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标题: 求助MOE分子对接后用GROMACS聚类及自由能计算 [打印本页]

作者
Author: bht 时间: 2022-1-29 17:41
标题: 求助MOE分子对接后用GROMACS聚类及自由能计算
大家好，想要请教通过MOE进行分子对接后，产生了1000个对接构象。请问，能否将这1000个构象，通过gromcas，进行聚类呢?从MOE可以导出PDB格式文件，但是是1000个分子的信息，可以将这个文件直接用gromacs cluster聚类吗？还有怎么将这1000个构象直接进行自由能计算呢？求大佬解答，小白实在不懂~

作者
Author: sobereva 时间: 2022-1-29 21:10
如置顶的新社员必读贴、论坛首页的公告栏、版头的红色大字非常明确所示，求助帖必须在帖子标题明确体现出此帖内容是求助或提问，并清楚、准确反映出帖子具体内容，避免有任何歧义，仔细看http://bbs.keinsci.com/thread-9348-1-1.html。我已把你的不恰当标题“MOE分子对接后用GROMACS聚类及自由能计算”改了，以后务必注意。

通常取打分最高的复合物结构用于GROMACS做MD，显然没必要每个都算

作者
Author: bht 时间: 2022-1-29 22:19
好的我会注意哒，谢谢您~

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