计算化学公社

标题: 求助MD后导入轨迹后键没有了 [打印本页]

作者
Author: yingbin 时间: 2022-2-8 01:19
标题: 求助MD后导入轨迹后键没有了
MD之后的结果在导入轨迹文件之后出现了出现了键断裂的情况，原始的gro文件里面没有这种情况，出现断裂的部分是gro文件里面位于盒子外面的部分，使用了pbc whole命令但是没有什么用。想请教一下为什么会出现这种情况，怎么才能解决呢？附件在网盘中：链接：https://pan.baidu.com/s/1RBwzgXvq3-ZDRRF191fkZw 提取码：4d88

作者
Author: sobereva 时间: 2022-2-8 01:34
用VMD看轨迹，比Pymol强得多
键连关系判断规则此文说了
谈谈VMD可视化程序的连接关系的判断和设置问题
http://sobereva.com/534（http://bbs.keinsci.com/thread-16396-1-1.html）

作者
Author: yingbin 时间: 2022-2-8 13:10

sobereva 发表于 2022-2-8 01:34
用VMD看轨迹，比Pymol强得多
键连关系判断规则此文说了
谈谈VMD可视化程序的连接关系的判断和设置问题

好的，谢谢老师，出现这个情况跟MD跑出盒子有关系吗？

作者
Author: lonemen 时间: 2022-2-8 20:47

sobereva 发表于 2022-2-8 01:34
用VMD看轨迹，比Pymol强得多
键连关系判断规则此文说了
谈谈VMD可视化程序的连接关系的判断和设置问题

请教一下社长，vmd中如何可以快速实现这种pymol的效果呢？

作者
Author: sobereva 时间: 2022-2-8 23:45

lonemen 发表于 2022-2-8 20:47
请教一下社长，vmd中如何可以快速实现这种pymol的效果呢？

我不知道具体指什么效果
棒状显示把Drawing method设licorice就完了，直观显示蛋白质骨架把drawing method设成New Cartoon

作者
Author: sobereva 时间: 2022-2-8 23:46

yingbin 发表于 2022-2-8 13:10
好的，谢谢老师，出现这个情况跟MD跑出盒子有关系吗？

有

作者
Author: yingbin 时间: 2022-2-9 12:50

sobereva 发表于 2022-2-8 23:46
有

谢谢老师，那这个会影响一些指标的分析结果吗？例如二级结构、Rg、RMSD之类的。

作者
Author: lonemen 时间: 2022-2-9 22:53

sobereva 发表于 2022-2-8 23:45
我不知道具体指什么效果
棒状显示把Drawing method设licorice就完了，直观显示蛋白质骨架把drawing meth ...

哦哦，谢谢社长。我是觉得vmd中的licorice模式的效果，比这里pymol显示的美观程度稍微差一点。

作者
Author: yingbin 时间: 2022-2-11 13:41

sobereva 发表于 2022-2-8 01:34
用VMD看轨迹，比Pymol强得多
键连关系判断规则此文说了
谈谈VMD可视化程序的连接关系的判断和设置问题

您好，社长，这个键缺失会影响二级结构、Rg和SASA这些指标的分析吗？

作者
Author: sobereva 时间: 2022-2-11 15:15

yingbin 发表于 2022-2-11 13:41
您好，社长，这个键缺失会影响二级结构、Rg和SASA这些指标的分析吗？

对Rg和SASA没影响，本来也不依赖于键连关系
但是可能会影响二级结构的判断，看具体判断程序

作者
Author: yingbin 时间: 2022-2-11 16:05

sobereva 发表于 2022-2-11 15:15
对Rg和SASA没影响，本来也不依赖于键连关系
但是可能会影响二级结构的判断，看具体判断程序

好的，谢谢老师

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