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标题: 求助关于GAFF力场构建PF6-拓扑文件的问题 [打印本页]

作者
Author: Aristotler 时间: 2022-2-15 20:03
标题: 求助关于GAFF力场构建PF6-拓扑文件的问题
本帖最后由 Aristotler 于 2022-2-15 20:13 编辑

各位老师，同学大家好！我遇到如下难题：在计算包含PF6-离子的电解液结构时，我采用GAFF力场建立了PF6-的拓扑文件（如图1）。然而在计算产生相的时候，该结构会严重失真变形（如图2）。
特此请教老师、同学们：
（1）是不是GAFF力场无法描述PF6-阴离子？能否告知造成上述现象的原因？
（2）采用OPLS力场能否解决该问题？或者有哪些可以尝试的方法来解决此问题？
谢谢大家！

作者
Author: ggdh 时间: 2022-2-15 21:36
可以用ztop
另外这个分子这么简单
手动把平衡键角和键长改为量化计算结果就行

作者
Author: Entropy.S.I 时间: 2022-2-16 01:51

ggdh 发表于 2022-2-15 21:36
可以用ztop
另外这个分子这么简单
手动把平衡键角和键长改为量化计算结果就行

哈哈，钟叔为ztop的推广操碎了心

我将助一臂之力（

作者
Author: Aristotler 时间: 2022-2-16 07:08

ggdh 发表于 2022-2-15 21:36
可以用ztop
另外这个分子这么简单
手动把平衡键角和键长改为量化计算结果就行

谢谢你，我尝试一下。另外我这个结构已经是量化计算过的，为何算产生相的时候会变形呢？

作者
Author: sobereva 时间: 2022-2-16 09:57
明显是你的拓扑文件有问题。

使用我最近开发的Sobtop程序可以轻而易举地产生这个体系的高质量的拓扑文件
去http://sobereva.com/soft/Sobtop下载Sobtop

程序自带了SF6的例子：
双击Sobtop.exe启动，然后输入（含义看屏幕上的提示）
examples\SF6\SF6.mol2
2
[回车]
-1
4
1
2
2
examples\SF6\SF6.fchk
[回车]
[回车]

当前目录下已经有了SF6.itp、SF6.top和SF6.gro。此例原子类型都是GAFF的，平衡键长来自SF6.fchk，力常数使用DRIH方法产生，并且考虑了键-键耦合项。最后，用Multiwfn算RESP或RESP2(0.5)原子电荷加进去即可，参考
RESP拟合静电势电荷的原理以及在Multiwfn中的计算
http://sobereva.com/441（http://bbs.keinsci.com/thread-10880-1-1.html）
RESP2原子电荷的思想以及在Multiwfn中的计算
http://sobereva.com/531（http://bbs.keinsci.com/thread-16190-1-1.html）

对于你自己的情况，对PF6-用Gaussian或ORCA做opt freq，最终结构保存为PF6-.mol2文件，chk文件转换成PF6-.fch文件（或者用ORCA做freq后产生的.hess文件代替fch/fchk文件），按照上面操作即可。

Sobtop非常普适，对于各类乌七八糟的分子，带过渡金属的、带硼的、聚合物等等，都能产生能用的拓扑文件。

作者
Author: 牧生 时间: 2022-2-16 10:51

sobereva 发表于 2022-2-16 09:57
明显是你的拓扑文件有问题。

使用我最近开发的Sobtop程序可以轻而易举地产生这个体系的高质量的拓扑文件 ...

我是不是可以这样理解，Sobtop产生的top质量高，主要是因为用了量化软件计算了相关的键长，力常数等。

但另一方面，如果是绝对新手来使用这个软件，会不会因为不会做量化计算而被劝退，或者量化计算的结果质量不高而导致top的质量不高。相比之下，acpype的在线服务器就很傻瓜化。

能不能有个简单的脚本，直接用最正确的关键词，调用orca在当前目录下得到.hess文件，这样降低使用门槛。

作者
Author: sobereva 时间: 2022-2-16 10:52

牧生发表于 2022-2-16 10:51
我是不是可以这样理解，Sobtop产生的top质量高，主要是因为用了量化软件计算了相关的键长，力常数等。

...

Sobtop考虑极为周到，提供了丰富的选项，你想直接全都用GAFF的参数就能用，120%可以彻底代替acpype，而且没acpype那么多破事（成键特殊的、有GAFF不支持元素的就产生不出来拓扑文件，对巨大体系产生拓扑文件极慢或者失败，gview产生的mol2里Ar必须手动改成ar，等等）。而且拓扑文件里每个力场参数的来源都标得清清楚楚，用户自己改也很好改，还不需要安装臃肿的ambertools也不需要Python环境，等等，Sobtop还有很多优点

作者
Author: wolfli369 时间: 2022-2-16 12:59

sobereva 发表于 2022-2-16 10:52
Sobtop考虑极为周到，提供了丰富的选项，你想直接全都用GAFF的参数就能用，120%可以彻底代替acpype，而且 ...

小白的福利，谢谢大神

作者
Author: Aristotler 时间: 2022-2-16 16:17

sobereva 发表于 2022-2-16 09:57
明显是你的拓扑文件有问题。

使用我最近开发的Sobtop程序可以轻而易举地产生这个体系的高质量的拓扑文件 ...

万分感谢卢老师的详尽指导！！！

作者
Author: Entropy.S.I 时间: 2022-2-16 17:51

sobereva 发表于 2022-2-16 10:52
Sobtop考虑极为周到，提供了丰富的选项，你想直接全都用GAFF的参数就能用，120%可以彻底代替acpype，而且 ...

感觉要和钟叔卷起来了呀，Sobtop有傻瓜式拟合二面角的功能吗

作者
Author: sobereva 时间: 2022-2-16 18:46

Entropy.S.I 发表于 2022-2-16 17:51
感觉要和钟叔卷起来了呀，Sobtop有傻瓜式拟合二面角的功能吗

没有
Sobtop里提供了多种获得谐振势的k的方法，二面角拟合暂时没时间加，但以后有功夫时可能为了完整性考虑加上
其实二面角拟合本身很简单，算法都有现成的，比如J. Chem. Inf. Model. 2014, 54, 1978−1986给出了拟合多个二面角的解析方法。但要想把这个功能做完美，则需要考虑乱七八糟事，特别是如果不限定phase为0或180度而将phase也作为可变参数的话，拟合将会成为非线性问题，会牵扯到收敛到局部极小点问题，还得考虑全局优化问题。
Sobtop可以直接指认GAFF扭转势，而且GAFF扭转势有许多通配项，对大多数有机的情况都够用了（当然，自己拟合肯定精度更好）。

作者
Author: Aristotler 时间: 2022-2-16 19:11

sobereva 发表于 2022-2-16 09:57
明显是你的拓扑文件有问题。

使用我最近开发的Sobtop程序可以轻而易举地产生这个体系的高质量的拓扑文件 ...

卢老师，我下午一直在尝试打开sobtop.exe 但提醒：无法定位序数270于动动态链接库，尝试换了三台电脑，以及google 说在系统目录下添加wldcore.dll 文件，均无果，依然显示上述警告，请老师帮助答疑

作者
Author: sobereva 时间: 2022-2-16 19:16

Aristotler 发表于 2022-2-16 19:11
卢老师，我下午一直在尝试打开sobtop.exe 但提醒：无法定位序数270于动动态链接库，尝试换了三台电脑，以 ...

之前没在里面放libiomp5md.dll，我刚才放进去了，重新下载应当能直接用

作者
Author: Aristotler 时间: 2022-2-16 19:18

sobereva 发表于 2022-2-16 19:16
之前没在里面放libiomp5md.dll，我刚才放进去了，重新下载应当能直接用

感谢老师，我这边也能用了

作者
Author: Aristotler 时间: 2022-2-16 20:40

sobereva 发表于 2022-2-16 09:57
明显是你的拓扑文件有问题。

使用我最近开发的Sobtop程序可以轻而易举地产生这个体系的高质量的拓扑文件 ...

总觉得科研界还是要多有卢老师这样的指导者，业界良心。对于我们这种完全靠自己、没有人带领的年轻老师或者学生来说，做计算真是艰难险阻，投路无门。但从我读硕士、到博士，再到现在做一名青椒，向卢老师请教了很多问题，也参加多次培训，受益匪浅。也希望大家多参与卢老师的培训班，同时也感谢卢老师提供的公社平台以及贡献的软件。还要请问卢老师使用该软件如何致谢或引用？

作者
Author: sobereva 时间: 2022-2-16 20:44

Aristotler 发表于 2022-2-16 20:40
总觉得科研界还是要多有卢老师这样的指导者，业界良心。对于我们这种完全靠自己、没有人带领的年轻老师或 ...

目前暂且引用成诸如：Tian Lu, Sobtop Version 1.0, http://sobereva.com/soft/Sobtop (accessed on Jul-16, 2022)

目前这个只是测试版，还有些功能和特性打算近期加进去后再作为正式版发布，并且届时会给个完整的手册，并写个介绍帖子。并且也打算写个介绍paper发出去，等什么时候paper发表了就可以引用paper了。

作者
Author: tjuptz 时间: 2022-2-16 20:55

sobereva 发表于 2022-2-16 09:57
明显是你的拓扑文件有问题。

使用我最近开发的Sobtop程序可以轻而易举地产生这个体系的高质量的拓扑文件 ...

卢老师，sobtop中的非键参数如何获取的呢？

作者
Author: Aristotler 时间: 2022-2-16 21:05

sobereva 发表于 2022-2-16 20:44
目前暂且引用成诸如：Tian Lu, Sobtop Version 1.0, http://sobereva.com/soft/Sobtop (accessed on Jul- ...

好的，期待老师的文章，到时候多引用

作者
Author: 牧生 时间: 2022-2-16 21:45

sobereva 发表于 2022-2-16 20:44
目前暂且引用成诸如：Tian Lu, Sobtop Version 1.0, http://sobereva.com/soft/Sobtop (accessed on Jul- ...

非常期待。我用acpype得到的CTAB和水杨酸钠的itp，并用resp电荷替换了原来的电荷，但要在很高浓度(500mmol以上)才能看到形成棒状胶束。我也不知道问题在哪。

对比了一下sobtop得到的CTAB的itp的参数，和acpype得到的有部分非常接近，也有一部分参数差距较大，期望sobtop得到的参数可以满足我的预期。

作者
Author: sobereva 时间: 2022-2-17 08:36

tjuptz 发表于 2022-2-16 20:55
卢老师，sobtop中的非键参数如何获取的呢？

看你在Sobtop里怎么选
一般建议选成优先用GAFF原子类型（因此GAFF的非键参数），对于GAFF没有的元素或原子类型判断失败的情况让Sobtop指认UFF力场的LJ参数

作者
Author: sobereva 时间: 2022-2-17 08:37

牧生发表于 2022-2-16 21:45
非常期待。我用acpype得到的CTAB和水杨酸钠的itp，并用resp电荷替换了原来的电荷，但要在很高浓度(500mmo ...

如果让Sobtop全用GAFF参数的话，得到的拓扑文件内容和acpype一般情况是完全相同的

作者
Author: tjuptz 时间: 2022-2-17 09:29

sobereva 发表于 2022-2-17 08:36
看你在Sobtop里怎么选
一般建议选成优先用GAFF原子类型（因此GAFF的非键参数），对于GAFF没有的元素或原 ...

明白了，期待正式发布

作者
Author: ggdh 时间: 2022-2-20 16:44
本帖最后由 ggdh 于 2022-2-20 16:46 编辑

Entropy.S.I 发表于 2022-2-16 17:51
感觉要和钟叔卷起来了呀，Sobtop有傻瓜式拟合二面角的功能吗

我决定直接投降, ztop可以更多的去开发大分子方向的功能, 并且还可以调用sobtop(肯定要强调来源的并要求合理引用...), 现在ztop调用的ambertools肯定没有sobtop robust

作者
Author: Yaohui 时间: 2022-3-14 21:46
想请教一下,原来碰见和楼主一样的问题，后来单独用sobtop把PF6的参数重新构造了一下，然后就只是把原GMX中输入文件中PF6的itp文件换成了sobtop产生的，其他的还是用acpype产生的（体系多，没有一一改），这样混合使用是不能跑吗，我在做极小化的时候PF6离子都散了，不知道是什么问题，请指教。

作者
Author: Aristotler 时间: 2022-3-17 07:42

Yaohui 发表于 2022-3-14 21:46
想请教一下,原来碰见和楼主一样的问题，后来单独用sobtop把PF6的参数重新构造了一下，然后就只是把原GMX中 ...

请详细说明吧，补充下信息。我利用sobtop构建后是可以用的，也是和你一样的方法

作者
Author: Kangtor 时间: 2022-3-17 11:33
你这个就是 angle项没弄对导致的，因为F-P-F有180度和90度角的区分。修改一下angle项即可

作者
Author: Yaohui 时间: 2022-3-18 19:57

Aristotler 发表于 2022-3-17 07:42
请详细说明吧，补充下信息。我利用sobtop构建后是可以用的，也是和你一样的方法

谢谢回复，在公社qq群里向卢老师请教了这个问题，最后得出的结论是，一开始高斯输入文件没有让PF6保持高度对称的oh点群，造成优化的离子结构稍微偏离了点180度键角，从而使得DRIH计算出来的键角参数有比较大的差异。

作者
Author: suhui 时间: 2022-12-24 20:25
PF6- 一共有15个角，分别是12个 90° F-P-F 和三个 180° F-P-F，其中三个180° F-P-F 一般忽略不应用力场。具体参考这篇文献：Borodin O, Smith G D, Jaffe R L. Ab initio quantum chemistry and molecular dynamics simulations studies of LiPF6/poly (ethylene oxide) interactions[J]. Journal of Computational Chemistry, 2001, 22(6): 641-654.

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