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标题: 请教VMD输出所有轨迹到一个PDB文件的代码 [打印本页]

作者
Author: Markmahao 时间: 2022-2-22 14:39
标题: 请教VMD输出所有轨迹到一个PDB文件的代码
各位老师好，如题，想请教各位当把轨迹导入到VMD时，如何用代码能在轨迹导完的同时将所有轨迹文件存到一个PDB文件中？之前的操作是这样，例如：
mol addfile C:\\xxx.xtc
（这里好像缺了什么）
animate write pdb {C:/all.pdb} beg 1 end 10 skip 100 0

初衷是结合python中的subprocess实现轨迹的自动处理。但是好像是代码执行速度远快于读取速度的问题，文件通常只存了两到三个轨迹，轨迹还在继续导入中。所以请教各位老师VMD中有没有类似time.sleep()这种操作或者其他好的思路，十分感谢！

作者
Author: sobereva 时间: 2022-2-22 20:52
如果你是嫌轨迹载入慢，mol addfile C:\\xxx.xtc改成mol addfile C:\\xxx.xtc waitfor all

作者
Author: Markmahao 时间: 2022-2-22 21:51

sobereva 发表于 2022-2-22 20:52
如果你是嫌轨迹载入慢，mol addfile C:\\xxx.xtc改成mol addfile C:\\xxx.xtc waitfor all

谢谢sob老师，这个可以解决。

作者
Author: Jotaro 时间: 2022-3-1 16:14
本帖最后由 Jotaro 于 2022-3-1 16:15 编辑

如果有gmx的可以考虑 gmx trjconv -f md.xtc -s md.tpr -sep -b 起始帧 -e 结束帧 -o md.pdb 其中-sep表示每一帧都写入pdb

作者
Author: Markmahao 时间: 2022-3-1 17:15

Jotaro 发表于 2022-3-1 16:14
如果有gmx的可以考虑 gmx trjconv -f md.xtc -s md.tpr -sep -b 起始帧 -e 结束帧 -o md.pdb 其中-sep表示 ...

这个简单，我试试，谢谢！

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