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标题: 使用分子动力学模拟有机分子无定形聚集体在水溶液中的相变的问题 [打印本页]

作者
Author: yangjunfang 时间: 2022-2-16 14:22
标题: 使用分子动力学模拟有机分子无定形聚集体在水溶液中的相变的问题
各位老师，同学大家好，我想使用分子动力学模拟有机分子无定形聚集体在水溶液中的相变，不知道是否可行，请指教：
我的想法是，使常温下平衡的体系不断升温到某一个温度，然后做温度-密度图，如果能拟合出两个不同斜率的直线，则可以说明发生相变。

作者
Author: sobereva 时间: 2022-2-16 14:34
如置顶的新社员必读贴、论坛首页的公告栏、版头的红色大字非常明确所示，求助帖必须在帖子标题明确体现出此帖内容是求助或提问，避免有任何歧义，仔细看http://bbs.keinsci.com/thread-9348-1-1.html。我已把你的不恰当标题“分子动力学模拟相变”改了，以后务必注意

作者
Author: sobereva 时间: 2022-2-16 14:37
看相变具体是什么样的变化。如果相变对密度影响不大，而且有机分子无定形聚集体在模拟体系中只占很小一部分，从整体的密度曲线变化上不容易准确反映出来
已知相变会发生和不会发生的温度下分别模拟，对诸如结构特征做分析，看主要相差在什么地方，如果有显著差异，那么不断缓慢升温，对轨迹每一段部分都做结构分析，以此检测出什么时候出现了相变，这比起靠密度来判断会灵敏得多。

作者
Author: yangjunfang 时间: 2022-2-16 15:45

sobereva 发表于 2022-2-16 14:34
如置顶的新社员必读贴、论坛首页的公告栏、版头的红色大字非常明确所示，求助帖必须在帖子标题明确体现出此 ...

不好意思，老师，以后注意

作者
Author: yangjunfang 时间: 2022-2-16 15:47

sobereva 发表于 2022-2-16 14:37
看相变具体是什么样的变化。如果相变对密度影响不大，而且有机分子无定形聚集体在模拟体系中只占很小一部分 ...

好的，老师，还有一个问题是该聚集体是在水溶液中的，如果温度过高的话水分子的相变会影响聚集体的相变过程吗？能单独模拟聚集体的相变吗？

作者
Author: 牧生 时间: 2022-2-16 16:12
不断缓慢升温，我的理解是，在30℃跑10ns，在40 ℃跑10 ns，50℃跑10 ns。

似乎gromacs不能做到在30 ns内，缓慢均匀的从30℃升到50℃

作者
Author: sobereva 时间: 2022-2-17 08:30

yangjunfang 发表于 2022-2-16 15:47
好的，老师，还有一个问题是该聚集体是在水溶液中的，如果温度过高的话水分子的相变会影响聚集体的相变过 ...

说具体温度过高指什么。是超过沸点还是什么情况，用NVT还是NPT

作者
Author: sobereva 时间: 2022-2-17 08:30

牧生发表于 2022-2-16 16:12
不断缓慢升温，我的理解是，在30℃跑10ns，在40 ℃跑10 ns，50℃跑10 ns。

似乎gromacs不能做到在30 ns ...

做退火可以

作者
Author: yangjunfang 时间: 2022-2-17 09:21

sobereva 发表于 2022-2-17 08:30
说具体温度过高指什么。是超过沸点还是什么情况，用NVT还是NPT

就是如果做NPT的时候升温超过沸点会有影响吗

作者
Author: sobereva 时间: 2022-2-17 09:27

yangjunfang 发表于 2022-2-17 09:21
就是如果做NPT的时候升温超过沸点会有影响吗

会出现水蒸气区域，盒子会不断变大

作者
Author: yangjunfang 时间: 2022-2-17 10:54

sobereva 发表于 2022-2-17 09:27
会出现水蒸气区域，盒子会不断变大

老师，那这样会对无定形聚集体的相变分析会有影响吗

作者
Author: sobereva 时间: 2022-2-17 13:01

yangjunfang 发表于 2022-2-17 10:54
老师，那这样会对无定形聚集体的相变分析会有影响吗

溶剂环境状态的改变当然也会影响到聚集体，聚集体在液态水中和高压、低压水蒸气中显然会有明显不同
凭基本化学常识和逻辑思考

作者
Author: yangjunfang 时间: 2022-2-17 14:44
本帖最后由 yangjunfang 于 2022-2-17 14:51 编辑

sobereva 发表于 2022-2-17 13:01
溶剂环境状态的改变当然也会影响到聚集体，聚集体在液态水中和高压、低压水蒸气中显然会有明显不同
凭基 ...

好的老师，那我想模拟超过升温超过100°时，无定形聚集体的相变应该怎么做呢？在分析数据的时候考虑上环境的影响就可以吗？

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