计算化学公社

标题: gromacs+amber计算配体与蛋白的GBSA稳定性较差什么原因 [打印本页]

作者
Author: chengb917 时间: 2022-2-21 17:46
标题: gromacs+amber计算配体与蛋白的GBSA稳定性较差什么原因
大家好，我是采用gromcas跑动力学，转化轨迹文件，再用AmberTools计算MMGBSA，测试了3个不同体系配体与蛋白的GBSA。
发现相同体系，相同模拟时间（5ns和10ns两个时长），分别模拟三次。相同体系相同时长三次的结果相差较大（例：范围-41—-50kcal/mol左右的差异）。
想了解一下，这是因为这种方法就存在这样的现象，是合理的？还是我模拟的过程存在问题？还是需要添加一些特别的限制？

作者
Author: sobereva 时间: 2022-2-21 20:04
分子动力学模拟的重现性本来就差，此文提了
数值误差对计算化学结果重现性的影响
http://sobereva.com/88
这不叫稳定性较差，而叫重现性较差

如果每次都是随机初速度、都是用体系已经平衡后的轨迹做MMGBSA，可以取多次计算结果的平均。

作者
Author: chengb917 时间: 2022-2-22 09:11

sobereva 发表于 2022-2-21 20:04
分子动力学模拟的重现性本来就差，此文提了
数值误差对计算化学结果重现性的影响
http://sobereva.com/88 ...

好的，谢谢sob老师。

作者
Author: chengb917 时间: 2022-2-22 17:36

sobereva 发表于 2022-2-21 20:04
分子动力学模拟的重现性本来就差，此文提了
数值误差对计算化学结果重现性的影响
http://sobereva.com/88 ...

sob老师还有个问题。我用GMX跑动力学，大概20ns以后，体系就会乱掉，蛋白配体解离或者蛋白漂移一样。
我之前用过AMBER跑动力学，基本上不会出现这种情况。这主要是两种模拟方法的浮点精度不同吗？还是其他原因？

作者
Author: sobereva 时间: 2022-2-22 19:41

chengb917 发表于 2022-2-22 17:36
sob老师还有个问题。我用GMX跑动力学，大概20ns以后，体系就会乱掉，蛋白配体解离或者蛋白漂移一样。
我 ...

跟程序本身没直接关系

欢迎光临计算化学公社 (http://bbs.keinsci.com/)