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标题: gromacs如何构建含有噻二唑环的小分子 [打印本页]

作者
Author: tienan0412 时间: 2022-1-29 19:02
标题: gromacs如何构建含有噻二唑环的小分子
求助者想跑含有噻二唑基团小分子与蛋白复合物的MD，目前水平有限所以一直在用charmmgui来生成gromacs文件。之前还算正常，但是使用含有噻二唑基团的分子时，网站经常报错，提示噻二唑处N原子有问题。请问各位大佬如何解决？是不是得用其他手段？

作者
Author: sobereva 时间: 2022-1-29 21:08
用acpype
几种生成有机分子GROMACS拓扑文件的工具
http://sobereva.com/266（http://bbs.keinsci.com/thread-428-1-1.html）

最近我会发布sobtop拓扑文件产生工具，用于这个很合适。

作者
Author: tienan0412 时间: 2022-1-29 21:25

sobereva 发表于 2022-1-29 21:08
用acpype
几种生成有机分子GROMACS拓扑文件的工具
http://sobereva.com/266（http://bbs.keinsci.com/thr ...

好的好的，谢谢sobereva老师。另外还想问一下，我的结构画得是不是有问题？

作者
Author: sobereva 时间: 2022-1-29 22:32

tienan0412 发表于 2022-1-29 21:25
好的好的，谢谢sobereva老师。另外还想问一下，我的结构画得是不是有问题？

我不知道你指的什么结构
如果是三维结构，必须上传文件
如果是1L的Lewis式，从理论化学的角度来看是无法接受的

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