计算化学公社

标题: 请问用vmd如何建一个非水的溶剂盒子？ [打印本页]

作者
Author: doublewang12 时间: 2022-2-18 14:40
标题: 请问用vmd如何建一个非水的溶剂盒子？
各位大侠，请问用vmd如何建一个非水的溶剂盒子？感谢赐教。

作者
Author: sobereva 时间: 2022-2-18 14:49
如置顶的新社员必读贴、论坛首页的公告栏、版头的红色大字非常明确所示，求助帖必须在帖子标题明确体现出此帖内容是求助或提问，并清楚、准确反映出帖子具体内容，避免有任何歧义，仔细看http://bbs.keinsci.com/thread-9348-1-1.html。我已把你的不恰当标题“用vmd建非水溶剂盒子”改了，以后务必注意

看清楚板块再发贴，此帖和量子化学毫无关系，给你移动了，下次注意

作者
Author: sobereva 时间: 2022-2-18 14:50
VMD不是专门干这个的

仔细看
分子动力学初始结构构建程序Packmol的使用
http://sobereva.com/473（http://bbs.keinsci.com/thread-12549-1-1.html）

作者
Author: hdmd 时间: 2022-2-20 01:25
推荐的分子动力学模拟的方式：
建模：packmol或自编程
力场：查阅文献
动力学：Gromacs、lammps等等，根据需要来
显示模型：VMD、Ovito等等
后处理：编程（建议Fortran或者Python，不推荐C类的，大数组不好用）

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