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标题: 有机分子构象搜索，做了4万次模拟退火后聚类为71类，想检查有无跑散的结构 [打印本页]

作者
Author: QuantumMachine 时间: 2022-1-27 20:34
标题: 有机分子构象搜索，做了4万次模拟退火后聚类为71类，想检查有无跑散的结构
有机分子构象搜索，从0K到1000K再到0K，做了4万次模拟退火，得到了4万个结构，然后用molclus聚类为71类，打算进行接下来的GAUSSIAN计算。但是担心这4万个聚类前的结构有跑散掉的结构，如果拿跑散的结构进行计算的话就会得到奇怪的结果。
但是因为帧数过多，无法一帧帧的在VMD中检查，所以想知道有没有更方便/快捷/自动化的办法/指令，检测大量分子构型中跑散的分子。
这里的跑散指比如OH分子中的H非常远离O等明显奇怪的构型。

作者
Author: sobereva 时间: 2022-1-28 21:59
用经典力场跑MD注定不可能跑散
而且isostat都已经归簇过了，肉眼看不到100个归簇后的结构也不费劲

作者
Author: QuantumMachine 时间: 2022-2-1 17:11

sobereva 发表于 2022-1-28 21:59
用经典力场跑MD注定不可能跑散
而且isostat都已经归簇过了，肉眼看不到100个归簇后的结构也不费劲

好的，谢谢sob老师！

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