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标题: IGMH分析结果中pi-pi作用区域未展现，且isovalue明显偏小 [打印本页]

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Author: a9471163 时间: 2022-2-8 20:21
标题: IGMH分析结果中pi-pi作用区域未展现，且isovalue明显偏小
本帖最后由 a9471163 于 2022-2-8 20:36 编辑

各位老师，我使用gromacs做完动力学模拟后提取最后一帧进行IGMH分析，面型吸附剂是fragment1, 5个吸附质小分子是fragment2，以便展现吸附时的相互作用。
原子数500多个，molden文件是xtb产生的，单点能计算使用了xtb内置的默认精度，电荷设置为-3（3个去质子化羧基），并且没有加隐式溶剂模型（请问是否加上后绘制IGMH效果更好呢）
随后根据IGMH教程（http://sobereva.com/multiwfn/res/IGMH_tutorial.zip）《Tutorial of using Multiwfn to perform IGMH analysis》中1.1节 Plot sign(λ2)ρ colored IGMH isosurfaces的操作讲解进行计算，计算过程正常，Multiwfn未报错（如图）。计算步骤除了Using 0.15 Bohr as grid spacing替换为使用0.2之外，其他操作与1.1节中的示例相同。

计算结束后，将dg_inter.cub和sl2r.cub都拷到VMD目录下，把Multiwfn自带的examples目录下的VMD作图脚本IGM_inter.vmd也拷到VMD目录下，然后启动VMD，在命令行窗口输入source IGM_inter.vmd查看结果，发现结果中有2处可能不正常：

1、如图，面型吸附剂（其苯环上有1个环氧基，可能略微破坏了pi共轭结构）和吸附质的苯环之间应该是有pi-pi作用的，但IGMH图中有比较明显的空洞，这是否与pi-pi作用存在有些矛盾？
2、教程中AT.wfn实例使用isovalue=0.005就能显示清楚相互作用区域了，可我的体系必须调小isovalue到0.0004时，才能把相互作用区域显示的比较全面，否则根本就是没有等值面的（如图），请问这个isovalue偏小这么多正常吗，gromacs中rerun方法计算相互作用能，吸附剂和5种吸附质之间的平均静电能+非静电能值在-68至-85kJ/mol，我觉得相互作用还是比较强的
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Author: sobereva 时间: 2022-2-8 23:38
没什么必然不正常
我不知道你之后有没有优化，如果又没优化，再加上GFN-xTB的波函数质量本来就不高，再加上pi-pi作用强度本来就小（从单位空间来说），需要很小的isovalue才能展现出感兴趣的相关作用并不意外

作者
Author: a9471163 时间: 2022-2-9 10:16

sobereva 发表于 2022-2-8 23:38
没什么必然不正常
我不知道你之后有没有优化，如果又没优化，再加上GFN-xTB的波函数质量本来就不高，再加 ...

明白了，谢谢老师，结构是动力学平衡结构，没有额外优化结构，我换orca计算单点能试试，提高波函数质量

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