计算化学公社

标题: PDB2PQR的使用问题 [打印本页]

作者
Author: uenh1998 时间: 2022-2-14 21:12
标题: PDB2PQR的使用问题
各位老师好，最近在做DNA与蛋白质的复合物模拟。力场选择Amber力场的OL15进行模拟。在pdb2gmx步骤中出现了图1的错误。说某个环没有完整。于是我采用PDB2PQR的在线服务器进行了修复，结果图2所示，里面有NAN Undefined的字条，这跟培训班所讲的不太相同（培训班老师给的图里没有这个NAN Undefined的字条）。包含运行细节信息的.txt文件打开也没有内容。之后我把输出文件.pqr导入vmd，保存为pdb文件，文件保存了，但窗口出现了图3所示的ERROR。
想知道我这整个过程是不是出现了什么问题。就比如这个NAN Udefined 以及 VMD里保存pdb文件时候的error。

作者
Author: sobereva 时间: 2022-2-15 07:03
先用VMD打开原始的pdb文件，仔细看那个HIS到底缺了什么原子，可以考虑WHAT IF或pdbfixer来补

作者
Author: uenh1998 时间: 2022-2-15 09:37

sobereva 发表于 2022-2-15 07:03
先用VMD打开原始的pdb文件，仔细看那个HIS到底缺了什么原子，可以考虑WHAT IF或pdbfixer来补

谢谢老师，我试下

欢迎光临计算化学公社 (http://bbs.keinsci.com/)