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标题: 过渡态搜索结果有两个虚频，如何消掉其中一个？ [打印本页]

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Author: yaoyuan0711 时间: 2022-2-12 16:06
标题: 过渡态搜索结果有两个虚频，如何消掉其中一个？
各位老师好，我用Gaussian09搜索如下反应（N上的H转移到O上，C与N成键）的过渡态时，结果出现了两个虚频：第一个-1593是对应于反应路径的，第二个-962对应于甲基上3个氢原子的旋转。根据sob老师的帖子http://sobereva.com/278，我先加上了int=superfine还是两个虚频，然后取最后结构朝着-962的虚频分别旋转了0.3，0.4，结果跑到反应物和产物去了。这样的情况该怎么做？
另外，这个结构如果不加隐式溶剂模型的话，很容易找到只有一个虚频的过渡态。
搜索过渡态的关键词：#p opt=(calcfc,ts,noeigen) freq b3lyp/6-311g(d,p) scrf=(solvent=water,pcm) em=gd3bj int=superfine
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Author: 北大-陶豫 时间: 2022-2-12 16:25
甲基转60度试试

作者
Author: fatpig 时间: 2022-2-12 16:34
基组换成 def2-tzvp 试试...

作者
Author: ahxb 时间: 2022-2-12 20:59
本帖最后由 ahxb 于 2022-2-14 18:39 编辑

插个和你的问题无关的建议，你的输入文件里似乎没有写%nprocshared（错误，应当为%mem）要内存，程序只用了32MB内存，但你又用了24核并行，这点内存不够用，输出文件里一大堆”...requested number of processors reduced to...“，说明内存不够用，降低了并行核数，你用24核的计算速度和我的6核笔记本差不多。。。一般留几个G内存给系统，剩下的全给高斯就行，内存给的足够大的话会用更快的算法。

作者
Author: sobereva 时间: 2022-2-13 03:27
拿真空下优化的过渡态当初始结构，opt里加上recalc=3,notrust,maxstep=10再试
没有丝毫必要尝试superfine，纯粹浪费时间

作者
Author: yaoyuan0711 时间: 2022-2-14 08:48

北大-陶豫发表于 2022-2-12 16:25
甲基转60度试试

谢谢！我按照您说的分别旋转+60度和-60度，-60度搜索出来虚频减小到190了，我应该继续旋转？

作者
Author: yaoyuan0711 时间: 2022-2-14 08:49
本帖最后由 yaoyuan0711 于 2022-2-14 09:00 编辑

fatpig 发表于 2022-2-12 16:34
基组换成 def2-tzvp 试试...

一换基组就成了，不过我得把所有计算都重新算了。。。
是pople基组没有def2系列的基组构建的好吗？sob老师在http://sobereva.com/336提到过这一点

作者
Author: 喵星大佬 时间: 2022-2-14 08:53
这个基组相当大，尤其是振动分析会非常费劲，不过就这个结构来看还好体系不算大也不是完全不能接受就是了

作者
Author: yaoyuan0711 时间: 2022-2-14 08:54

ahxb 发表于 2022-2-12 20:59
插个和你的问题无关的建议，你的输入文件里似乎没有写%nprocshared要内存，程序只用了32MB内存，但你又用了 ...

感谢您的建议！我在输入文件一直写了%nprocshared=24，但是还是出现了您说的这种情况，这是什么原因？ (, 下载次数 Times of downloads: 38)

作者
Author: yaoyuan0711 时间: 2022-2-14 08:57

喵星大佬发表于 2022-2-14 08:53
这个基组相当大，尤其是振动分析会非常费劲，不过就这个结构来看还好体系不算大也不是完全不能接受就是了

您意思是说对于我当前的体系，有一个额外的-962的虚频也能接受？因为原子数不多，想计算的更精确点，用了较大的基组，后续用PWPB95/def2qzvpp计算单点、

作者
Author: sai77 时间: 2022-2-14 09:35

yaoyuan0711 发表于 2022-2-14 08:54
感谢您的建议！我在输入文件一直写了%nprocshared=24，但是还是出现了您说的这种情况，这是什么原因？

内存设定是%mem=xxxGB

作者
Author: yaoyuan0711 时间: 2022-2-14 09:47

sai77 发表于 2022-2-14 09:35
内存设定是%mem=xxxGB

好的，谢谢您了，以前没注意这个问题

作者
Author: 喵星大佬 时间: 2022-2-14 09:50
本帖最后由喵星大佬于 2022-2-14 09:51 编辑

yaoyuan0711 发表于 2022-2-14 08:57
您意思是说对于我当前的体系，有一个额外的-962的虚频也能接受？因为原子数不多，想计算的更精确点，用了 ...

我的意思是，如果体系所有都跟你现在这个东西这么大，用def2-tzvp去算去振动分析，也不是不能接受，基本上这个大小的基组做到7，80个原子的振动分析/找过渡态之类的就会很吃力了，可以用def-tzvp，在瓜丝里写作tzvp，这个基组跟6-311G**基本差不多，稍微大一丢丢

作者
Author: yaoyuan0711 时间: 2022-2-14 10:09

喵星大佬发表于 2022-2-14 09:50
我的意思是，如果体系所有都跟你现在这个东西这么大，用def2-tzvp去算去振动分析，也不是不能接受，基本 ...

好的，谢谢您的建议

作者
Author: fatpig 时间: 2022-2-14 10:32

yaoyuan0711 发表于 2022-2-14 08:49
一换基组就成了，不过我得把所有计算都重新算了。。。
是pople基组没有def2系列的基组构建的好吗？so ...

理论上就是这样。

我们组以前都是用pople+小赝势，自从换了def2-svp/def2-tzvp，嘿，真香...

作者
Author: 喵星大佬 时间: 2022-2-14 10:50

fatpig 发表于 2022-2-14 10:32
理论上就是这样。

我们组以前都是用pople+小赝势，自从换了def2-svp/def2-tzvp，嘿，真香...

瓜丝用户，一般目的(反应能势垒之类的，包括激发态)，DFT，基本上6-31G*(*)，def-TZVP，def2-TZVP三个级别就差不多了，对于含阴离子的最多也是最多到may/jul-cc-pVTZ，基本用不到其他的基组

作者
Author: yaoyuan0711 时间: 2022-2-14 11:12

fatpig 发表于 2022-2-14 10:32
理论上就是这样。

我们组以前都是用pople+小赝势，自从换了def2-svp/def2-tzvp，嘿，真香...

谢谢！但还有一个问题，b3lyp/def2tzvp能找到频率校正因子，def2svp好像没有。。。

作者
Author: 喵星大佬 时间: 2022-2-14 11:17
本帖最后由喵星大佬于 2022-2-14 11:19 编辑

yaoyuan0711 发表于 2022-2-14 11:12
谢谢！但还有一个问题，b3lyp/def2tzvp能找到频率校正因子，def2svp好像没有。。。

不用特意纠结那个玩意，用了，可能有改进，不用，影响也不大，定性还是定量基本上都轮不到那点热力学校正量上的微小影响，其他能产生大的多的误差的地方注意好才是真的

作者
Author: yaoyuan0711 时间: 2022-2-14 11:25

喵星大佬发表于 2022-2-14 11:17
不用特意纠结那个玩意，用了，可能有改进，不用，影响也不大，定性还是定量基本上都轮不到那点热力学校正 ...

好的，谢谢您的指导

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