公社群聊Q&A整理：2016.02.29 06 ~ 2016.03.04 15 - 计算化学公社

2016.02.29 06:59:16
Q:
用TDDFT计算ECD时，gaussian软件计算完如何自己画ECD图，谢谢sob老师，看了博文没有看懂[表情][表情][表情]
A:
我没法说得比博文写得更清楚
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2016.02.29 07:00:04
Q:
请问一下：用MP2 method 优化，上面error说 Erronous read。 Read 0 instead of 8，这个是怎么回事，怎么能改善它吗？谢谢各位老师
A:
可能硬盘写满了。改用DFT优化可避免。通常来说完全没有必要用MP2优化，比DFT结果不会更好还耗时多得多
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2016.02.29 07:01:03
Q:
老师，对于镧系元素离子，价层电子是f，请问如何判断自旋多重度？
A:
不好判断时可以多算几种，看哪种自旋多重度能量最低
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2016.02.29 07:03:17
Q:
请教各位老师一个问题：用onium模型寻找酶-底物催化反应的过渡态，如果QM选取不当，是根本无法优化到过渡态，还是能够优化到过渡态，但这个过渡态是错的？
A:
都有可能
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2016.02.29 07:13:24
Q:
各位老师，做D3色散校正时，需要同时把以前得到结构再优化一次吗？
看了sob老师的 D色散校正的使用，应该是同时做优化吧？
A:
如果体系色散作用很重要，会影响几何结构，而你之前用的泛函描述色散很烂，应当加D3再重新优化
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2016.02.29 07:13:24
Q:
求助下：Multiwfn可以显示出分子轨道的重叠量的多少吗？比如下图中，是否可以知道这个分子轨道中某个原子上的某个原子轨道有多少与另一个原子重叠了。这个概念应该不同于分子轨道的组成。
A:
如果你要考察原子轨道间的重叠，比较好严谨的方式是计算NBO产生的PNAO之间的重叠，用Multiwfn载入相应的NBO plot文件后可以实现，Multiwfn主功能200里的子功能10可以对读入的任意轨道间计算重叠积分
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2016.02.29 07:13:24
Q:
关于上次说到的IQA(interacting quantum atoms)方法，请问是不是用DFT就算不了两个盆之间的电子相互作用势Vee(A,B)啊？我看AIMALL用的是HF的exchange functional来简化处理，想一想从单电子密度Rho(r1)来得到电子对密度Rho(r1,r2)好像确实也不太可能。@Sobereva
A:
因为目前的DFT泛函基本都是local或semi-local的，没法通过对两个盆之间积分来得到电子相关作用。而用HF交换项则可以这么靠盆间积分来算。
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2016.02.29 07:19:58
Q:
请问Sobereva老师，高斯扫描曲线只有最低点，是合理的吗？
A:
看不懂你的意思，把扫描曲线图贴出来
不会，只要原先的过渡态是合理的。
Q:
[图片]，得到得到扫描曲线是这样的，请问老师，这个曲线合理吗，扫描的结果也无法用来继续寻找过渡态，应该如何解释呢
以及是否可以理解为不存在过渡态？
A:
那就别通过扫描曲线确定初猜，直接通过直觉给个初猜。本身靠柔性扫描来找合适的初猜既费时间也不是很普适
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2016.02.29 19:54:21
Q:
[图片]，请问这是怎么了？
点击Yes进入Gaussian计算就出错
A:
gv里这个提示不用管。实际高斯输入文件里确保%chk路径设定合理就行
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2016.02.29 19:54:21
Q:
opt=(calcall,rfo,ts) 请问，这三个关键字组合有没有问题呀？
请问，同样的硬件配置，高斯在windows下面运行，与在linux下面运行，速度慢多少？
一个交换文件就50G，怪不得别人要骂娘了。
[图片]
A:
那个组合没有问题。
速度上windows和linux版本身并没有显著区别，差异主要在32bit windows版在硬件资源调用上限制大
Warning!!: The smallest alpha delta epsilon is 0.29789635D-01
这个提示不用管
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2016.02.29 19:56:40
Q:
[图片]老师，CP计算最后的输出是这个吗
[图片]老师，CP计算最后的输出是这个吗
A:
是
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2016.02.29 20:07:02
Q:
[表情]请问一下，NICS扫描怎么操作？
A:
通过Multiwfn绘制等化学屏蔽表面(ICSS)研究芳香性
http://sobereva.com/216
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2016.02.29 20:07:02
Q:
百度网盘上sob老师的g09 D.01版本，大家有下载过的吗？能正常使用吗？
是这个网址吗？
http://pan.baidu.com/s/1i3oq79j#path=%252Fgau%252FLinux
A:
显然能用，不能就用不会传上去了
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2016.02.29 20:07:02
Q:
还有这个表面静电势
对啊，同求如何画这么美的图
[图片]
A:
在GaussView里绘制分子表面静电势填色图的过程
http://sobereva.com/253
使用Multiwfn结合VMD分析和绘制分子表面静电势分布
http://sobereva.com/196
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2016.02.29 20:10:00
Q:
一个反应，有一步算出来的势垒是53 kcal/mol，审稿人说有点高，不能反应
温度是60，我怎么觉得应该不算很高
室温下高，60度不算高吧
室温下25都可以说是高
A:
53 kcal/mol太高了，60度下也肯定反应不了。
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2016.02.29 20:10:54
Q:
sob老师您为什么那么讨厌mac呢是不是也不喜欢iphone呢
还是跟以前一个价格吧
乔布斯装逼而已
A:
讨厌苹果的一切产品
墨家子弟这个描述很正确，设计很糟糕，灵活度极低，虽然硬件质量可圈可点
Q:
说实话，乔布斯就是一个商人
A:
不越狱简直没法用
打3折我都不买
Q:
Sob老师，我想知道你用的什么？[表情]
A:
努比亚Z7Max
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2016.02.29 20:15:48
Q:
请问怎样把几个红外图放在一起呢？谢谢！
老师：您好！我的红外谱图是理论算出来的也可以么？
恩，好的谢谢老师！我试试，不明白的在请教您，不知道可以吗？
恩，好的，谢谢师兄[表情]
师兄：您好！[图片]这个是我的数据，是把这些数据freq那一栏作为横坐标，把intense作为纵坐标是吗？
哦！还有请问您知道b3lyp/6-311G的频率矫正因子是多少吗？我在sob老师的帖子中没找到该方法下该基组的频率矫正因子，
A:
查不到6-311G的频率校正因子是正常的，因为没人用这么烂的连最基本的d极化函数都没有的基组
红外谱绘制过程看
使用Multiwfn绘制红外、拉曼、UV-Vis、ECD和VCD光谱图
http://sobereva.com/224
Q:
老师：您好！我看了您的那个绘制红外的帖子，我但是对于频率矫正因子那，我没有找到合适的参数，我的方法和基组是b3lyp/6-311++G. 看了您给的频率矫正因子的资料，您说[图片]我也只找到了6-31g*.矫正因子，是否我的6-311G也可以采用6-31G*的矫正因子呢？谢谢
那请问@娃娃-首席卖萌官老师。您觉得我的这个基组应该用哪个的近似值呢？谢谢！http://comp.chem.umn.edu/freqscale/version3b2.htm
A:
不能，相差太远。你用的基组太烂，最基本的极化都没有，肯定会被审稿人批评。
重算一下试试。可能chk文件被弄坏了。
另外建议把弥散函数都去掉，这种体系用3-zeta基组优化足够了，用了弥散耗时暴增。
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2016.02.29 20:17:33
Q:
Sob gromacs 的班什么时候出通告
A:
预计4月开始报名，3月底可以发布细节
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2016.02.29 20:18:43
Q:
请教各位老师，在对体系计算极化率时，步骤是不是这样的：（1）在加电场或不加电场的情况下，进行opt,（2）将上一步所得到的out文件转化为gjf文件，添加polar关键词不再进行几何优化，这样就可以得到加电场或不加电场的情况下的极化率。步骤是不是这样的？
老师，你的意思是说：要想计算某一个电场下分子的极化率，直接添加电场参数和polar，然后直接进行opt，对吗？
A:
基本正确
没有所谓加电场的极化率，至多只是几何优化时候加上电场考虑它对结构的影响，算极化率用polar的时候不要同时用field关键词
不是不能算，本来从物理上你的说法就不对。要弄明白极化率的物理意义和表达式（怎么通过能量对电场的导数得到的）
Q:
嗯嗯，sob老师，你的意思是：加电场进行OPT 只能说明电场对结构的影响：而在加电场进行opt之后，在添加polar关键词，只是说现在的结构的极化率，和加不加电场是没有决定性关系的，只是跟目前的结构有关，是这样吗？ @Sobereva
嗯嗯，谢谢sob老师，那就是用gaussian是不能算在电场的作用下体系的极化率，对吗？
嗯嗯，谢谢sob老师，我去看看极化率的相关知识
嗯嗯。谢谢老师我在研究研究
各位老师好，我在sob老师的博文中看到，在计算动态极化率的例子中[图片]，存在两个电场，这是怎么回事？另外，对于该文件也没有进行opt，那么该文件的初始结构是在什么条件下进行几何优化得到的呢？
A:
对两个外场频率分别算（超）极化率
Q:
电场->影响分子结构-> 极化率的改变
sob老师我这样理解对么。。什么加电场的什么极化率。。。
我现在觉得我对基本概念还没有理解到位，其实我就是想看一下在电场的作用下，分子的极化情况，不知道是不是可以用极化率就可以直接体现？ @冰释之川
极化率是特定分子结构下的固有性质，与电场无关
A:
理解对
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2016.02.29 20:07:21
Q:
为什么？ onium模型优化，算不动，也不报错，就是log文件长久不更新。换好种MM力场都是如此！
为什么？为什么？为什么？为什么？为什么？
为什么？ onium模型优化，算不动，也不报错，就是log文件长久不更新。换好种MM力场都是如此！
为什么？为什么？为什么？为什么？为什么？
附：log文件里有警告 Warning!!: The smallest alpha delta epsilon is 0.29789635D-01
[图片]代表一种难以明壮的悲愤。
确实写了opt=calcall，但我是优化到过渡态呀。。
难以名状的悲愤
A:
穿上来输出文件
关键词怎么写的？
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2016.02.29 20:18:57
Q:
求到时候讲讲离子液体，以及AIMD的内容！
A:
AIMD不属于gmx培训班的内容
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2016.02.29 22:46:08
Q:
但是“DFT泛函基本都是local或semi-local的”是什么意思呀？能不能简单解释下？
A:
你看看A Chemist's Guide to Density Functional Theory 2ed之类的DFT书就知道了
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2016.02.29 22:47:52
Q:
用內禀坐标的gjf能导入高斯计算的，为何三维坐标的gjf算不了？总出现这样的错误：[图片]请大师指点一下？
嗯。我基本明白了。但是我还有一点不懂，为何內禀坐标和直角坐标这两类gjf文件，前者能提交，后者就提交不了
A:
用gv看结构，出现两个原子间距离过近的情况了
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2016.02.29 22:47:52
Q:
multiwfn许多时候只算是一个可视化处理的软件。计算主要还是其它软件
A:
Multiwfn绝对不是可视化软件！是波函数分析软件！计算为主，可视化为辅，参看
Multiwfn波函数分析程序的意义、功能与用途
http://sobereva.com/184
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2016.02.29 22:50:20
Q:
请问各位大神，通常文献上用b3lyp或者bp86和ccsd(t)计算opt和freq计算的结果都很接近，但我在用sdd赝势基组计算Ce和N的时候，b3lyp和ccsdt的结果相关很远，考虑过换基组，但依然相差较远，有没有大神给点建议？谢谢！@冰释之川
计算的绝对值，比如b3得到的键长为1.762A，但ccsdt得到结果为1.717A
好的，谢谢！
A:
结果差异和体系密切相关。普通有机分子都差不多，但涉及到过渡金属的时候相差肯定大一些，因为电子结构更复杂，静态相关更强
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2016.02.29 22:50:44
Q:
sob老师orca不支持vdw-df吗
A:
支持
Q:
sob老师，vdW-DF和DFT-NL是一样的，还是怎么区分的，看orca说明理不清
A:
一样
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2016.02.29 22:51:48
Q:
[图片]我z在Pov-ray里run了VMD生成的pov文件，选用的分辨率是1024*768（好像是宽是1024？）生成的怎么感觉分子很挤，，怎么解决呢？[图片]VMD的原图是这样
A:
pov里输出的分辨率你改一下，把宽高比弄成和VMD窗口大小一致
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2016.02.29 22:53:20
Q:
好的，看来还的好好学高斯，开始感觉有点迷糊，请问开始是怎么熟悉高斯的
A:
最快的学量化基础理论和高斯的办法就是参加科音的基础量子化学培训班，5天时间全搞定
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2016.02.29 22:55:13
Q:
老师：您好！请问Parr亲电性指数怎么算呢？判断亲核试剂的时候，四氰基代乙烯HOMO能级的差值应该是一个固定参数吗？如果是请问是多少呢？还是需要我用高斯用和我研究物质一样的方法和基组下进行优化，得到的HOMO值呢？谢谢！老师：我在我的方法和基组下算得四氰基代乙烯HOMO能级为-9.372576eV.请问我是用我物质A的HOMO能级减去四氰基代乙烯HOMO能级吗？即：E(A)HOMO-(-9.372576).所得的值越大表示该亲核性试剂的亲核性越强吗？谢谢！
A:
[图片]
你可以看原文J. Am. Chem. Soc. 1999, 121, 1922-1924
亲核指数看原文J. Org. Chem. 2008, 73, 4615–4624
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2016.02.29 22:56:42
Q:
对了。看到他的问题。我也想问问弥散函数的用法
优化结构的时候，我pople基组，加弥散很正常。但是用Aug的dunning基组，或者pc基组，就能难收敛了
怎么都算不完。自洽场计算，数值一直在飘，不收敛
用的普通的杂化泛函。
A:
dunning基组加了aug-，各个角动量都会增加相应的弥散函数，所以耗时增加程度、收敛的难度都比pople基组加弥散高得多。对dunning基组用弥散函数时建议用月份基组，见
谈谈弥散函数和“月份”基组
http://sobereva.com/119
Q:
多谢老师。这个我知道。我也用了月份基组。但是依然有收敛问题。
放宽了收敛条件也是如此。不过我用的是Dalton和games
A:
Gaussian收敛是各种量化程序里相对容易的，可尝试高斯，辅助收敛的关键词也较多。很多GAMESS-US默认情况下甚至调节参数后不收敛的在高斯下都有办法收敛
Q:
完全搞不懂文献他们用aug基组怎么玩转的[表情]
A:
如果高斯能收敛，你可以把高斯的波函数弄到gamess里作为初猜
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2016.02.29 23:02:28
Q:
请问高斯输出.chk文件中的Cartesian Force Constants（Hessian 矩阵）是怎样的排列顺序？
A:
由于是对称矩阵，所以按照下三角矩阵记录，和输出文件里显示的一对照就知道了
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2016.02.29 23:07:46
Q:
今年的基础量子化学的培训班是什么时候@江南小哥
A:
5月下旬。下半年还会有一场
Q:
是要到网上开课还是。。。？
A:
往届培训班新闻稿
http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=968
http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=1600
http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=1601
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2016.02.29 23:13:46
Q:
onium模型优化，优化到这里就不动了，也不报错。。。
[图片]
A:
估计正在算Hessian，很耗时所以卡着。强烈建议用#P，否则看不到细节输出
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2016.02.29 23:14:08
Q:
sob老师，我看了一篇NICS扫描的文献，想作NICS扫描，该怎么做？
A:
[图片]
Q:
[图片]这图是怎么计算的？sob老师，我想问一下
A:
你就把要扫描的点的坐标写到输入文件后头作为Bq原子，做NMR的时候就会输出那些点的磁屏蔽张量，提取isotropic屏蔽值然后绘图就完了
Q:
sob老师，NICS的计算我会用，也看过您的贴子。只是扫描我没有用过。该如何用呢？
好的。谢谢了。我明白了
isotropic值的相反数就是NICS值，对吗？
isotropic值的相反数就是NICS值，对吗？为何您的一篇博文中提到，计算完[图片]后，把屏蔽张量依次输入到multwfn窗口，最后显示NICS(1)-ZZ值。这个值好象与isotropic值的相反数差别较大。这是怎么回事？
刚才我提到的是您的这篇博文http://sobereva.com/261，后边计算出了Isotropic = -5.9828，其芳香性NICS值是不是5.9828，为何后边还有计算NICS值的步骤和数值呢？
[图片]
A:
isotropic的负值就是NICS值。
你可以扫描NICS，也可以扫描NICS_ZZ。但NICS(1)、NICS(0)这都是某个点上的NICS值，和你当前的NICS扫描没关系。
Q:
sob 老师，NICS(n)我明白它的意思。NICS_ZZ的意思是指？
A:
磁屏蔽张量ZZ分量的负值
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2016.02.29 23:14:24
Q:
谢谢sob老师。关于您说的这个：[图片]“指的是我算四氰基代乙烯用的方法和基组（b3lyp/6-311++G)吗？还是说红外的矫正因子呢？红外用的基组和方法也是（b3lyp/6-311++G）。对于亲核试剂的比较时：E(A)HOMO-E（四氰基代乙烯)HOMO.所得的值越大表示该亲核性试剂的亲核性越强，对吗？谢谢！
A:
基组不能小于6-31G* ！
3-zeta加弥散却连极化都没有，等于作大死
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2016.03.01 01:03:18
Q:
http://emuch.net/html/201106/3270751.html
大家觉得这篇文章写得怎么样？
A:
一般，有很多地方很不严谨甚至会产生误导，比如“maxcyc=N强制优化N步”这明显是错的，这只是设定步数上限罢了
文中到处用noraman，纯属多余
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2016.03.01 01:15:00
Q:
恩，好的谢谢老师，基组的明白了，可是对于”亲核试剂的比较时：E(A)HOMO-E（四氰基代乙烯)HOMO.所得的值越大表示该亲核性试剂的亲核性越强，对吗？
A:
对，此值越大说明HOMO能级越高，越容易给出电子
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2016.03.01 01:30:45
Q:
老师，请问OPT=TS优化到过渡态时不需要加FREQ吧，优化后，算个单点再加FREQ算频率，是这样吗？
A:
都可以
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2016.03.01 02:57:23
Q:
运行过程中产生的rwf文件，可以在程序还在运行的时候删除吗？
A:
不能，会导致程序中断。以前任务运行中断产生的残留的rwf可以删
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2016.03.01 07:50:56
Q:
请教sobereva老师，我想用Multiwfn做基态和激发态的密度差分图可以直接使用fchk文件而不用wfn文件吗？
A:
可以用fch，但是需要把TDDFT自然轨道转存到fch里，需要多做一步，略麻烦，方法看手册第四章开头。
Q:
嗯，我每次用td算的时候同时也会有chk文件，把它转化成fchk文件就能用是吧，老师。
A:
[图片]
直接转换得到的fch不能直接用，因为此时里面的轨道还是基态的轨道，所以Multiwfn算出来的密度此时和基态一样
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2016.03.01 07:55:46
Q:
大家有知道用guess=alter 交换轨道，格式是什么吗？能否发给我一个例子？
A:
[图片]
Q:
谢谢哈，alpha 和beta轨道序号是分开写的吧？
A:
[图片]
Q:
是的，我就是这样写的，不过基组是用gen调用的
格式如下“
[图片]
[图片]
总是报这样的错
我试了下直接用6-31g，是不报错的
改成gen就有语法错误
A:
把基组定义写调换轨道的前头再试
Q:
好的，在试
[图片]
还是报错。。
A:
无非就是自定义基组和调换轨道部分的前后顺序，以及空行数目问题，反复试试总能试出来
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2016.03.01 09:04:57
Q:
1. 对某些分子，可以设置guess=indo。
2. 对于对称分子，设置scf(dsymm) 强制使用密度对称。
3. 对于对称分子，设置全局nosymm，降低对称性。
4. 使用scf(novaracc)也可能会产生或消除这个错误。
5. 加上int(untrafine)，不过这个改变了积分网格，这个计算出的能量不能与同类计算直接比较。
6. 最佳解决方法：加关键词int(NoXCTest), Skip tests of numerical accuracy of XC quadrature (g09手册)。需要检测结果波函数是否正确。可同时加guess=indo。
A:
[图片]
NoXCTest危险程度相当于5/13=1
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2016.03.01 22:29:26
Q:
老师，最近在用gaussian优化一个结构，在得到用opt=loose的命令优化后的结构，还需要对这个结构做些什么命令计算呢？
A:
通常来说opt=loose收敛的精度就够了。仅当势能面很平（弱相互作用比较关键的情况），或者算频率，才有必要在默认甚至tight收敛限下优化。
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2016.03.01 22:29:26
Q:
请问一个有深度的问题：做MD时，有的蛋白能很快进入平衡，有的蛋白要跑好几纳秒、甚至十几纳秒才能进入平衡。请问，那种能迅速进入平衡的蛋白，在性质上是否比那种要很久才能进入平衡的蛋白，稳定性要好？
A:
如果三级结构稳定，而且初始结构又和实际结构很近，那么很快就会平衡。如果初始结构偏离稳定结构远，结构本身柔性又大，就不容易平衡
Q:
弱弱的问，什么是柔性结构啊，柔性结构势能面都比较平吗？
A:
粗略来说，就是势能面极小点比较浅，力常数比较小，有很多很低频振动
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2016.03.01 22:29:26
Q:
请问计算旋光时，哪里出错了？
[图片]
C -5.05773 0.10849 -0.22411
C -4.47854 0.06002 1.0237
C -4.32903 1.17711 1.76553
C -4.85568 2.38519 1.26225
C -5.52106 2.40173 0.01221
C -5.61603 1.2177 -0.74131
C -4.91797 -1.26474 -0.81667
C -3.94541 -1.98229 0.1223
H -3.83065 1.14635 2.71188
H -4.7552 3.28865 1.82666
H -5.94669 3.31074 -0.35851
C -6.32404 1.19415 -2.1087
H -5.61595 1.41189 -2.88078
H -6.74639 0.2252 -2.27502
H -7.10171 1.92899 -2.12038
C -4.23433 -3.49006 0.24381
H -5.2307 -3.63422 0.60623
H -4.13395 -3.95098 -0.71659
H -3.53906 -3.93258 0.92622
O -2.6133 -1.80892 -0.36793
H -1.99263 -2.21494 0.24159
O -4.10206 -1.29886 1.40159
O -5.46595 -1.71811 -1.85482
0.077357
恩恩
划红线的
A:
字号改小点，不要超过12号
----------------------------------------------------
2016.03.01 09:11:10
Q:
请教老师，频率计算中断后能接着算吗？
A:
解析Hessian的话不能
Q:
# freq td b3lyp/3-21g geom=connectivity
Title Card Required
1 2
我计算的是激发态的频率，带电子的体系一直不结束，需要加其他关键词加快收敛吗？谢谢老师
A:
什么叫带电子？
看具体情况，TDDFT激发态频率需要做有限差分，速度很慢。最好用#P以便监控
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2016.03.01 22:31:18
Q:
优化到过渡态，关键字是：#p opt=(calcfc,ts,modredundant) oniom(b3lyp/6-31g(d):uff) nosymm
geom=connectivity
。。。。。
B 6768 3636 D
B 6768 6766 D
============================
运行4个小时后，报错。
dumping /fiocom/, unit = 2 NFiles = 8 SizExt = 0 WInBlk = 4096
defal = F LstWrd = 4050944 FType=2 FMxFil=10000
略
dumping /fiocom/, unit = 3 NFiles = 1 SizExt = 524288 WInBlk = 4096
defal = T LstWrd = 65536 FType=2 FMxFil=10000
略
Error termination in NtrErr:
NtrErr Called from FileIO.
A:
不需要读chk文件。另外
B 6768 3636 D
B 6768 6766 D
这种做法绝不会有益处
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2016.03.01 22:32:54
Q:
弱弱问一句，怎么转换nm= Hartree
我是这样想的：c=波长X 频率，那我试试看
[图片] 这个转换怎么不一样，求解？@小小石头
A:
1Hartree=2625.500kJ/mol=627.5095kcal/mol=27.2113838eV=4.3597482E-18J=219474.6363cm^-1
(45.59493/n)hartree n是nm数；或(45.5949/k)nm k是hartree数
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2016.03.02 01:38:50
Q:
大家好，好像在这里提问比较好，关于dft软件输出波函数格式问题，一般波函数输出是复数型的吗
A:
都是实数
Q:
真实体系中，比如晶体，波函数应当是复数
包含相位信息
A:
我是指孤立体系，基于原子中心基函数的情况
Q:
老师你好，这句话我没理解
A:
比如Gaussian程序算个分子，给出的波函数是实型的
Q:
如果在基态下，体系随时间变化时，波函数相位变化是不同的
我不知输出的实型意义在什么地方，还是还包含其他信息
谢谢老师
A:
比如最简单的氢的1s原子轨道，就是实型。虽然有的原子轨道是复数型，但实际中也都组合成实型去考虑（轨道能量组合前后不变）
一般量化程序解的都是稳态薛定谔方程，用的基函数是实型的GTO或STO，线性组合来描述轨道是实型的，构成组态函数也是实型的，体系N电子波函数因此也是实型的。
Q:
基可以选用实型，但系数并不一定必须实型，还是自洽计算结果刚好是实数系数
若体系做自洽计算，或者含时演化，交换关联等积分时相位信息则会很重要
A:
SCF计算每一步就是对角化Fock或KS矩阵，这是实对称矩阵，用实型基函数展开。对角化直接给出的本征值是实数，本征矢也是实数，虽然对于简并的MO你可以组合成与之本征值相同复数轨道，但量化程序里如果没有特别要求，总会给出实型。
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2016.03.02 03:47:09
Q:
老师们，我想请教你一下键能的计算，我想计算五氟苯中C－H的键能，不知道电荷怎么分配，是裂成自由基，还是正负电荷？谢谢
A:
这是键能定义的任意性，均裂键能和异裂键能是不同的，看你算哪种
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2016.03.02 03:47:09
Q:
请问这个生成oplsaa力场参数的网址不能用了吗？http://erg.biophys.msu.ru/erg/tpp/
A:
可以用
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2016.03.02 03:48:31
Q:
请问用polyrate算反应速率的.dat文件中的电子简并ELEC后面的值是怎么来的
*REACT1
STATUS 2
GEOM
1 0.9414216E+01 -0.2291838E+01 -0.6314649E-01
2 0.6838530E+01 -0.2266530E+01 -0.5687751E+00
3 0.5507634E+01 0.6108546E-03 -0.8365669E+00
4 0.6839710E+01 0.2267027E+01 -0.5682417E+00
5 0.9415427E+01 0.2290780E+01 -0.6271918E-01
6 0.1067088E+02 -0.8789410E-03 0.1884440E+00
7 0.1041710E+02 -0.4066430E+01 0.1286951E+00
8 0.1041924E+02 0.4064785E+01 0.1296689E+00
9 0.3031349E+01 0.1351450E-02 -0.1479631E+01
10 0.1299685E+01 0.1139638E-02 0.5875273E+00
11 0.1560670E+01 0.1691510E+01 0.1757600E+01
12 0.1560884E+01 -0.1689268E+01 0.1757517E+01
13 -0.1299880E+01 0.1018855E-02 -0.5874140E+00
14 -0.1560883E+01 -0.1689324E+01 -0.1757548E+01
15 -0.1561048E+01 0.1691423E+01 -0.1757433E+01
16 -0.3031437E+01 0.8237227E-03 0.1479703E+01
17 -0.5507702E+01 0.4416377E-03 0.8366432E+00
18 -0.6839529E+01 0.2266889E+01 0.5684281E+00
19 -0.6838789E+01 -0.2266611E+01 0.5688231E+00
20 -0.9415263E+01 0.2290941E+01 0.6270475E-01
21 -0.9414391E+01 -0.2291708E+01 0.6320030E-01
22 -0.1067087E+02 -0.5503266E-03 -0.1884706E+00
23 -0.1041881E+02 0.4065083E+01 -0.1297942E+00
24 -0.1041757E+02 -0.4066124E+01 -0.1288377E+00
25 -0.5108126E+01 0.5335398E+01 0.9512387E+00
26 -0.5105993E+01 -0.5334254E+01 0.9524452E+00
27 -0.1415715E+02 -0.1474737E-02 -0.8734261E+00
28 0.5108451E+01 0.5335641E+01 -0.9511424E+00
29 0.5105716E+01 -0.5334160E+01 -0.9524985E+00
30 0.1415719E+02 -0.1820109E-02 0.8732954E+00
END
ELEC
1 0.0
END
*REACT2
STATUS 2
GEOM
31 0.0000000E+01 0.0000000E+01 0.2047665E+00
32 0.0000000E+01 0.0000000E+01 -0.1638132E+01
END
ELEC
2 0.0
2 0.000637887
END
[图片]
[图片]求大神指教，这里是根据什么填的啊
Polyrate的.dat文件
A:
你看看是否是体系的自旋多重度
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2016.03.02 03:50:36
Q:
请问一下大家，HONTO和LUNTO这样的表述合适吗？如果是全称的话是不是应该叫做highest occupied natural transition orbital?
A:
可以，你说清楚了就行
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2016.03.02 04:43:25
Q:
[图片]
请问各位老师一个问题，用acpype生成一小分子的gmx力场文件，在生成的文件里查看proper二面角项，发现有两个值，如下图所示（不好意思，图小）
[图片]
这两个列值对应同一个二面角，不同之处在于，一个的phase是180，而另外一个是0，并且后边的kd相差10倍。
请问有经验的老师，这两个值应该用哪一个呢？
多谢多谢多谢.
A:
这是func 9型二面角，这种情况下是多个二面角参数累加在一起。
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2016.03.02 06:52:04
Q:
各位老师，
加D3优化一个过渡态，又多了两个小虚频，如何把它们消除掉？没加empiricaldispersion=GD3BJ 时只有一个虚频。
A:
BJ阻尼优化后算频率这是正常的。
算频率的目的不要用BJ阻尼
详细见此http://bbs.keinsci.com/thread-2410-1-1.html
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2016.03.02 07:22:51
Q:
请问今年有培训班吗？
A:
有
每年都有
Q:
会有MS的班吗？
A:
不会有，这部分培训创腾在把持着，自己办这方面培训估计也会因版权问题被找麻烦
Q:
可以和去年一样一起报2个班吗？@Sobereva
A:
可
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2016.03.02 08:57:04
Q:
When the distance
between Fe and O atoms is less than 2.1 angstrom then draw a bond."
And if you go over that threshold distance then the bond is not shown。
请问老师，gaussianview不能显示大于2.1埃键长吗？
A:
自己连上就行
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2016.03.02 09:04:33
Q:
请教各位老师，用什么方法能够计算分子的尺寸？我的结构是用gaussian优化得到的
A:
谈谈分子半径的计算和分子形状的描述
http://sobereva.com/190
谈谈分子体积的计算
http://sobereva.com/102
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2016.03.02 09:06:40
Q:
请问如何用高斯建碳纳米管模型？
A:
最好用nanotube modeler建，最方便易用
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2016.03.02 09:19:03
Q:
唉，又是
Error termination in NtrErr:
NtrErr Called from FileIO.
怎么办呐？
A:
看具体情况
通常来说，要么硬盘写满了，要么关键词有问题
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2016.03.02 09:35:19
Q:
NICS(1)_ZZ与NICS(1)的区别能不能这样理解：在平面上方或下方1埃的位置，称为NICS(1)，是磁屏蔽张量XX、YY、ZZ之和的平均值位置的芳香性，而在平面上方或下方1埃的位置垂直于环平面的Z轴方向位置的芳香性，最适合体现pi芳香性？写paper时一般用哪一个好一些？
A:
看这里关于NICS的讨论
衡量芳香性的方法以及在Multiwfn中的计算
http://sobereva.com/176
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2016.03.02 09:48:11
Q:
请大家帮忙看看，我用VMD软件做RDG图时，我的命令行输出是否异常，[图片]，谢谢啦
因为我做出来的图没有弱相互作用，但是他有SPIKE
而且我用函数1，13做出来的图有弱相互作用
不知道原因出在哪里，求帮忙啊
A:
从显示的格点信息来看貌似你的体系是平面体系，记得设定格点时延展距离不要设为0，否则垂直于平面那个方向没有数据
Q:
是的老师，那应该设为多少合适
老师，您好，是应该在multiwfn里面改吧，0.5合适吗
A:
对平面体系，延展距离建议起码设2
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2016.03.03 03:16:44
Q:
gview打开log文件是，提示“Error reading ESP atomic charge data” 这个信息，但我就是需要ESP电荷，是什么问题呢？
这个任务是在优化了的基础上调用chk文件进行的，关键词是density=check pop=CHelpG
A:
自己从输出文件中读取CHELPG电荷就完了
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2016.03.03 03:16:44
Q:
请问用高斯计算分子基态和激发态时，怎样生成WFN文件。具体的做法是怎样的呢
奥，是关键词加上这个就可以得到WFN文件吗
A:
Multiwfn手册第四章开头有说明，也可以看此文作激发态密度差图的例子
使用Multiwfn作电子密度差图
http://sobereva.com/113
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2016.03.03 03:16:44
Q:
[图片]
请问为什么通过态密度可以分析电子的跃迁？
A:
你看价带顶和导带底的PDOS，就能知道是什么原子轨道跃迁到什么原子轨道
----------------------------------------------------
2016.03.03 03:16:44
Q:
multiwfn有培训班吗？
您是决策层吗？
开网络培训不[表情]
诚切的希望5/6月份能来上海办，我可以协助帮忙
A:
培训班13年、15年共开过两届了，以后还会有，但下一届时间目前没定，不会在今年上半年
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2016.03.03 03:16:44
Q:
SOB老师，问一下怎么做二面角的概率分布啊？gromacs里gmx angle里有二面角随时间的变化，但是不知道怎么做它的概率分布？@Sobereva
A:
你可以导入到origin里做一下频数统计
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2016.03.03 03:21:30
Q:
各位老师，请问multiwfn怎么输出分子轨道系数？谢谢@Sobereva
A:
高斯里用pop=full就行，也可以在Multiwfn里用主功能6的选项4来输出
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2016.03.03 03:21:30
Q:
你好请问用Multiwfn做拓扑分析找到临界点之后 [图片] 怎么把这些数据给保存出来新手多谢
A:
看手册5.4节
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2016.03.03 03:21:48
Q:
sob老师，http://erg.biophys.msu.ru/erg/tpp/这个在线生成oplsaa参数的工具不能用了，有没有什么解决办法？@Sobereva
A:
网页能打开啊
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2016.03.03 03:22:21
Q:
您好，我想问一下常温25度下活化能超过多少的反应不能进行呢？？？
老师我在查文献的时候有人提出140度下活化能大于40kcal/mol的反应不能进行，根据这点判断反应能否进行，请问这样是合理的吗？我计算得到的活化能很多都大于40kcal/mol，实验的实际反应温度为80度，是不是这些活化能大于40kcal/mol的反应都不能进行呢？@Sobereva
我计算的值偏大的原因可能是什么呢，请指教
A:
你直接按TST理论算算该温度和势垒下的反应速率常数和半衰期就知道了
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2016.03.03 03:26:21
Q:
请问sob老师，[图片]这种图是用[图片]功能5实现的吗
A:
是
----------------------------------------------------
2016.03.03 03:27:20
Q:
Sob老师，genmer所有的原子都能算么，刚试了下，没有Ga原子
还是我操作没有搞懂？
知道怎么弄的了
A:
你自己写个对应于Ga原子的.xyz文件就行了。genmer可以生成含任意元素的结构，只要你提供了单体的.xyz文件即可。
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2016.03.03 04:25:47
Q:
有某篇材料中提到“寻找某振动模式的振动频率与其振动熵的相关性”,（因为振动熵本来就是振动频率算出来的，根本就不用寻找）所以文中的这句话是不是不合适？
A:
某个振动模式对振动熵的贡献直接用Shermo程序就能算出来，所以这话显得莫名其妙
----------------------------------------------------
2016.03.03 07:31:09
Q:
请问高斯默认的iop(1/8)等于多少来着？
A:
30
----------------------------------------------------
2016.03.03 07:47:10
Q:
老师，请问金属U应该用什么基组？[表情]
A:
SDD
----------------------------------------------------
2016.03.03 08:34:51
Q:
Sob老师，关于5月份的Gromacs分子动力学培训，我没有使用过那个软件，但是用Amber做过几次完整的模拟和简单的分析，请问这种情况下需要做什么准备再来参加培训吗？
A:
那就不用准备其它的了
PS：这个班时间可能会有所变动（往后延）
----------------------------------------------------
2016.03.03 09:32:52
Q:
有效势方法哪里有介绍
[表情]
A:
赝势的函数形式以及在量子化学程序中定义的方式
http://sobereva.com/188
Q:
你的意思是想说赝势是有效势方法的一种了？
A:
有效势指代不明
一般说有效核势
赝势(Pseudopotential)和模型势(Model potential)都属于有效核势(ECP)
----------------------------------------------------
2016.03.03 09:41:08
Q:
想问一下群主！我用NBO方法计算分子中各个片段对HOMO和LUMO能级的贡献。使用multiwfn软件连续操作和分别操作的结果不一样，为什么？
A:
并没发现不一样
Q:
请问老师用的是哪个版本
multiwfn软件
A:
最新版
3.3.9(dev)
我用的examples\H2O_NAOMO.out测试的
----------------------------------------------------
2016.03.03 10:19:04
Q:
哦，错了，应该问有效核势方法属于相对论密度泛函理论范畴吗？
A:
没必然联系。有的有效核势是不考虑相对论效应的，考虑的具体成为相对论有效核势
----------------------------------------------------
2016.03.03 10:22:00
Q:
Sob老师，在您博文“使用Multiwfn做电荷分解分析(CDA)、绘制轨道相互作用图”中看到后HF方法。这个指的是什么方法
A:
微扰、耦合簇、CI这些
Q:
Sob老师，微扰，耦合簇，CI这些我从来没有接触过，但是我可否这么理解，他们这些往大了说，还是属于HF
A:
你还是看看基础量化书吧
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2016.03.03 10:19:25
Q:
老师，我想问一下，在用高斯优化含有石墨烯的材料结构时需要做什么特殊的设置吗？
A:
看具体体系
Q:
是石墨烯和另外一个分子通过共轭作用结合的
A:
列出关键词
最好有图
Q:
[图片]
优化一直得不到好的构型
[图片]
先用的最小的基组优化的
但是优化的趋势不对，而且层间距也不是想要的结果
A:
这种级别对这种体系完全没法用。B3LYP众所周知不能描述色散作用
什么级别合适看这些文章
乱谈DFT-D
http://sobereva.com/83
DFT-D色散校正的使用
http://sobereva.com/210
大体系弱相互作用计算的解决之道
http://sobereva.com/214
Q:
是，我是用的DFT-D2
老师，是我的结构有什么问题吗？有人用VASP优化的体系的层间距比我的要小很多
A:
关键词问题，计算级别不合理，刚才已经提到了，哪有用STO-3G的
----------------------------------------------------
2016.03.03 10:26:09
Q:
请问各位大神，那个怎么用高斯查看分子内的氢键，这个氢键是要自己找吗？有没有软件可以直接显示啊
还有问一下大神，这个红移和蓝移的氢键要怎么分析，
A:
可以用Multiwfn做RDG分析或AIM分析，见
使用Multiwfn图形化研究弱相互作用
http://sobereva.com/68
使用Multiwfn做拓扑分析以及计算孤对电子角度
http://sobereva.com/108
----------------------------------------------------
2016.03.03 10:37:08
Q:
[图片] 老师，这个是激发态吗？
A:
跟激发态没关系
Q:
这个就是它的振动模式吧？
A:
y
Q:
我同学给我的一个图让我帮它算CO2 要得到像这个图的结果我就纳闷这根本不是什么激发态得到这个直接进行OPT+FRE就OK了吧？老师
A:
是
Q:
老师我的那个图是只要进行OPT+FRE计算就可以得到分子的振动模式吧？@Sobereva
A:
y
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2016.03.03 10:37:36
Q:
老师您好，我计算的是激发态的频率，带电子的体系一直不结束，需要加其他关键词加快收敛吗？
# freq td b3lyp/3-21g geom=connectivity
Title Card Required
1 2
频率接着算的关键词是
# freq td b3lyp/3-21g geom=check guess=read这样有问题吗？
A:
没问题。基组够烂的
----------------------------------------------------
2016.03.03 10:55:21
Q:
优化至过渡态，需要指定开壳层吗？
A:
不用
----------------------------------------------------
2016.03.03 21:29:02
Q:
光谱怎成这个鬼样子
[图片]
怎么回事[表情]
关键词是：[图片]
主配、副配都能算出正常光谱，但把主配和副配一起处就成这样子（加不加过渡金属一样）
是基组，还是方法，还是我做法有问题
[表情]
A:
你先优化下结构再算光谱。如果还这样，仔细看看激发能、振子强度的输出是否异常
----------------------------------------------------
2016.03.03 21:30:41
Q:
设置二维扫描坐标
B 23 48 S 3 -0.285000 假设三个值分别为 a,b,c
B 48 47 S 3 0.285000 假设三个值分别为 1,2,3
那么,gaussian 在扫描的时候,是按什么键长(冻结)顺序去扫描?
a1,b1,c1,a2,b2,c2,a3,b3,c3
还是
a1,a2,a3,b1,b2,b3,c1,c2,c3
还是别的什么顺序?
请问
二维扫描坐标
是这样设置的吗？
# opt=modredundant
.
.
.
B 23 48 S 12 -0.285000
B 48 47 S 12 0.285000
A:
你随便找个体系一测试就知道扫描顺序了
扫描是那么写
Q:
已经测了，那样写是错的。二维坐标不能那么写。
只能写一维坐标
A:
柔性扫描和scan一样可以定义多个被扫描的变量
----------------------------------------------------
2016.03.03 21:43:00
Q:
想问下sob，为何培训班推迟了？
A:
时间太仓促，为保证质量所以推迟
----------------------------------------------------
2016.03.03 21:43:00
Q:
老师，请教一下：使用Gaussian09 D版加色散校正计算后，正常结束，但是所有频率都是NaN。而去掉 EmpiricalDispersion=GD3 这个关键词计算后就能得到正常的freq值。这个问题如何解决？
A:
可能是bug。
Q:
老师，那对于Gaussian 09 D 版关于freq 出现NaN的这个bug,有什么解决办法么？
A:
问客服，或者反复尝试，比如用别的理论方法
----------------------------------------------------
2016.03.03 21:43:00
Q:
AIM分析中，假如核临界点（3，-3）的数目已经等于原子总数，依然提示：
Warning: Some (3,-3) may missing, try to search again with different parameters
可能是哪里出问题？
很久以前听说，投到JPC的话，编辑会看情况帮你调整，例如，你投JPCA，编辑认为JPCC更合适，就调到JPCC。不知是不是真的…
A:
(3,-3)数目不等于原子数时才会有这个提示，不会有例外
----------------------------------------------------
2016.03.03 21:43:00
Q:
老师：您好！您好请问怎样在高斯view中导出红外的频率？谢谢！[图片]
还是必须的一个一个的复制粘贴到excel中，谢谢！
A:
用Multiwfn，能一下子导出，在光谱绘制界面里选-1 Show transition data，然后直接从屏幕上拷贝即可
参见
使用Multiwfn绘制红外、拉曼、UV-Vis、ECD和VCD光谱图
http://sobereva.com/224
----------------------------------------------------
2016.03.03 21:45:58
Q:
请问各位老师，ls的时候明明有0_1log文件，为什么会说不存在呢
[图片] 请问老师，这个按照程序自带的例子就可以运行计算得到结果，为什么我算别的就出现这种问题呢，[图片]怎么解决，谢谢啦！
A:
u_1.log改成u_1.LOG，注意大小写
----------------------------------------------------
2016.03.03 21:45:58
Q:
请教一下，用高斯计算得到的IR谱图跟标准谱图的坐标表示不一样，怎么处理啊？
请问一下，这个IR谱图的纵坐标是什么意思啊？这个是Gaussian模拟给出的结果，乙醇的。[图片]
A:
吸光度，看仪器分析书
----------------------------------------------------
2016.03.03 21:49:56
Q:
[图片]
A:
对
----------------------------------------------------
2016.03.03 21:51:07
Q:
如何判断结构激发能、振子强度的输出是否异常？
A:
看数值大小是否基本合理
和一些输出结果正常的体系对照
参考此文了解光谱是怎么从振子强度和激发能得到的
使用Multiwfn绘制红外、拉曼、UV-Vis、ECD和VCD光谱图
http://sobereva.com/224
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2016.03.03 22:44:33
Q:
[图片]老师优化激发态失败了，咋回事咋办
A:
无非又是优化不收敛
看优化曲线，尝试减小步长上限
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2016.03.03 22:46:58
Q:
Sob老师，请问刚刚截图的错误是什么原因***Error*** : Trying to read MOs without knowing the number of basis sets
麻烦老师了
A:
脚本读取高斯输出文件有误，你仔细看看源代码，调试调试就明白了
Q:
源代码是哪个的源代码
A:
你运行的程序的源码
Q:
是从公社里给的网址下载的，调试的话完全不懂，老师能提示一下吗
A:
网址是哪个？
Q:
这个程序 [图片]我找找网址，您稍等
A:
这个程序自带了源码，自行看看
Q:
[图片]
老师，请问是因为高斯版本的问题吗
A:
可以试试用g03的结果
Q:
恩，谢谢老师，那要在服务器里安装g03了
老师，这个程序能不能在windows下运行，
A:
很难
Q:
请问各位老师，出现这样的错误怎么办，是文件的问题吗？Read in S... NBsUse = 46
***Error*** : Trying to read MOs without knowing the number of basis sets
Read in MOs
Read in S... NBsUse = 46
***Error*** : Trying to read MOs without knowing the number of basis sets
Read in MOs
Read in S... NBsUse = 92
***Error*** : Trying to read MOs without knowing the number of basis sets
Read in MOs
A:
把弥散去了试试。用了弥散容易导致基函数线性依赖，造成MO数和实际基函数数目不符，可能导致程序无法正确判断。
Q:
试了，原先我就没加弥散，也出了那样的错误error，然后才比着例子加了弥散，还是不对
[图片]右边是例子里的输出文件，左边是我按照readme重复的例子得到的输出文件，比对了，觉得没什么区别和差错，但是处理数据的时候就出现那种错误了
A:
仔细对比输出文件
Q:
3/32=2去掉线性行不行？
A:
虽然可以避免去除线性依赖基函数，但此时可能有数值不稳定性问题
有时会看到比如输出的轨道系数有星号之类
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2016.03.03 22:47:25
Q:
请问，成键的时候，成键原子在相互靠近过程中，前线轨道开始接触的时候，这个时候的键距，是不是离过渡态的键距很近了？
A:
还有一定距离
Q:
是还要缩短？还是要延长键距？
A:
还要缩短
Q:
缩短到什么程度好呢？
A:
这不好说。
轨道刚刚重叠还没怎么成键呢，过渡态差不多是旧键破坏和新键形成程度都差不多时
择情而定
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2016.03.04 06:15:01
Q:
弱弱问下 VMD下面显示原子编号的指令是什么谢谢
A:
这是最简单的方法
在VMD中显示原子序号的方法
http://sobereva.com/197
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2016.03.04 06:16:41
Q:
请问我的方法写的是oniom(b3lyp/6-31+g(d):am1)，电荷和自旋多重度写的是0 1.这样对吗？
还是0 1 0 1 0 1 呢，搞不懂这个[表情]
勒个。。请问我的方法写的是oniom(b3lyp/6-31+g(d):am1)，电荷和自旋多重度写的是0 1.这样对吗？
[表情]
A:
和你体系有关，按体系实际来写
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2016.03.04 06:16:41
Q:
sob老师您好，您在博客上曾经讲过，counterpoise和scrf不能联用，需要手动。我计算的是两个分子吸附，相互作用能也就20kcal/mol的量级上。但是我手动用鬼原子方法考虑BSSE，在scrf水中，发现BSSE竟然是个负数。带着鬼原子算出一个片段的能量比不带鬼原子能量还高了，而刚刚我也验证了，在真空中，带鬼原子能量是比不带更低的。
请问sob老师，在溶剂环境下考虑BSSE是不是有矛盾的呢
另外，请问sob老师，溶液环境下考虑bsse，可不可以强制把结构在真空中做个counterpoise，求出bsse，然后加在不考虑bsse的溶液条件下求出的相互作用能上去。
A:
可以
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2016.03.04 06:57:19
Q:
sob 老师，算condensed Fukui function and condensed dual
descriptor的本质是不是就是算 Hirshfeld charge 或NPA charge的带点体系的差值呀
其实就是电荷差！！！
A:
所有原子电荷都可以用来算简缩福井函数或简缩双描述符，通常推荐用Hirshfeld。
直接算福井函数/双描述符是作密度差，算简缩的版本是算原子电荷差
Q:
ADCH 会不会更好？
A:
根据经验还是Hirshfeld更适合此目的
Q:
谢谢老师。[表情] 我想预测富勒烯的反映位点，老师有什么推荐的方法吗
A:
福井函数或双描述符，结合ALIE一起用
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2016.03.04 08:31:27
Q:
请问，高斯oniom模型做优化，底层采用力场方法，一般能处理多少个原子？
A:
上千可以，好几千可能够呛，不如用专门的程序
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2016.03.04 08:31:35
Q:
请问老师，优化结构的时候出现这样的错误应该怎么解决[图片]
A:
opt=cartesian
Q:
您的意思是，分子说明部分使用cartesian坐标吗？
A:
我是指琼雪百合的那个问题
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2016.03.04 08:43:51
Q:
老师好，请问，做过渡态初猜，摆原子的时候，两个成键原子靠拢，是按前线轨道形成最大重叠的方向相互靠拢吗？
A:
不用管前线轨道，你就根据结构凭直觉摆就行，差不多就是反应物和产物之间的结构
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2016.03.04 09:50:15
Q:
[图片]构象搜素出现负值，是什么原因？
A:
很正常
相对于参照结构能量更低
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2016.03.04 09:57:29
Q:
那进行ECD计算时，是选取负值最小，或是说越负，能力越低的进行？
A:
对
但如果根据玻尔兹曼分布，发现有多个构象出现比例都较大，就必须挨个进行计算，然后对ECD谱进行权重平均
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2016.03.04 09:58:54
Q:
请问各位大师，高斯计算，默认是0K还是298K,在网上查怎么有两种答案呢
A:
298.15K
Q:
那我们平时读的零点矫正能，都是298.15K?
A:
零点能和温度无关
零点能是0K下分子振动对内能的贡献
Q:
假如我想给高斯一个1个大气压，500K，这个该如何设置呢？
A:
temperature=500
Q:
#p pbepbe/6-31G(d,p) opt Temperature=400这样就可了吗？
A:
几何优化又不依赖于温度
temperature关键词是对于freq而言的
Q:
sob老师，意思是，假如我现在已经优化好一个结构，想算100K,300K,500K，只要把优化好的结构提出来，单算频率的时候，加上temperature=100K活着300K，就可以？@Sobereva
A:
对
只要算完一次频率，用自带的freqchk或者kisthelp程序就可以立刻直接得到其它温度下的热力学量。
Q:
嗯。您说的这个kisthelp是什么程序呢？不是直接从这里读取吗？[图片]
A:
你这里读到的只是你设的temperature温度下的
使用KiSThelP结合Gaussian基于过渡态理论计算反应速率常数
http://sobereva.com/246
我写的shermo也可以计算任意温度下的热力学量
Shermo：计算气相分子配分函数和热力学数据的简单程序
http://sobereva.com/315
即曰：你不用算不同温度热力学量的时候还非得结合不同的temperature设定重新做一次freq
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2016.03.04 12:52:49
Q:
GauasView能用鼠标旋转一个片段么？
A:
得按住alt，并且把此片段与其它部分的成键都去掉
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2016.03.04 13:12:51
Q:
老师，计算NPA电荷最小的基组是什么？我的基组自洽场迭代不收敛，想降低基组
A:
6-31G*
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2016.03.04 13:21:28
Q:
[图片]好象fchk文件行不通。我建议四种方法：（1）此片段或小分子删除，再添加，就可以旋转了。（2）可以用PS处理。（3）可以利用[图片]改变键长，键角达到目的。（4）可能是自己画的在两个图层中，计算后的结果在一个图层中，所以可以修改原子坐标，保存完再打开试试。这只是个人观点，仅供参考。
A:
fch文件也一样
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2016.03.04 13:23:42
Q:
请问sob老师有用VMD计算几何偏差的帖子吗
A:
在VMD中计算RMSD衡量两个结构间的几何偏差
http://sobereva.com/290
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2016.03.04 14:06:33
Q:
[图片]
http://www.keinsci.com/
北大离安贞西里还是很远的
格林豪泰[表情]好贵的吧
A:
两百多 per day
Q:
暑假是不是还有基础量子化学培训班，现在想去去不了[表情]
5天包住宿吗 [图片]
A:
暑假没有，下半年开学期间有
Q:
大约几月份呢
A:
住宿自理
参考之前培训通知
http://www.keinsci.com/workshop/2015SKBQC_ann1.html
Q:
为什么动力学班写的是七月份？
A:
因为就是如此
Q:
[表情]看来得实时观测啊
老师，今年的基础班的内容是不是增加了很多？
A:
恩，所以扩容到5天
若无意外，还有福利
Q:
会不会还是讲不完？
A:
no会
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2016.03.04 14:27:11
Q:
噫~~能不能用两天周末啊，连一个星期略难[表情]
[图片]用两天周末，比如周五-周二，周五偷偷跑，周六没人管，请两天假就行了
A:
经过和场地方协商，培训日期往前挪了两天，从周六开始，以便参加者少请假
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2016.03.04 14:33:39
Q:
请问这样写哪里有问题？#p opt freq=noraman PBE/3-21G optcyc=600
泛函不能写PBE
[表情]除了#P opt 之外每个都有槽点
简直是上机考试题
A:
应#p opt freq PBEPBE/6-31G*
Q:
[图片]基组也太小了
为什么要写两个PBE？
A:
看见noraman就烦
Q:
好的为什么noraman烦
A:
多余
Q:
这样
明白~
这货如何兴起的
A:
[图片]
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2016.03.04 14:55:21
Q:
请问老师结合能怎么算？如对于1+2--3的反应，A师姐告诉我把3的结构优化好，单点能计算，命令行写上Counterpoise=2，最后在log中搜索scf done用第一个单点能-第二个单点能值-第三个单点能值=结合能；B师姐告诉我把1,2,3分别优化后，分别计算单点能，然后3-1-2的单点能即为结合能，请教老师，哪一种方法正确啊？
A:
怎么算，取决于计算结合能时是否考虑BSSE校正，以及是否考虑单体在形成复合物过程中的变形能
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2016.03.04 14:59:56
Q:
基础班和上一次内容有区别么？
基础班和上一次内容有区别么？
A:
很容有很大扩充、改进
比起第一届的时候幻灯片的量已经增加近一倍了
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2016.03.04 15:04:59
Q:
zai Multiwfn中，4.100.8中做的能量分解的列子当中，[图片]，E-SCF-1st是在哪里找到的能量呢
A:
输出文件中搜scf done，第一次出现时后面的值
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2016.03.04 15:06:03
Q:
SOB老师，用VMD计算出几何偏差的avg、min、max都是只有数值，这个结果有单位吗
A:
若指RMSD的这些量，从RMSD的公式看，显然单位是埃
单位是埃平方
说错了，就是埃。RMS是埃平方
MSD是埃平方
不开根号，即MSD，就是埃平方；开了根号，即RMSD，就是埃
[图片]
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