计算化学公社
标题: pbc center后分子构型发生变化，该如何解决 [打印本页]
作者Author: a9471163 时间: 2022-2-6 12:14
标题: pbc center后分子构型发生变化，该如何解决
本帖最后由 a9471163 于 2022-2-6 12:21 编辑
各位老师，我对一个吸附剂-吸附质复合物进行pbc -mol后得到的结构，与pbc -mol -center （center组选的是两个分子组成的复合物）后得到的结构不同，从图中可以看出，尽管是同一帧，但第一个结构中小分子的尾巴朝向和第二个结构中的尾巴朝向是不同的，想请教一下如何处理，能让pbc -mol -center后的结构跟pbc -mol后得到的结构一样呢（模拟是在水中进行的，为清楚起见，没有显示水分子）
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作者Author: sobereva 时间: 2022-2-7 02:11
把两次运行的完整命令都贴出来，每次选的组是什么都具体说明，以及VMD里具体是怎么看的
是否用-center不可能只单独影响某个局部的朝向。你的情况像是看的不是同一帧
作者Author: a9471163 时间: 2022-2-7 12:14
本帖最后由 a9471163 于 2022-2-7 12:47 编辑
老师您好，经检查，我看的是同一帧，但这种奇怪的现象没消除，我上传了下述操作步骤中用到的文件以便操作可以重现，
在百度网盘：https://pan.baidu.com/s/1hgQ_vvXERn3hBPcnUdjEPw 提取码：rs2u
操作步骤和模拟系统介绍如下，gromacs版本2018.4，不知道是不是软件版本bug或者是我自己某一步操作不当，谢谢老师指教：
系统介绍：这是水里模拟一个面型吸附剂和5个吸附质小分子的相互作用，输出时的other组=面型吸附剂+5个小分子，complex组=面型吸附剂+第二个小分子，面型吸附剂的原子编号是1-316，而5个小分子的原子编号是从317号到435号，具体可参考上传的图，这图是VMD里截取的
操作步骤：
gmx trjconv -f md.xtc -s md.tpr -o fixedmd.xtc -pbc mol 输出组选Other 得到压缩包里的fixedmd-pbc-mol.xtc(压缩包里文件只是重命名了一下，其他的没有改动）
用下图的操作得到压缩包里的fixedmd-pbc-mol-center.xtc，center组选了complex组（因为我想用gmx mmpbsa计算complex组的结合自由能，所以预处理轨迹让这俩分子始终不出现分居盒子两侧的情况，我不清楚center时选择别的组是否效果更好，但选complex的话，经测试，感兴趣的吸附质和吸附剂是始终不会分居盒子两侧的，所以计算能量没有出问题），输出组选other（压缩包里文件只是重命名了一下，其他的没有改动）
载入VMD时，先载入fixedpr.gro(该文件就是动力学模拟前的那帧，跟模拟轨迹的原子数相同，因为这帧在载入轨迹时被删除了，所以这个文件就无关大局了），然后删除这一帧，然后载入fixedmd-pbc-mol-center.xtc；同理，载入fixedmd-pbc-mol.xtc，将这两条轨迹都调到第14000帧，进行对比，就是我1楼放置的那两张图，观察角度是，以面型吸附剂的三个羧基为参照，让三个羧基所处的位置分别是朝上，朝左，朝下，如1楼的图所示，此时面型吸附剂的方位就是一致的了，视角选择俯视图，小分子在上，吸附剂在下。然后对比小分子的方位，发现小分子尾巴的朝向不一致。VMD显示的原子编号是：serial 1 to 316 336 to 357，这是显示了面型吸附剂和第二个小分子
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作者Author: sobereva 时间: 2022-2-8 01:26
我实在没时间具体细看文件
把-pbc mol和-center分成两次做，每弄完一次都用VMD看看当前结构，试图定位出现问题的步骤
作者Author: a9471163 时间: 2022-2-8 11:06
本帖最后由 a9471163 于 2022-2-8 22:59 编辑
非常感谢sob老师，问题解决了，问题出在我是把两条很像的轨迹弄混了，我忘了是模拟过2条轨迹，然后是对比了两条不同轨迹中同一时刻的一帧。
2月8日22时56分补充说明：
仔细观察轨迹后明白了，与只做pbc mol相比，不管是下一个命令做个center，还是同一个命令里执行-pbc mol -center，center都不会影响吸附剂和吸附质分子的相对位置，center只是整体的把它们移动了一下
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