计算化学公社

标题: 将对接复合物生成gro文件后出现奇怪的样子 [打印本页]

作者
Author: Tummy 时间: 2022-2-17 19:32
标题: 将对接复合物生成gro文件后出现奇怪的样子
将对接复合物（DNA、蛋白质）生成gro文件，然后转成pdb一看，成了奇怪的样子

作者
Author: Tummy 时间: 2022-2-17 19:33
DNA骨架错位，蛋白破碎

作者
Author: Tummy 时间: 2022-2-17 19:35
用的是amber99sb-ildn力场，用其他力场会报错

作者
Author: sobereva 时间: 2022-2-18 07:57
用VMD看

作者
Author: Tummy 时间: 2022-2-18 11:05

sobereva 发表于 2022-2-18 07:57
用VMD看

但是sob老师，用vmd去看，还是显示dna是断裂的，是不是在生成坐标文件的时候就有错误

作者
Author: Tummy 时间: 2022-2-18 11:06
vmd查看的图

作者
Author: sobereva 时间: 2022-2-18 16:34

Tummy 发表于 2022-2-18 11:05
但是sob老师，用vmd去看，还是显示dna是断裂的，是不是在生成坐标文件的时候就有错误

检查VMD里自动判断的键连关系（用比如licorice显示方式仔细看），如果键连关系和DNA实际情况不符，可能导致New Cartoon方式没法正常显示

也确保原子名符合IUPAC规范

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