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标题: 基于amber的MCPB.py构建含金属离子蛋白的力场参数，当体系中存在结晶水时报错 [打印本页]

作者
Author: raychow 时间: 2022-2-2 15:34
标题: 基于amber的MCPB.py构建含金属离子蛋白的力场参数，当体系中存在结晶水时报错
各位老师好，我最近正在使用Amber的MCPB.py处理蛋白质配体中的镁离子，该镁离子与三个氨基酸残基、底物分子及一个水分子配位，因此比之前论坛中已经有的方法http://bbs.keinsci.com/thread-26531-1-1.html，在处理上多了一个水分子。当我不加入水分子处理时，完全没有问题，能够正常生成gaussian的输入文件。一旦当我把水分子纳入体系中准备处理时，输入MCPB.py -i 5LOG.in -s 1就报错。下面是我的in文件和报错的信息。麻烦有懂的老师指点一二，有偿也可以！

作者
Author: zxczxc 时间: 2025-1-6 10:44
打扰一下，请问你的问题解决了吗
我的问题感觉和你差不多，我的是Mg离子附近需要保留三个结晶水，想在amber里给它单独设置一个结晶水的力场，不让它在溶剂里
请问您有什么方法吗
感谢感谢

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