计算化学公社

标题: 求助：centos7 vasp可以运行 mpirun -np 4 vasp无法运行 [打印本页]

作者
Author: 静哥哥 时间: 2022-2-10 17:46
标题: 求助：centos7 vasp可以运行 mpirun -np 4 vasp无法运行
各位大佬好：

我是从零基础入门，没有任何人带，完全看帖子和视频自学。最近根据社长帖子的推荐，购买了顶级双路服务器8375c那个配置（4万块钱），折腾了一周，终于按照社长帖子陆续安好了centos7、parallel_studio_xe_2019_update1_cluster_edition以及vasp等软件，并进行了测试，vasp以及mpirun -np 4 vasp都能运行（实体机和虚拟机都能运行）。然后我利用ssh和sftp进行了虚拟机和实体机（都是一样的centos7、vasp等软件）的配置，能够连接，数据上传下载都ok了，中途发现内核太低无法加载NTFS格式，因此升级了内核到5.16。

当一切都搞定的时候，我准备再次测试下vasp，发现在Hg那个文件夹下，终端输入vasp可以执行，界面有运行数据出现，但是执行mpirun -np 4 vasp后没任何反应，界面的确没有任何报错或者反应，我查看后台也没有cpu在运行。然后我按照这个帖子https://www.cnblogs.com/Rita-Raz-Litt/p/Linux-1.html?ivk_sa=1024320u 试了下，弄了一下午也没搞定，请各位大佬帮帮忙

。

作者
Author: pwzhou 时间: 2022-2-10 21:14
没有任何反应和报错，这个是不正常的，这种情况下实在不知道怎么定位问题。按道理如果mpirun找不到，那也会输出command not found这样的提示，你还是尽量多提供一些信息。比如你把mpirun安装在哪个目录下？怎么设置的环境变量？which mpirun是不是能找正确输出mpirun的位置？等等

作者
Author: abin 时间: 2022-2-10 21:21
开ssh，让我来看看。
从你的描述，啥也看不出来。

作者
Author: 静哥哥 时间: 2022-2-11 09:15

pwzhou 发表于 2022-2-10 21:14
没有任何反应和报错，这个是不正常的，这种情况下实在不知道怎么定位问题。按道理如果mpirun找不到，那也会 ...

which mpirun 出现的地址是：/opt/intel/compilers_and_libraries_2019.1.144/linux/mpi/intel64/bin/mpirun

这是我的环境变量# .bashrc

# User specific aliases and functions

alias rm='rm -i'
alias cp='cp -i'
alias mv='mv -i'

# Source global definitions
if [ -f /etc/bashrc ]; then
. /etc/bashrc
fi

source /opt/intel/parallel_studio_xe_2019/psxevars.sh

export PATH=$PATH:/home/xiajing/softwares/vasp544/vasp544/bin

export PS1='[\u@\h \W]\$'

作者
Author: 静哥哥 时间: 2022-2-11 09:16

pwzhou 发表于 2022-2-10 21:14
没有任何反应和报错，这个是不正常的，这种情况下实在不知道怎么定位问题。按道理如果mpirun找不到，那也会 ...

另外设置了# .bash_profile

# Get the aliases and functions
if [ -f ~/.bashrc ]; then
. ~/.bashrc
fi

# User specific environment and startup programs

PATH=$PATH:$HOME/bin

PATH=$PATH:/opt/intel/compilers_and_libraries_2019.1.144/linux/mpi/intel64/bin

export PATH

export PS1='[\u@\h \W]\$'

作者
Author: 静哥哥 时间: 2022-2-11 09:31

abin 发表于 2022-2-10 21:21
开ssh，让我来看看。
从你的描述，啥也看不出来。

这位老师，谢谢您拉，我刚解决了该问题。我把gcc parralles_studio vasp全部删除安装了一次，同时把环境变量设置了一次，又可以了。我觉得问题是应该先更新内核gcc等，后装编译器和vasp。昨天顺序反了，才导致出错。麻烦您了

作者
Author: 静哥哥 时间: 2022-2-11 09:31

pwzhou 发表于 2022-2-10 21:14
没有任何反应和报错，这个是不正常的，这种情况下实在不知道怎么定位问题。按道理如果mpirun找不到，那也会 ...

这位老师，谢谢您拉，我刚解决了该问题。
我把gcc parralles_studio vasp全部删除安装了一次，同时把环境变量设置了一次，又可以了。我觉得问题是应该先更新内核gcc等，后装编译器和vasp。昨天顺序反了，才导致出错。麻烦您了

作者
Author: ra2123456 时间: 2025-4-25 19:47

pwzhou 发表于 2022-2-10 21:14
没有任何反应和报错，这个是不正常的，这种情况下实在不知道怎么定位问题。按道理如果mpirun找不到，那也会 ...

您好，我最近也出现了这个问题，which mpirun会正常定位到系统mpirun的安装目录，但直接输入mpirun没有任何输出，top -c -b | grep mpirun 显示这条命令对应的进程处于S状态，cpu占用为0。在昨天9点的时候，我没做任何操作，突然正常了，然而此时我不断更改我的bashrc中的环境变量，反复切换mpirun的环境变量（因为我装了2个mpirun，都是4.1.4版本，一个在系统目录，一个在私人目录，对应的whichmpi输出分别是/usr/bin/mpirun和/data/xxx/openmpi/bin/mpirun），两种情况都可以正常使用，因此推测该问题是与环境变量无关的

欢迎光临计算化学公社 (http://bbs.keinsci.com/)