计算化学公社

标题: 求助NVT NPT过程的必要性 [打印本页]

作者
Author: compume 时间: 2016-3-2 10:42
标题: 求助NVT NPT过程的必要性
最近做模拟想到一个问题，

NVT和NPT过程，以及一开始的真空中能量最小化都是为了体系能达到平衡，
那么如果我的体系比较简单，是不是意味着可以跳过这些阶段直接做模拟？
或者也许在分析的时候舍掉前1ns的轨迹，只分析后面的部分，即可保证平衡？

作者
Author: sobereva 时间: 2016-3-2 21:42
能量最小化主要目的是防止由于初始建立的结构有位阻，导致受力太大，使得MD一开始的时候崩溃。如果体系比较简单，或者结构本身就比较合理，能量最小化可以省略，只要MD不崩溃就行。
不管是NVT还是NPT模拟，都有个预平衡阶段，对于生物大分子体系一般看RMSD是否收敛，对于小分子溶液体系一般看密度之类的量是否收敛，收敛之后的轨迹都可以用来分析统计。

作者
Author: 978142355 时间: 2016-3-3 08:17

sobereva 发表于 2016-3-2 21:42
能量最小化主要目的是防止由于初始建立的结构有位阻，导致受力太大，使得MD一开始的时候崩溃。如果体系比较 ...

Sob老师，那对于生物大分子溶液体系，需要既看RMSD是否收敛，也要看溶液体系密度是否收敛吗？还是二者盯住一个就行？

作者
Author: sobereva 时间: 2016-3-3 08:29

978142355 发表于 2016-3-3 08:17
Sob老师，那对于生物大分子溶液体系，需要既看RMSD是否收敛，也要看溶液体系密度是否收敛吗？还是二者盯 ...

如果你感兴趣的是生物大分子，看RMSD就够了，密度会很快就收敛

2022-Jan补充：后来专门写了篇文章讨论判断平衡问题
谈谈怎么判断分子动力学模拟是否达到了平衡
http://sobereva.com/627（http://bbs.keinsci.com/thread-27122-1-1.html）

作者
Author: 978142355 时间: 2016-3-3 20:13

sobereva 发表于 2016-3-3 08:29
如果你感兴趣的是生物大分子，看RMSD就够了，密度会很快就收敛

是的，我感兴趣和研究方向是生物分子。哦，是这样啊，看RMSD就够了。谢谢sob老师的解答:-D

作者
Author: Sasuke 时间: 2022-1-18 21:37

sobereva 发表于 2016-3-2 21:42
能量最小化主要目的是防止由于初始建立的结构有位阻，导致受力太大，使得MD一开始的时候崩溃。如果体系比较 ...

请问下RMSD是均方根位移的意思么？

作者
Author: sobereva 时间: 2022-1-19 08:56

Sasuke 发表于 2022-1-18 21:37
请问下RMSD是均方根位移的意思么？

在VMD中计算RMSD衡量两个结构间的差异以及叠合两个结构
http://sobereva.com/290（http://bbs.keinsci.com/thread-1080-1-1.html）
此文说了

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