计算化学公社

标题: 求助用热力学积分（TI）方法计算结合自由能中相空间重叠不够怎么办 [打印本页]

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Author: molu851 时间: 2022-2-17 10:34
标题: 求助用热力学积分（TI）方法计算结合自由能中相空间重叠不够怎么办
体系介绍：蛋白含有740个氨基酸残基，小分子结合在蛋白质中间
过程：GMX程序，用热力学积分方法计算结合自由能，lambda从0到20，共21个窗口，每个进行8ns成品动力学，初始构象来源于amber动力学之后的平衡构象。
问题：结合自由能数值和deltaG与lambda关系图可以得到，但是绘制正向和反向的自由能随模拟时间变化的函数图中耦合与去耦合没有对称，绘制的重叠分布法也不对，绘制相空间重叠矩阵会报错，说明计算过程两两状态之间没有足够的相空间重叠。解决办法是增加模拟时间？还是增加窗口，过程中是否有经验技巧？

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作者
Author: fhh2626 时间: 2022-2-17 10:49
增加窗口

作者
Author: molu851 时间: 2022-2-17 11:35

fhh2626 发表于 2022-2-17 10:49
增加窗口

感谢您的回答，我可以加您的微信，把脚本发给您看看吗？我愿意付费。如果您觉得可以的话，可以私信我您的联系方式。

作者
Author: fhh2626 时间: 2022-2-17 17:18

molu851 发表于 2022-2-17 11:35
感谢您的回答，我可以加您的微信，把脚本发给您看看吗？我愿意付费。如果您觉得可以的话，可以私信我您的 ...

你增加窗口重新模拟就行了，付啥费？

作者
Author: molu851 时间: 2022-2-17 18:18

fhh2626 发表于 2022-2-17 17:18
你增加窗口重新模拟就行了，付啥费？

coul-lambdas          = 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00
vdw-lambdas             = 0.00 0.05 0.10 0.15 0.20 0.25 0.30 0.35 0.40 0.45 0.50 0.55 0.60 0.65 0.70 0.75 0.80 0.85 0.90 0.95 1.00
这是网上看到的开窗口办法。这样可以吗？
coul-lambdas          = 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.00 0.0 0.00 0.00 0.0 0.1 0.2 0.4 0.5 0.6 0.8 1.0
vdw-lambdas             = 0.0 0.1 0.2 0.3 0.4 0.5 0.6 0.7 0.8 0.85 0.9 0.95 0.97 1.0 1.0 1.0 1.0 1.0 1.0 1.0 1.0
这是我之前自己开的窗口，计算出来是楼上图的样子。要怎么调整窗口啊？
WARNING: Only 43 uncorrelated samples found at lambda number 3; proceeding with analysis using correlated samples...
这是在分析的时候出来的提示，是在提示的地方增加窗口吗？

作者
Author: 惠成功QUB 时间: 2022-2-17 20:13
这是想做absolute？还是relative？多大的变化，如果absolute，有做约束吗？

作者
Author: molu851 时间: 2022-2-17 21:36

惠成功QUB 发表于 2022-2-17 20:13
这是想做absolute？还是relative？多大的变化，如果absolute，有做约束吗？

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附件中是跑MD的参数设置，我没有看到设置absolute还是relative的参数。我是前期的拓扑准备是参考你b站的视频做的，自由能计算部分是参考该教程做的https://zhuanlan.zhihu.com/p/62399118，其中也没有提到absolute和relative的概念。

作者
Author: 惠成功QUB 时间: 2022-2-20 22:58
http://www.alchemistry.org/wiki/ ... ergy_-_Gromacs_2016
这是一个absolute的例子，absolute会比relative难很多。我觉得还是找一个现成的知道结果的例子比较好上手。或者这个AmberA9的relative free energy的例子http://ambermd.org/tutorials/advanced/tutorial9/

作者
Author: molu851 时间: 2022-2-22 20:42

惠成功QUB 发表于 2022-2-20 22:58
http://www.alchemistry.org/wiki/Absolute_Binding_Free_Energy_-_Gromacs_2016
这是一个absolute的例子 ...

好的，感谢大佬的回复

作者
Author: Jeffrey0521 时间: 2023-8-1 16:46

molu851 发表于 2022-2-22 20:42
好的，感谢大佬的回复

您好，想问下增加窗口有解决这些问题吗？

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