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标题: 求助如何在charmm36力场里面添加Al离子和Cd离子 [打印本页]

作者
Author: 我去3000年 时间: 2022-2-13 00:53
标题: 求助如何在charmm36力场里面添加Al离子和Cd离子
各位老师好，我在charmm力场里面运行了蛋白质和木质素的模拟，现在想在里面加一些金属离子，但是有些我想添加的金属离子（铝离子和镉离子）charmm力场里面的itp文件没有，我搜文献和方法也没有找到合适的，想请教一下各位老师我应该怎么得到这些参数然后对itp文件进行补充呢？

作者
Author: sobereva 时间: 2022-2-13 03:49
Merz的Al3+的LJ参数J. Phys. Chem. B 2015, 119, 883−895
Merz的Cd2+的LJ参数J. Chem. Theory Comput. 2013, 9, 2733-2748

作者
Author: 我去3000年 时间: 2022-2-13 16:47

sobereva 发表于 2022-2-13 03:49
Merz的Al3+的LJ参数J. Phys. Chem. B 2015, 119, 883−895
Merz的Cd2+的LJ参数J. Chem. Theory Compu ...

谢谢社长，这种金属离子参数添加是不是要考虑配位作用，需要怎么修改文件呢？

作者
Author: sobereva 时间: 2022-2-14 04:48

我去3000年发表于 2022-2-13 16:47
谢谢社长，这种金属离子参数添加是不是要考虑配位作用，需要怎么修改文件呢？

不考虑化学键作用
考虑化学键需要自己增加[bonds]项

作者
Author: 喵星大佬 时间: 2022-2-14 11:08
多电荷离子光靠12-6描述还是不太行，但Gromacs不支持12-6-4形式也没办法

作者
Author: 我去3000年 时间: 2022-2-14 14:27

sobereva 发表于 2022-2-14 04:48
不考虑化学键作用
考虑化学键需要自己增加项

谢谢

作者
Author: 我去3000年 时间: 2022-2-14 14:30

喵星大佬发表于 2022-2-14 11:08
多电荷离子光靠12-6描述还是不太行，但Gromacs不支持12-6-4形式也没办法

谢谢，呃，我是个新手，你说的这个我还不是很了解，有科普的文章或者论文推荐吗？

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