计算化学公社

标题: 一个关于单纯的电子云密度计算的问题，悬赏3000，请老师看下 [打印本页]

作者
Author: lxchemo 时间: 2022-2-18 13:42
标题: 一个关于单纯的电子云密度计算的问题，悬赏3000，请老师看下
本帖最后由 lxchemo 于 2022-2-18 14:07 编辑

我是一个硕士生，写毕业论文，其中遇到一个单纯的计算电子云密度的问题，问题难度应该不算大，想要寻求一个解决方案，并不需要提供特别大的计算量。看看有没有老师愿意帮助我？我只是一个学生，太多的也拿不出，3000也不足以聊表谢意，只是这样比较有意思一点，不是吗？如果老师觉得问题太难，价钱还可以详谈。

请加V： Chemometrics

作者
Author: highlight 时间: 2022-2-18 14:19
这不就是 Gaussian 型 cube 文件（http://sobereva.com/125）么

作者
Author: lxchemo 时间: 2022-2-18 14:24

highlight 发表于 2022-2-18 14:19
这不就是 Gaussian 型 cube 文件（http://sobereva.com/125）么

谢谢孤陋寡闻了

作者
Author: lxchemo 时间: 2022-2-18 14:30
谢谢各位

作者
Author: sobereva 时间: 2022-2-18 14:32
Multiwfn里敲几下键盘10秒钟就出来。人*钱多速来

Multiwfn FAQ
http://sobereva.com/452

Q44：怎么产生cube文件？
A：cube文件是个容器格式，可以记录各种各样的实空间函数在某个空间范围内均匀分布的格点上的数值，介绍见《Gaussian型cube文件简介及读、写方法和简单应用》（http://sobereva.com/125）。所以问这个问题时你先得明确你到底要计算什么实空间函数。Multiwfn可以计算上百种实空间函数，手册2.6、2.7节都有介绍。要产生这些函数的cube文件，在载入输入文件后，进入主功能5，按照提示选择被计算的函数、设定格点即可，算完之后在后处理菜单中选2 Export data to Gaussian cube file in current folder即可导出成.cub文件。完整的例子见手册4.5.1节。

作者
Author: liyuanhe211 时间: 2022-2-18 14:54
本帖最后由 liyuanhe211 于 2022-2-18 15:13 编辑

1000包作图来呀来呀

作者
Author: abin 时间: 2022-2-18 15:40
路过.

还以为是,
自己写代码实现之类的事情呢...

作者
Author: lxchemo 时间: 2022-2-18 16:07

liyuanhe211 发表于 2022-2-18 14:54
1000包作图来呀来呀

加我微信兄台，不开玩笑

作者
Author: lxchemo 时间: 2022-2-18 16:10
加我需要1000

作者
Author: exity 时间: 2022-2-18 17:08
还有这种好事？这是要拿到一个电子密度的cub文件吗？

作者
Author: 喵星大佬 时间: 2022-2-18 19:38
妈耶。。。。真人X X多

作者
Author: wzkchem5 时间: 2022-2-18 20:29

喵星大佬发表于 2022-2-18 12:38
妈耶。。。。真人X X多

我觉得大家还是谨慎一点，如果谁都能看出钱太多，没准真不是人傻的问题

作者
Author: liyuanhe211 时间: 2022-2-18 21:01

wzkchem5 发表于 2022-2-18 20:29
我觉得大家还是谨慎一点，如果谁都能看出钱太多，没准真不是人傻的问题

楼主估计根本没见过电子密度的三维分布长什么样，想按有机上瞎说的“这里电子密度高，所以这里先氧化”之类的说法找一些化学选择性的依据。真给他电子密度的分布估计也不是他想要的结果。

作者
Author: wzkchem5 时间: 2022-2-18 21:37

liyuanhe211 发表于 2022-2-18 14:01
楼主估计根本没见过电子密度的三维分布长什么样，想按有机上瞎说的“这里电子密度高，所以这里先氧化”之 ...

那估计会得出结论说氧原子核处先氧化23333

作者
Author: lxchemo 时间: 2022-2-19 10:01
具体问题没有那么简单，再教我一点从gauss获得（几十个原子的分子）cube文件的方法，授人以渔，我觉得1000也值了

作者
Author: lxchemo 时间: 2022-2-20 16:00
解决问题了，谢谢各位大神

作者
Author: Jerryluo 时间: 2022-3-9 19:25

sobereva 发表于 2022-2-18 14:32
Multiwfn里敲几下键盘10秒钟就出来。人*钱多速来

Multiwfn FAQ

老师好，我看了下该文章《Gaussian型cube文件简介及读、写方法和简单应用》，想请教下，请问cube文件是空间函数的值，对于轨道来说（比如HOMO，LUMO轨道），cube文件记录的值value就是波函数的值吗。但是我有个疑惑，高斯波函数GTF = x^l * y^m *z^n * exp(-a/r*2) 的x，y，z对应的应该是相应所属原子核的坐标，那么cube文件格点循环的i，j, k的点应该怎么和这个波函数联系上，因为该高斯波函数好像没有i,j,k变量。换句话说就是每个格点对应的值value具体是怎么算的，谢谢老师。

作者
Author: sobereva 时间: 2022-3-9 20:17

Jerryluo 发表于 2022-3-9 19:25
老师好，我看了下该文章《Gaussian型cube文件简介及读、写方法和简单应用》，想请教下，请问cube文件是空 ...

是
这里的x,y,z不是核坐标，而是当前这个点相对于这个GTF所在的原子核的相对位置
先把这个代码看明白了
利用wfn文件计算电子密度的代码的编写方法
http://sobereva.com/182

作者
Author: Jerryluo 时间: 2022-3-10 00:03

sobereva 发表于 2022-3-9 20:17
是
这里的x,y,z不是核坐标，而是当前这个点相对于这个GTF所在的原子核的相对位置
先把这个代码看明白了 ...

谢谢老师，我的理解是最终要计算的HOMO，LUMO等轨道的cube文件的每个点的value，就是循环格点空间i,j,k的每个点，将坐标代入子程序subroutine orbderv(runtype,istart,iend,x,y,z,wfnval,grad)里对应的x,y,z参数所得到的值，不知道这样理解对吗。

作者
Author: sobereva 时间: 2022-3-10 01:44

Jerryluo 发表于 2022-3-10 00:03
谢谢老师，我的理解是最终要计算的HOMO，LUMO等轨道的cube文件的每个点的value，就是循环格点空间i,j,k的 ...

对于Multiwfn，是这样

作者
Author: Jerryluo 时间: 2022-3-10 09:05

sobereva 发表于 2022-3-10 01:44
对于Multiwfn，是这样

谢谢sob老师~

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