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标题: 求助：vasp并行运行一段时间后报错Fatal error in PMPI_Recv: Unknown error class... [打印本页]

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Author: 静哥哥 时间: 2022-2-16 19:16
标题: 求助：vasp并行运行一段时间后报错Fatal error in PMPI_Recv: Unknown error class...
本帖最后由静哥哥于 2022-2-16 19:25 编辑

群里的大佬们：    我这连天新遇到一个奇怪的问题，我在新买的双路服务器（社长帖子推荐的8375c那个配置）上按照社长的帖子（VASP的最简单的安装方法（含全程视频演示））装好了vasp5.4.4和parallel_studio_xe_2019_update1_cluster_edition，用了几天一切正常。但是今天在跑一个56个原子异质结的时候中途程序突然停止，很奇怪，出现报错，请问这个怎么解决呢。最主要的问题是程序跑了23步，跑了几个小时才停止。后面附上我的incar和kpoints .

Abort(269604713) on node 0 (rank 0 in comm 0): Fatal error in PMPI_Recv: Unknown error class, error stack:
PMPI_Recv(171)........: MPI_Recv(buf=0x7fb3d34492b8, count=16, dtype=USER<contig>, src=MPI_ANY_SOURCE, tag=642285, comm=0xc4000017, status=0x7fff0b9c1d10) failed
MPID_Recv(234)........:
MPIDI_OFI_do_irecv(68): failure occurred while allocating memory for a request object
[cli_0]: readline failed
forrtl: error (78): process killed (SIGTERM)
Image             PC             Routine          Line       Source
vasp             000000000147D324  Unknown             Unknown  Unknown
libpthread-2.17.s  00007FB4E0052630  Unknown             Unknown  Unknown
vasp             000000000147CD70  Unknown             Unknown  Unknown
forrtl: error (78): process killed (SIGTERM)
Image             PC             Routine          Line       Source
vasp             000000000147D324  Unknown             Unknown  Unknown
libpthread-2.17.s  00007F21CEEEA630  Unknown             Unknown  Unknown
libmpi.so.12.0.0 00007F21CFDD157F  Unknown             Unknown  Unknown
libmpi.so.12.0.0 00007F21CFD5BF56  Unknown             Unknown  Unknown
libmpi.so.12.0.0 00007F21CFDD6F9D  Unknown             Unknown  Unknown
libmpi.so.12.0.0 00007F21CFDD3746  MPI_Bcast          Unknown  Unknown

我的INCAR
SYSTEM= hetero OPT #第一行为注释行
# 1初始参数
ISTART = 0 #如何生成波函数，首次结构优化用0。如果进行能带、电子结构计算，使用ISTART=1（读取优化的波函数，比CHGCAR快），ICHARG=11
ICHARG = 2 #如何获得初始电荷密度，首次结构优化用2,通过原子电荷叠加初猜电荷密度。算能带和dos需要用11，读取前面的CHGCAR
ISMEAR = 0  #决定电子轨道分数占据。0适用于导体、半导体和绝缘体.
         #对于金属体系来说，也可以使用ISMEAR = 1，SIGMA = 0.01
         #算dos时，ISMEAR =-5（K大于4），可以得到一个非常平滑的DOS图
         #如果体系很大，只能适用gamma点来算，可以使用ISMEAR = 0；SIGMA = 0.01。
SIGMA = 0.1 #展宽默认为0.2.对于半导体和绝缘体，k小于4，sigma可以取小点，比如0.01-0.05。对于金属，取0.1足够。对于分子取0.02

# 2自洽迭代，SCF，电子优化
ENCUT = 350  #截断能, ENCUT的最小值应为所有元素中ENMAX的最大值或1.3倍左右.第一次为了获得稳定的晶格常数，可以设置为600
EDIFF = 1E-4 # 能量收敛标准ev.结构优化的时候，EDIFF=1E-5, EDIFFG =-0.01 至 -0.03 都是被认可的
NELM = 60
ALGO = Normal #不写就默认为Normal，DAV算法，收敛性好，但速度慢.结构好可以用Fast

# 3原子弛豫，离子弛豫，结构优化
IBRION = 2 #2代表离子原子位置优化.不写就默认为-1，即原子位置不优化,一般1用于静态计算
POTIM = 0.1 # 离子移动步距，一般在0.1——0.5间.如果初始结构很差，设置较小的POTIM可以有效的避免过度矫正,比如0.01
ISIF = 2 #2代表只优化原子位置,3代表原子和晶胞都优化,6只优化晶胞。对于切片或二维材料、多变量不能用3
         #Tips：复杂的结构优化过程，可以分步优化，即初始只优化离子（ISIF=2）→优化晶胞（ISIF=6）→优化离子和晶胞（ISIF=3）
NSW = 200 #最大离子步数,单点能计算，如果晶胞优化后进行静态计算，NSW需要设置为0
EDIFFG = -0.05  #不写即默认，此时EDIFFG = EDIFF×10，即能量收敛，正数为能量收敛ev。负数表示力收敛，ev/埃，一般在-0.01-0.05间

# 4态密度和能带相关
# LWAVE = .F. #控制是否输出波函数和电荷密度
# LCHARG = .F.
# NEDOS = 2000  #DOS点的个数,通常设置1000-3000
# EMIN
# EMAX  #计算态密度的能量窗口
# LORBIT    #总态密度投影,10：投影到s、p、d、f轨道.11：投影到s、px、py、pz.....轨道
# NBANDS  #总能带数

#5磁性和加U以及偶极矫正
# ISPIN = 1 #1为默认值，表示不进行自旋极化计算。2表示需要进行自旋极化计算
# MAGMOM = 原子个数*磁矩 #如果原子的MAGMOM为负值，则写成原子数乘负的磁矩，如氧10*-2
# IVDW #范德华力计算方法
# LDA+U
# LDIPOL = .TRUE.  #偶极矫正，Slab模型一般都需要加上这个参数
# IDIPOL = 3 #偶极矫正，Slab模型一般都需要加上这个参数
# NCORE = 32 #NCORE = 节点核数/2

KPOINTS
K-Spacing Value to Generate K-Mesh: 0.040
0
Gamma
4 4 1
0.0  0.0  0.0

我的服务器
CPU：2* XEON Platinum 8375C正式版（32核2.9G，全核睿频到3.5G，散，无集显）2*10000
散热器：2*金钱豹LGA4189 5热管双风扇散热器  2*310
主板：超微X12DPi-N6 5700
机械硬盘：希捷企业级银河Exos 4TB 256MB 7200rpm SATA3 (ST4000NM000A) 990
固态硬盘：三星PM9A1 2TB 1450
内存：16*三星DDR4-3200 ECC REG 16GB  16*500
电源：海韵FOCUS GX1000 额定1000W  1320
机箱：追风者614PC 550
键盘鼠标：罗技MK200 多媒体套装  90

作者
Author: wolfli369 时间: 2022-2-16 20:41
没看到全部输入文件。应该是mpi导致内存泄漏，曾在intel2019上遇到这样的问题，换了intel2018的就没事了。

作者
Author: 静哥哥 时间: 2022-2-17 07:44

wolfli369 发表于 2022-2-16 20:41
没看到全部输入文件。应该是mpi导致内存泄漏，曾在intel2019上遇到这样的问题，换了intel2018的就没事了。

谢谢您，昨晚在论坛里收到了方法，装了mpi2015就好了

作者
Author: wolfli369 时间: 2022-2-17 11:09

静哥哥发表于 2022-2-17 07:44
谢谢您，昨晚在论坛里收到了方法，装了mpi2015就好了

作者
Author: 静哥哥 时间: 2022-2-17 11:12

wolfli369 发表于 2022-2-17 11:09

您好，请问遇到过这个问题吗，VASP力没有达到收敛标准，就提示已经达到了收敛精度，并且停止了，我刚发了个帖子，能不能麻烦您帮忙看看

作者
Author: wolfli369 时间: 2022-2-17 11:22

静哥哥发表于 2022-2-17 11:12
您好，请问遇到过这个问题吗，VASP力没有达到收敛标准，就提示已经达到了收敛精度，并且停止了，我刚发了 ...

vasp通常力比能量更难收敛，只要向着收敛方向走，调整收敛方式继续跑就行了。

作者
Author: 静哥哥 时间: 2022-2-17 11:24

wolfli369 发表于 2022-2-17 11:22
vasp通常力比能量更难收敛，只要向着收敛方向走，调整收敛方式继续跑就行了。

请问怎么调整收敛方式？我不太明白，按理说一个简单我晶胞应该很好收敛才对

作者
Author: wolfli369 时间: 2022-2-17 11:38

静哥哥发表于 2022-2-17 11:24
请问怎么调整收敛方式？我不太明白，按理说一个简单我晶胞应该很好收敛才对

http://bbs.keinsci.com/thread-11126-1-1.html和http://bbs.keinsci.com/thread-7312-1-1.html

作者
Author: 静哥哥 时间: 2022-2-17 13:48

wolfli369 发表于 2022-2-17 11:38
http://bbs.keinsci.com/thread-11126-1-1.html和http://bbs.keinsci.com/thread-7312-1-1.html

好的，我试试，十分感谢

作者
Author: HAHAHAHA 时间: 2022-4-25 16:58

静哥哥发表于 2022-2-17 07:44
谢谢您，昨晚在论坛里收到了方法，装了mpi2015就好了

是intel2015还是mpi哪个版本呀

作者
Author: 静哥哥 时间: 2022-4-27 17:42

HAHAHAHA 发表于 2022-4-25 16:58
是intel2015还是mpi哪个版本呀

mpi2015.tar.gz，百度一下就知道了。其实就是mpi需要用久一点的版本。

作者
Author: scl 时间: 2025-10-31 21:19

静哥哥发表于 2022-4-27 17:42
mpi2015.tar.gz，百度一下就知道了。其实就是mpi需要用久一点的版本。

请问是把intel2019的mpi换成2015版的mpi吗，之前的intel2019mpi需要删掉吗，求助mpi2015的压缩包

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