计算化学公社

标题: APBS，沿路经的表面静电势绘制求助 [打印本页]

作者
Author: 哈哈加油 时间: 2022-2-20 21:32
标题: APBS，沿路经的表面静电势绘制求助
我用VMD 的插件APBS画的表面静电势，得到了dx文件。因为我做的是离子通道，因此想画一个沿着孔道路径的静电变化曲线图。求解

作者
Author: sobereva 时间: 2022-2-20 22:04
把路径上各个点的坐标得到，通过插值方式基于dx里的静电势格点数据得到各个点的静电势

作者
Author: 哈哈加油 时间: 2022-2-25 22:15

sobereva 发表于 2022-2-20 22:04
把路径上各个点的坐标得到，通过插值方式基于dx里的静电势格点数据得到各个点的静电势

方便留个联系方式吗？我想具体问一下

作者
Author: 哈哈加油 时间: 2022-2-25 23:51

sobereva 发表于 2022-2-20 22:04
把路径上各个点的坐标得到，通过插值方式基于dx里的静电势格点数据得到各个点的静电势

谢谢您的回答，但是我还是一头雾水，能请教一下具体的操作步骤吗？

作者
Author: sobereva 时间: 2022-2-26 00:05

哈哈加油发表于 2022-2-25 23:51
谢谢您的回答，但是我还是一头雾水，能请教一下具体的操作步骤吗？

说具体哪里不懂

作者
Author: 哈哈加油 时间: 2022-2-26 15:54

sobereva 发表于 2022-2-26 00:05
说具体哪里不懂

首先是路径的确定，我的是离子通道，我想延着孔道内部画，不知道怎么确定坐标，另外插值方式看dx文件也不明白。希望老师讲解一下，麻烦您了。

作者
Author: sobereva 时间: 2022-2-26 16:24

哈哈加油发表于 2022-2-26 15:54
首先是路径的确定，我的是离子通道，我想延着孔道内部画，不知道怎么确定坐标，另外插值方式看dx文件也不 ...

你先找个得到孔道的程序，把孔道表现出来，诸如http://www.holeprogram.org。如果程序能给出一个代表性的路径坐标就用（比如体现孔道的轴的坐标），不能的话尝试其它程序或者自己写程序得到。

如果.dx文件记录了整个蛋白质各个位置的静电势，把Multiwfn的settings.ini里iuserfunc设-3，启动Multiwfn，载入.dx文件。进主功能5，选择User-defined function（此时此函数对应于基于载入的格点数据通过B-spline插值的函数），再选100 Load a set of points from external file，载入一个包含路径上各个点坐标的文本文件（格式在Multiwfn手册3.6节靠后部分说了），就能把这些点的静电势都给算出来并返回。之后作静电势vs路径坐标的曲线图就完了。

作者
Author: 哈哈加油 时间: 2022-2-27 13:46

sobereva 发表于 2022-2-26 16:24
你先找个得到孔道的程序，把孔道表现出来，诸如http://www.holeprogram.org。如果程序能给出一个代表性的 ...

好的，谢谢老师

作者
Author: 哈哈加油 时间: 2022-3-4 16:27

哈哈加油发表于 2022-2-27 13:46
好的，谢谢老师

老师，我用这个http://www.holeprogram.org能得出孔道沿Z轴的路径，不是像x,y,z这种空间坐标点可以吗

作者
Author: sobereva 时间: 2022-3-12 06:47

哈哈加油发表于 2022-3-4 16:27
老师，我用这个http://www.holeprogram.org能得出孔道沿Z轴的路径，不是像x,y,z这种空间坐标点可以吗

不管什么路径，总能以一系列点的连接来表示，每个点自然都有(x,y,z)坐标
就算是有的程序把孔道通过等值面形式展现出来，原理上也可以提取孔道最中央的一条轨迹出来

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