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标题: 请问如何将中性分子转变为阳离子 [打印本页]

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Author: 航迹云的彼方 时间: 2022-2-22 21:39
标题: 请问如何将中性分子转变为阳离子
计算小白，最近在优化激发态。因为是晶体所以想用ONIOM，思路一直参考本站的方法。先用VMD分离出团簇优化氢原子，然后用optflag将环境分子冻结。用Multiwfn得出静电势，环境分子中性，中心分子带正电荷，但我的化合物是中性的，不知道该用什么方法才能得到阳离子的fch文件，想请教各位大佬。

作者
Author: sobereva 时间: 2022-2-22 22:39
既然化合物是中性的，怎么在晶体中就成了带正电荷了？到底是什么分子？

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Author: 航迹云的彼方 时间: 2022-2-23 09:14

sobereva 发表于 2022-2-22 22:39
既然化合物是中性的，怎么在晶体中就成了带正电荷了？到底是什么分子？

sob老师是这样的，我是按照您的文章http://sobereva.com/332操作的，里面用setcharge给indigo分子加上电荷。
操作里面说:所有indigo分子设定在indigo孤立状态下算出的CHELPG电荷，并且假定中间的indigo分子带+1电荷，因此要给它赋上indigo阳离子状态下计算的CHELPG电荷。
我的理解为中间分子带+1电荷是为了后面激发态优化时能将环境分子对中间分子的静电作用力也考虑进去，因此也要将这步放到了我的化合物计算过程中，不知道我这样理解对不对

作者
Author: sobereva 时间: 2022-2-23 09:47

航迹云的彼方发表于 2022-2-23 09:14
sob老师是这样的，我是按照您的文章http://sobereva.com/332操作的，里面用setcharge给indigo分子加上电 ...

文中仅仅只是举个例子而已，把中间的设成带+1电荷那是在计算重组能的时候通常才会涉及的。你当前研究激发态问题根本不牵扯这种情况，显然中间的分子还是中性的。

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Author: 航迹云的彼方 时间: 2022-2-23 10:26

sobereva 发表于 2022-2-23 09:47
文中仅仅只是举个例子而已，把中间的设成带+1电荷那是在计算重组能的时候通常才会涉及的。你当前研究激发 ...

好的了解了，谢谢sob老师

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