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标题: RMSD大约多大的时候就可以认为结构是稳定的？ [打印本页]

作者
Author: Aesar 时间: 2016-3-4 22:42
标题: RMSD大约多大的时候就可以认为结构是稳定的？
如题。请问，跑分子动力学以后，分析它的RMSD，这个数值要到多小就可以证明结构已经趋于一个热力学稳定太了？

另外，RMSD还可以在某个原子的周围来做吗？如果可以的话，是什么意思呢？

作者
Author: sobereva 时间: 2016-3-4 23:50
这个问法有问题。
得明确是跑什么体系，对谁、以什么结构为参考来做RMSD。对于跑蛋白质分子动力学，若以第一帧为参考，显然RMSD不会逐渐越跑越小，而是一开始先变大，然后进入平稳状态（除非又陷入另一种构象对应的势阱里，会造成RMSD曲线变化明显）

算RMSD必须指定原子编号。比如你可以对第一帧的时候确定某个原子附近一定距离内的原子的序号，然后统计模拟过程中这部分原子的RMSD曲线。但是这么做往往有个问题，就是模拟过程中原子可能会发生扩散，模拟一段时间后被统计的那些原子就不在选定的那个原子附近了。

作者
Author: 3044305615 时间: 2016-3-5 11:46

sobereva 发表于 2016-3-4 23:50
这个问法有问题。
得明确是跑什么体系，对谁、以什么结构为参考来做RMSD。对于跑蛋白质分子动力学，若以第 ...

请问老师，选取第一帧的结构为参考有意义么？如果依照其中一部分的平均取参考判断呢

作者
Author: Aesar 时间: 2016-3-5 21:00

sobereva 发表于 2016-3-4 23:50
这个问法有问题。
得明确是跑什么体系，对谁、以什么结构为参考来做RMSD。对于跑蛋白质分子动力学，若以第 ...

好的！谢谢老师

作者
Author: sobereva 时间: 2016-3-6 02:07

3044305615 发表于 2016-3-5 11:46
请问老师，选取第一帧的结构为参考有意义么？如果依照其中一部分的平均取参考判断呢

你可以取一段轨迹的中点附近的结构，但取平均结构毫无意义，会明显有键长键角不合理的情况。
通常都是取第一帧，因为这是最初的哪一帧，有唯一性。

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