计算化学公社

标题: 请教ccsd加速单点计算的技巧 [打印本页]

作者
Author: din5g 时间: 2022-1-29 11:57
标题: 请教ccsd加速单点计算的技巧
各位老师，最近审稿人让我用CCSD计算40个原子(C、H、O、Ti)的单点，我测试了CCSD(T)/cc-PVDZ，用了64个核，50G，发现跑了4天才到Iteration Nr. 1。请问各位老师，有什么参数或者方法可以尽快计算完？

作者
Author: sylar 时间: 2022-1-29 12:14
DLPNO-CCSD(T)

作者
Author: sobereva 时间: 2022-1-29 14:33
结合cc-pVDZ毫无意义，鲜花插在牛粪上，结果通常还不如双杂化结合cc-pVTZ好。审稿人如果不是理论外行，拿cc-pVDZ应付事，到时候还得被comment
64核才给50GB完全不可思议，仔细看
硬盘速度与内存容量对量子化学计算速度影响的测试
http://sobereva.com/397（http://bbs.keinsci.com/thread-7478-1-1.html）

倘若审稿人真是让你用CCSD而非CCSD(T)，这审稿人基本常识都没有

作者
Author: wzkchem5 时间: 2022-1-29 16:02
不要用高斯，高斯不适合算30个原子以上体系的CCSD(T)，应该用ORCA做DLPNO-CCSD(T)计算

作者
Author: 喵星大佬 时间: 2022-1-29 20:33

wzkchem5 发表于 2022-1-29 16:02
不要用高斯，高斯不适合算30个原子以上体系的CCSD(T)，应该用ORCA做DLPNO-CCSD(T)计算

高对称的也是可以的，C60这种

作者
Author: wzkchem5 时间: 2022-1-29 21:33

喵星大佬发表于 2022-1-29 13:33
高对称的也是可以的，C60这种

高斯做CCSD(T)能利用非阿贝尔点群对称性吗？

作者
Author: din5g 时间: 2022-1-29 22:35

sylar 发表于 2022-1-29 12:14
DLPNO-CCSD(T)

好的，多谢sylar老师，可我的优化计算都用的Gaussian，，，头疼

作者
Author: din5g 时间: 2022-1-29 22:36

sobereva 发表于 2022-1-29 14:33
结合cc-pVDZ毫无意义，鲜花插在牛粪上，结果通常还不如双杂化结合cc-pVTZ好。审稿人如果不是理论外行，拿cc ...

多谢sob老师，我写错了，实际上我用的是cc-PVTZ。

作者
Author: din5g 时间: 2022-1-29 22:36

wzkchem5 发表于 2022-1-29 16:02
不要用高斯，高斯不适合算30个原子以上体系的CCSD(T)，应该用ORCA做DLPNO-CCSD(T)计算

好的，多谢wzkchem5老师

作者
Author: sobereva 时间: 2022-1-29 22:41

din5g 发表于 2022-1-29 22:35
好的，多谢sylar老师，可我的优化计算都用的Gaussian，，，头疼

没人规定单点相对于优化不能换程序

优化和单点用不同程序是司空见惯，比如Carbon 171, 514 (2021)和Carbon, 187, 78 (2022)里我用Gaussian做wB97XD的几何优化，然后单点用ORCA做DLPNO-CCSD(T)或wB97X-V。

作者
Author: wzkchem5 时间: 2022-1-29 23:08

din5g 发表于 2022-1-29 15:35
好的，多谢sylar老师，可我的优化计算都用的Gaussian，，，头疼

一般来说，凡是理论级别不需要统一的场合，程序都不需要统一；理论级别需要统一的场合，程序也必须统一。比如结构优化和频率的程序必须统一，但结构优化和单点不需要统一；如果要算吸收光谱的话，结构优化和TDDFT的程序也不需要统一，但是算绝热激发能的话就必须统一，因为此时必须在同一理论级别下做基态结构优化和TDDFT结构优化。

作者
Author: din5g 时间: 2022-1-30 10:40

sobereva 发表于 2022-1-29 22:41
没人规定单点相对于优化不能换程序

优化和单点用不同程序是司空见惯，比如Carbon 171, 514 (2021)和C ...

好的，多谢sob老师，不知道ORCA做40个原子的DLPNO-CCSD(T)大概需要多长时间？

作者
Author: din5g 时间: 2022-1-30 10:41

wzkchem5 发表于 2022-1-29 23:08
一般来说，凡是理论级别不需要统一的场合，程序都不需要统一；理论级别需要统一的场合，程序也必须统一。 ...

好的，多谢wzkchem5老师

作者
Author: dnlx 时间: 2022-1-30 11:43

din5g 发表于 2022-1-30 10:40
好的，多谢sob老师，不知道ORCA做40个原子的DLPNO-CCSD(T)大概需要多长时间？

很快。四核笔记本算十几个原子（最大是S）不到二十分钟。

作者
Author: zjxitcc 时间: 2022-1-30 12:16

din5g 发表于 2022-1-30 10:40
好的，多谢sob老师，不知道ORCA做40个原子的DLPNO-CCSD(T)大概需要多长时间？

DLPNO-CCSD(T)并不像Gaussian那样算CCSD(T)简单写关键词完事，还需要用户了解一些必要的关键词，例如有没写TightPNO, TightSCF/VeryTightSCF, DLPNO-CCSD(T1)、辅助基是否恰当指定等等会影响计算速度、结果精度，参考《用ORCA做DLPNO-CCSD(T)计算》

作者
Author: sobereva 时间: 2022-1-30 19:14

din5g 发表于 2022-1-30 10:40
好的，多谢sob老师，不知道ORCA做40个原子的DLPNO-CCSD(T)大概需要多长时间？

看你用什么基组。只能说一般计算条件下结合像样基组计算40个原子的普通闭壳层有机体系没有任何难度。
另外，为了得到更好精度用tightPNO的时候耗时会有大幅提升。
还要注意DLPNO-CCSD(T)是很耗内存的，内存给得不够会失败。

下文里有更多信息，包括精度、耗时等方面的说明
详谈Multiwfn产生ORCA量子化学程序的输入文件的功能
http://sobereva.com/490（http://bbs.keinsci.com/thread-13560-1-1.html）

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