算节点有40核心，188GB的内存，我该选用什么泛函和什么基组好点，感谢各位老师指点。

作者
Author: happyknighthawk 时间: 2022-1-25 15:59
计算的目的应该是确定绝对构型吧，如果分子的ECD谱Cotton效应明显的话，建议还是计算ECD吧，泛函的话，感觉wB97XD、CAM-B3LYP、PBE0似乎都还不错。旋光计算总体感觉误差还是太大，有些天然产物的实测旋光可能都很小，有可能计算误差都比实测大。此外，感觉你的计算条件算这个二萜非常足够了。供参考。

作者
Author: liyuanhe211 时间: 2022-1-26 00:00
根据个人经验，不推荐依赖计算和实验的旋光比对来确定绝对立体构型

作者
Author: sobereva 时间: 2022-1-26 01:57
J. Phys. Chem. A, 115, 10930 (2011)文中对42个有机分子和3个过渡金属配合物体系在不同泛函和基组下计算了真空下的598.3 nm的数据，并与液相实验数据进行了对比。参看此文

关于基组有一些专门特别适合的。

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作者
Author: hpz1994 时间: 2022-1-26 11:46

happyknighthawk 发表于 2022-1-25 15:59
计算的目的应该是确定绝对构型吧，如果分子的ECD谱Cotton效应明显的话，建议还是计算ECD吧，泛函的话，感觉 ...

是的，我是想利用用计算辅助确定绝对构型，由于单晶没法长出我没法靠Cu靶确定绝对构型，然后测出来的CD基本没信号，所以我只能利用计算旋光来确定了。

作者
Author: hpz1994 时间: 2022-1-26 11:49

liyuanhe211 发表于 2022-1-26 00:00
根据个人经验，不推荐依赖计算和实验的旋光比对来确定绝对立体构型

谢谢老师，这实在没办法了，单晶拿不到XRD用不了，实验CD也没有信号，测了好几次都这样，要是计算旋光行不通，我只能考虑合成了。

作者
Author: hpz1994 时间: 2022-1-26 11:50

sobereva 发表于 2022-1-26 01:57
J. Phys. Chem. A, 115, 10930 (2011)文中对42个有机分子和3个过渡金属配合物体系在不同泛函和基组下计算了 ...

好的，谢谢老师，我去看看这几篇文献。

作者
Author: happyknighthawk 时间: 2022-1-26 23:41

hpz1994 发表于 2022-1-26 11:46
是的，我是想利用用计算辅助确定绝对构型，由于单晶没法长出我没法靠Cu靶确定绝对构型，然后测出来的CD基 ...

你的实测旋光有多大？结构里面没有发色团么？如果有明显的发色团，却旋光很小，且观察不到CD，可能得考虑对映体的可能性？

作者
Author: 细雨微凉 时间: 2022-1-31 10:54

hpz1994 发表于 2022-1-26 11:49
谢谢老师，这实在没办法了，单晶拿不到XRD用不了，实验CD也没有信号，测了好几次都这样，要是计算旋光行 ...

CD没信号可能原因挺多的，有可能是浓度太低信号太弱，有可能是波长太短和杂峰混了，如果合成的是文献报道的物质的衍生物（特别像BINOL联萘酚），可以参考文献中的条件进行测试...

作者
Author: carboniumion 时间: 2022-1-31 11:04
本帖最后由 carboniumion 于 2022-1-31 11:11 编辑

手性中心离不饱和结构原的ecd没信号挺正常的，建议试试振动圆二色谱，参考这篇OL 2017 19 404

作者
Author: 静静子 时间: 2022-6-14 20:49

happyknighthawk 发表于 2022-1-25 15:59
计算的目的应该是确定绝对构型吧，如果分子的ECD谱Cotton效应明显的话，建议还是计算ECD吧，泛函的话，感觉 ...

老师想请教一下，如何通过计算出来的ECD光谱确定分子的绝对构型呢？

作者
Author: wzkchem5 时间: 2022-6-14 21:06

静静子发表于 2022-6-14 13:49
老师想请教一下，如何通过计算出来的ECD光谱确定分子的绝对构型呢？

计算任一旋光异构体的ECD，看看是这个ECD谱和实验更相符，还是这个ECD谱在y轴方向上镜像翻转后的谱和实验更相符。注意必须做构象平均

作者
Author: happyknighthawk 时间: 2022-6-15 00:02

静静子发表于 2022-6-14 20:49
老师想请教一下，如何通过计算出来的ECD光谱确定分子的绝对构型呢？

Chirality, 2016, 28, 466

作者
Author: nianbin 时间: 2022-6-15 10:28
ECD用来判断立体构型显然更好

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