标题: 求助，如何操作使得pdb2gmx命令识别N端氨基质子化状态，将蛋白pdb文件变为gro文件 [打印本页] 作者Author: wpy2270 时间: 2022-2-16 14:15 标题: 求助，如何操作使得pdb2gmx命令识别N端氨基质子化状态，将蛋白pdb文件变为gro文件 各位老师，我想修改蛋白N末端残基（Ser）氨基的质子化状态（默认为-NH3+）为-NH2，请问该如何操作，才能利用pdb2gmx命令，将pdb文件转为加氢后的gro文件（charmm36力场）？
pdb2gmx命令中的帮助解释为：The protonation state of N- and C-termini can be chosen interactively with the -ter flag. Default termini are ionized (NH3+ and COO-), respectively. 但是我不太明白这个-ter flag在pdb里怎么添加和修改才能改变N末端氨基质子化状态。 作者Author: sobereva 时间: 2022-2-16 14:56
-ter是给pdb2gmx加的选项，跟pdb没关系作者Author: wpy2270 时间: 2022-2-16 16:02
