计算化学公社

标题: gmx算静电相互作用能出现值零的现象 [打印本页]

作者
Author: uenh1998 时间: 2022-2-20 22:12
标题: gmx算静电相互作用能出现值零的现象
各位老师好，最近在做蛋白配体在电场下的分子动力学模拟，在添加完电场后，rerun轨迹想算蛋白配体的相互作用能。rerun的mdp文件里的静电相互作用计算已由PME改为cut-off。同时rcoulomb 及rvdw均增大但小于盒子最短边长的一半。如图1所示。但是计算完查看，两者的静电相互作用能为零(图2所示)。我觉得很有问题，但找不到问题出现在哪里。请各位老师以及社长指点一下，十分感谢！
rerun的mdp文件已上传，r1 r2分别为Protein与配体。

作者
Author: sobereva 时间: 2022-2-21 10:38
光从mdp上看不出有什么问题，没其它信息没法判断
注意检查组的定义、原子电荷等设置
原理上mdp里有无electric-field-x不会对此有影响，但为了确认是否有bug，去了electric-field-x再rerun也试一下。

作者
Author: uenh1998 时间: 2022-2-21 11:05

sobereva 发表于 2022-2-21 10:38
光从mdp上看不出有什么问题，没其它信息没法判断
注意检查组的定义、原子电荷等设置
原理上mdp里有无elec ...

谢谢社长，我试下

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