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标题: 金属表面和有机溶剂两相界面跑AIMD结构跑散 [打印本页]

作者
Author: wwp 时间: 2022-2-13 10:07
标题: 金属表面和有机溶剂两相界面跑AIMD结构跑散
本帖最后由 wwp 于 2022-2-13 10:20 编辑

各位老师好！！！
我想请教一下通过MS中的amorphous cell功能和build layer模块建立金属表面和有机溶剂盒子的模型（类似于金属表面和水盒子的两相界面模型），密度也参考了溶剂的实际密度。一跑AIMD (用的是NVT)，体系温度就上升到几万K，结构野散架了，请问这样的建模过程是哪里有问题吗？请各位老师指教一下。建好的模型如下,建金属表面和水盒子模型的时候也出现这个问题了，不知道该咋处理了。

作者
Author: sobereva 时间: 2022-2-13 13:45
先做能量极小化，看能否得到正常的结构
如果NVT一开始温度立马飚上去导致吸附的分子跑飞，调整控温相关设置
这个slab也太薄了，而且盒子也太窄了

作者
Author: wwp 时间: 2022-2-17 13:33

sobereva 发表于 2022-2-13 13:45
先做能量极小化，看能否得到正常的结构
如果NVT一开始温度立马飚上去导致吸附的分子跑飞，调整控温相关设 ...

sob老师您好

您所说的 “先做能量极小化，看能否得到正常的结构”是指通过静态的结构优化来获得能量极小化的构型，还是通过分子动力学平衡的到的构型呢？

十分感谢您的指点

作者
Author: sobereva 时间: 2022-2-17 14:12

wwp 发表于 2022-2-17 13:33
sob老师您好

您所说的 “先做能量极小化，看能否得到正常的结构”是指通过静态的结构优化来获得能量 ...

静态

作者
Author: wwp 时间: 2022-2-17 16:41

sobereva 发表于 2022-2-17 14:12
静态

sob老师

好的谢谢老师

作者
Author: wilesyu 时间: 2025-3-14 21:35
本帖最后由 wilesyu 于 2025-3-14 21:38 编辑

sobereva 发表于 2022-2-17 14:12
静态

社长你好，我也在做这个体系，不过我得时金原子层和镍原子层相叠，最后也是要跑aimd。请问在结构优化时需要考虑Ni的磁性么？补充一下：之后的aimd需要进行升温的nvt和降温的npt，这两个过程是否也需要考虑磁性。

作者
Author: sobereva 时间: 2025-3-15 00:22

wilesyu 发表于 2025-3-14 21:35
社长你好，我也在做这个体系，不过我得时金原子层和镍原子层相叠，最后也是要跑aimd。请问在结构优化时需 ...

只要体系实际是有磁性特征的，无论什么计算原理上都应当考虑磁性，只不过对不同问题有的影响大有的影响小，但只要不考虑都会大概率被审稿人怼

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