计算化学公社

标题: 单链DNA用gromacs生成拓扑文件报错 [打印本页]

作者
Author: Tummy 时间: 2022-2-15 14:19
标题: 单链DNA用gromacs生成拓扑文件报错
(, 下载次数 Times of downloads: 20)
Program: gmx pdb2gmx, version 2020.6-MODIFIED
Source file: src\gromacs\gmxpreprocess\pdb2gmx.cpp (line 745)

Fatal error:
Atom 'HO5 in residue DA 1 was not found in rtp entry DA5 with 30 atoms
while sorting atoms.
.

For more information and tips for troubleshooting, please check the GROMACS
website at http://www.gromacs.org/Documentation/Errors

选择的是AMBER99SB protein, nucleic AMBER94力场

作者
Author: sobereva 时间: 2022-2-16 10:46
你的截图和帖子文字里的报错完全不符，提问时交代清楚，不要有任何歧义

对于pdb里氢的原子名和rtp里不符的问题，加上-ignh

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