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标题: 有没有办法可以快速预测一个peptide和一个protein-RNA complex的结合能 [打印本页]

作者
Author: agent99 时间: 2022-2-8 07:20
标题: 有没有办法可以快速预测一个peptide和一个protein-RNA complex的结合能
请问大家，有没有办法可以快速地计算一个peptide（10个氨基酸左右）和一个protein-RNA complex（有PDB结构）的结合能？不需要很准确，只要大概能给一系列peptide排序就行，是为了初步筛选出几个有希望的sequence然后实验测试。MM-PBSA这样的工具上手复杂，而且我们的超算也没装Amber之类的软件。我搜到了几个web server可以做protein-protein binding的计算，但我把PDB放进去就报错，估计是因为我的结构含有RNA。

同事问我的，我没做过这方面计算（我是做材料和催化计算的...），请指教！

作者
Author: sobereva 时间: 2022-2-8 23:10
用HADDOCK可以试试

作者
Author: agent99 时间: 2022-2-9 03:11

sobereva 发表于 2022-2-8 09:10
用HADDOCK可以试试

谢谢社长！这个看起来更general一些，应该不限于protein-protein，我试试

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