计算化学公社
标题: 分子模拟计算的表面张力数据要怎么结合力场来解释？ [打印本页]
作者Author: atomhong 时间: 2022-2-20 18:03
标题: 分子模拟计算的表面张力数据要怎么结合力场来解释？
本帖最后由 atomhong 于 2022-2-21 10:34 编辑
模拟的过程中用了表面张力的数据，被审稿人问：“表面活性剂的表面张力被高估了，用所用力场组合的函数来解释这一点。”该怎么分析？或者要从什么角度来解释？有人遇到过类似的情况吗？
我模拟的是表面活性剂气液界面体系的表面张力，但表面张力不是主要要考察的因素。建模使用的是比实际Γ稍大一点的值作为初始表面浓度，用的是NVT系综，使用的是GAFF力场。关于GAFF力场对计算表面张力索带来的偏差应该怎么分析解释。
作者Author: sobereva 时间: 2022-2-20 22:05
在网上求助计算化学问题的时候必须把问题描述得详细、具体、准确、清楚
http://sobereva.com/620（http://bbs.keinsci.com/thread-25787-1-1.html）
看Q14
作者Author: Entropy.S.I 时间: 2022-2-21 09:34
本帖最后由 Entropy.S.I 于 2022-2-21 09:50 编辑
1. 要模拟表面活性剂体系的表面张力实验值，必须以实验值对应的表面浓度（吸附量Γ）建模，否则与实验值无可比性。如果是液-液界面张力，还需使用NP_zT系综，即只对z方向执行压力耦合。
2. 以实际Γ建模，表/界面张力被高估，可以说明力场参数精度不够。如果使用GAFF力场，根据我的经验，这种情况几乎必然存在，且偏差很大。影响表面活性剂体系表/界面张力模拟值的主要因素是表面活性剂的原子电荷、二面角扭转势，以及水模型、油模型。这些参数可以自行优化，操作起来并不复杂，我即将投稿的一篇工作会简要地讨论这部分内容。
3. 如果实验研究未给出表/界面张力数据对应的Γ值，一般无法把模拟得到的表/界面张力值和实验表/界面张力值对比。
4. 也可以先通过自由能计算确定CMC和Γ_max，在此Γ_max下计算表/界面张力。但这一般是用来预测新表面活性剂性能的，需要高精度的力场作为前提。
作者Author: atomhong 时间: 2022-2-21 10:23
本帖最后由 atomhong 于 2022-2-21 10:28 编辑
我模拟的是表面活性剂气液界面体系的表面张力，但表面张力不是主要要考察的东西，建模使用的是比实际Γ稍大一点的值作为初始表面浓度，用的是NVT系综，使用的也正是GAFF力场。自己优化参数对我来说难度太大，直接向审稿人解释一下力场参数精度不够可行吗？或者需要怎么解释能合理？
作者Author: Entropy.S.I 时间: 2022-2-21 10:38
先试一下实际Γ下的表面张力，如果偏差确实大到不可接受，就解释力场参数精度不够。但这是比较严重的问题，如果审稿人揪住这个问题不放，就只能认输，解决这一问题的正道只能是改力场。
作者Author: atomhong 时间: 2022-2-21 10:42
好的，谢谢
作者Author: Entropy.S.I 时间: 2022-2-21 10:54
你文章已经到revise阶段，没法大动干戈，最多就是改一下原子电荷、离子参数和水模型。如果之前没有用RESP2_0.5原子电荷，可以试着用上：
RESP2原子电荷的思想以及在Multiwfn中的计算
操作非常简单，且多数情况下对结果有明显改善。
离子参数和水模型也可以试着动一动，例如用Merz的离子参数、OPC3水模型。
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