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标题: 簇模型如何快速准确地加氢 [打印本页]

作者
Author: 终_焉 时间: 2022-1-26 16:09
标题: 簇模型如何快速准确地加氢
参考博文http://sobereva.com/597
通过VMD挖取了蛋白质活性口袋的结构，希望加氢处理后进行量化计算。
目前尝试过使用GaussView的pdb加氢选项进行自动加氢，也试过使用OpenBabel的-h参数进行加氢处理，但是结果都不尽如人意。想请教一下大家，除了手动加氢以外，有其他简便快速、尽量准确的软件/方法对簇模型进行加氢处理吗？

另外，在加氢完毕后，GaussView经常识别得到电中性二重态的结构，应该是电荷的指认有问题，这个问题大家是怎么解决的？

作者
Author: sobereva 时间: 2022-1-27 01:39
先用gview自动加氢，然后加的不对的再修改，没什么费劲的
别管GaussView判断什么，那只是满足数学关系而已，GaussView才不知道实际是什么情况

作者
Author: 溪临昭煌 时间: 2022-5-24 14:12
楼主你好，请问你找到合适的加氢方式了吗，我也遇到了同样的问题，软件加的氢在后续冻结边界原子优化后进行频率计算会造成非常大的虚频（-100~-200），影响找过渡态，想请教一下怎么解决

作者
Author: sobereva 时间: 2022-5-30 06:17

溪临昭煌发表于 2022-5-24 14:12
楼主你好，请问你找到合适的加氢方式了吗，我也遇到了同样的问题，软件加的氢在后续冻结边界原子优化后进行 ...

把你的模型截图帖出来，输入文件上传，说清楚冻结了哪里

恰当冻结根本不会出现你的情况

作者
Author: zhaowang 时间: 2023-3-10 15:40
请问GaussView对pbd自动加氢怎么操作呀，百度不到，也找不到按钮

作者
Author: bgs 时间: 2023-10-29 20:17

zhaowang 发表于 2023-3-10 15:40
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我也没找到

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