计算化学公社

标题: 卡笛尔坐标问题。在线等 [打印本页]

作者
Author: yujinhang 时间: 2022-2-6 15:30
标题: 卡笛尔坐标问题。在线等
一开始用#p M062X/def2svp opt=tight freqSCRF=(solvent=dichloroethane) int=superfine，对我的原料结构进行优化。报错显示 FormBX had a problem.查了帖子说要用卡笛尔坐标，于是将关键词改为了#p M062X/def2svp opt=(cartesian,tight) freq SCRF=(solvent=dichloroethane) int=ultrafine。之后一直link9999，是不是卡笛尔坐标和别的关键词起冲突了。我的原料结构如下图。

作者
Author: 北大-陶豫 时间: 2022-2-6 15:52
提问的时候不要整些“在线等”“救救孩子”“？？？”之类的话语，显得极其浮躁，让人反感。看：
在网上求助计算化学问题时的注意事项
http://bbs.keinsci.com/forum.php ... 7&fromuid=19420
（以上模仿社长说话）
一般来说 FormBX had a problem 前面都会说 Dihedral x-x-x-x（原子编号） failed，你看一下编号就会发现这四个原子共线了，自然无法定义二面角。
解决方法就是把报错的 log 文件用 GView 打开，然后Ctrl+G 重新拿出最后一步结构，继续计算，这时候高斯会自动重新生成内坐标。

作者
Author: chands 时间: 2022-2-6 15:56
本帖最后由 chands 于 2022-2-6 15:57 编辑

有个小问题，是“笛卡尔”坐标不是“卡笛尔”坐标

作者
Author: yujinhang 时间: 2022-2-6 16:12

北大-陶豫发表于 2022-2-6 15:52
提问的时候不要整些“在线等”“救救孩子”“？？？”之类的话语，显得极其浮躁，让人反感。看：
在网上求 ...

知道了。下次会注意的。

作者
Author: wzkchem5 时间: 2022-2-6 17:53
不要因为Cartesian是ca的音在前面te的音在后面，就以为是“卡笛尔”。
“笛卡尔”是哲学家Descartes的音译，按法语发音De后面的s不发音，最后的es也不发音，所以才译成“笛卡尔”（理论上最后还有个t的音，不过译成中文的时候丢掉了）。英语在把Descartes形容词化的时候去掉了前面的Des，所以叫Cartesian coordinates而非Descartesian coordinates。但是按中文习惯，不能盲目仿照英文把“笛卡尔”的“笛”丢掉，不然满大街都是卡尔，谁也不知道卡尔是谁。所以中文仍然叫笛卡尔坐标

作者
Author: niobium 时间: 2022-2-6 17:59

wzkchem5 发表于 2022-2-6 17:53
不要因为Cartesian是ca的音在前面te的音在后面，就以为是“卡笛尔”。
“笛卡尔”是哲学家Descartes的音译 ...

卡尔是个杀手

作者
Author: yujinhang 时间: 2022-2-7 00:15

北大-陶豫发表于 2022-2-6 15:52
提问的时候不要整些“在线等”“救救孩子”“？？？”之类的话语，显得极其浮躁，让人反感。看：
在网上求 ...

计算了8h.link9999。参照文献的坐标修改了结构的，有必要拿最后一帧继续优化吗？

作者
Author: yujinhang 时间: 2022-2-7 00:17

yujinhang 发表于 2022-2-7 00:15
计算了8h.link9999。参照文献的坐标修改了结构的，有必要拿最后一帧继续优化吗？

%mem=122880MB
%nprocshared=64
#p M062X/def2svp opt=tight freq SCRF=(solvent=dichloroethane) int=superfine
这个关键词做的优化

作者
Author: sobereva 时间: 2022-2-7 02:01
没事甭写tight，自找麻烦
并且仔细看
Gaussian中几何优化收敛后Freq时出现NO或虚频的原因和解决方法
http://sobereva.com/278（http://bbs.keinsci.com/thread-633-1-1.html）

没强烈必要甭用M06-2X，仔细看此文
谈谈量子化学研究中什么时候用B3LYP泛函优化几何结构是适当的
http://sobereva.com/557（http://bbs.keinsci.com/thread-17899-1-1.html）
本来这体系用B3LYP优化又快又容易收敛，用M06-2X不仅慢而且由于积分格点敏感性问题容易不收敛，用M06-2X纯属自找麻烦

作者
Author: yujinhang 时间: 2022-2-7 06:21

sobereva 发表于 2022-2-7 02:01
没事甭写tight，自找麻烦
并且仔细看
Gaussian中几何优化收敛后Freq时出现NO或虚频的原因和解决方法

sob老师，我尝试过B3LYP，我的体系做的时候效果没有M06-2x好。

作者
Author: sai77 时间: 2022-2-7 13:14

yujinhang 发表于 2022-2-7 06:21
sob老师，我尝试过B3LYP，我的体系做的时候效果没有M06-2x好。

B3LYP加D3校正了吗？

作者
Author: hebrewsnabla 时间: 2022-2-7 13:38

wzkchem5 发表于 2022-2-6 17:53
不要因为Cartesian是ca的音在前面te的音在后面，就以为是“卡笛尔”。
“笛卡尔”是哲学家Descartes的音译 ...

英语的形容词Cartesian应该是来自于Descartes的拉丁语形式Cartesius，所以Des并不是英语丢掉的。关于拉丁语为什么会丢掉Des可以参考 https://latin.stackexchange.com/ ... inised-as-cartesius

作者
Author: granvia 时间: 2022-2-7 13:47

hebrewsnabla 发表于 2022-2-7 13:38
英语的形容词Cartesian应该是来自于Descartes的拉丁语形式Cartesius，所以Des并不是英语丢掉的。关于拉丁 ...

没必要太纠结，毕竟规则中有带有一定的任意性，最终得看是否被普遍接受下来了。外文姓名的中文化虽然现在也制定了很多规则，但总有很多例外。拉丁化也如此

作者
Author: chands 时间: 2022-2-7 14:10

hebrewsnabla 发表于 2022-2-7 13:38
英语的形容词Cartesian应该是来自于Descartes的拉丁语形式Cartesius，所以Des并不是英语丢掉的。关于拉丁 ...

有个好玩的地方，Lagrange实际上是La Grange，据说连Lagrange本人也用Lagrange/La Grange两种拼写，但是形容词Lagrangian保留了冠词。所以，还是“有一定任意性”？要一个一个记

作者
Author: sobereva 时间: 2022-2-8 01:11

yujinhang 发表于 2022-2-7 06:21
sob老师，我尝试过B3LYP，我的体系做的时候效果没有M06-2x好。

你怎么证明优化时候没有M06-2X好？

作者
Author: yujinhang 时间: 2022-2-10 12:17

sobereva 发表于 2022-2-8 01:11
你怎么证明优化时候没有M06-2X好？

我也很奇怪，我一开始用的就是B3LYP，对我原料结构做优化时，一直有虚频，各种方法都试了。最后改用M06-2X之后就没虚频了。

作者
Author: wzkchem5 时间: 2022-2-10 15:58

yujinhang 发表于 2022-2-10 05:17
我也很奇怪，我一开始用的就是B3LYP，对我原料结构做优化时，一直有虚频，各种方法都试了。最后改用M06-2 ...

首先你得确定你的原料结构是对的，搞不好你搭的结构本来就是一个过渡态，M06-2X没有虚频的结果反而是错的，这也不能排除。

作者
Author: sobereva 时间: 2022-2-11 01:15

yujinhang 发表于 2022-2-10 12:17
我也很奇怪，我一开始用的就是B3LYP，对我原料结构做优化时，一直有虚频，各种方法都试了。最后改用M06-2 ...

有虚频就消虚频，不换泛函情况下消不掉虚频是绝对不可能的，又不牵扯对称性问题
Gaussian中几何优化收敛后Freq时出现NO或虚频的原因和解决方法
http://sobereva.com/278（http://bbs.keinsci.com/thread-633-1-1.html）

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