计算化学公社

标题: 求助centos7.6上能否装CP2K [打印本页]
作者
Author: 静哥哥    时间: 2022-2-23 16:09
标题: 求助centos7.6上能否装CP2K
各位大佬好：
     年前根据社长帖子的推荐，购买了顶级双路服务器8375c那个配置，折腾了一周，终于按照社长帖子陆续装好了centos7、parallel_studio_xe_2019_update1_cluster_edition以及vasp5.4.4等软件，目前软件运行良好。我的研究方向是利用原位透射电镜研究氧化物表面重构、晶界等，主要集中于DFT的计算，模型比较大，原子数一般在200+，结果优化太慢了！！    看一些帖子说可以利用cp2k进行结构优化，再用vasp进行后续计算。但是我的系统是centos7.6，gcc是4.8.5版本，不符合社长帖子“CP2K第一性原理程序在CentOS中的简易安装方法”的要求。在虚拟机上试了下升级gcc后vasp就容易报错，没办法只能回滚。目前不敢在刚弄好的服务器上升级gcc并装cp2k。
    所以在这里请教大家还有没有其他方法装cp2k？前提是不影响我刚装好的系统。docker-singularity方法？看帖子好像也是容易报错。还是说升级到centos8？一想到重新装系统装软件就麻烦。



作者
Author: highlight    时间: 2022-2-23 16:35
centos7 下可以这样部分解决需要高版本 gcc 的问题：
比如你需要 gcc-9.3.1，就可以安装
yum install centos-release-scl
yum install devtoolset-9-gcc devtoolset-9-gcc-c++ devtoolset-9-gcc-gfortran devtoolset-9-liblsan-devel

使用的时候 scl enable devtoolset-9 bash，gcc 版本就会变成 9.3.1
不需要时 exit，gcc 就会变回 4.8.5
作者
Author: abin    时间: 2022-2-23 16:56
本帖最后由 abin 于 2022-2-23 17:02 编辑

"docker-singularity方法？看帖子好像也是容易报错。"
你不会用吧?

docker-singularity方案,仅仅是不方便被其他程序调用而已.
比如部署了g09, 又要使用A程序来中途调用g09, 可能比较麻烦.

另，如果追求效率，
建议采用intel套件，编译要用到的所有组件，
而非仅仅编译cp2k本体。
作者
Author: 静哥哥    时间: 2022-2-23 17:08
highlight 发表于 2022-2-23 16:35
centos7 下可以这样部分解决需要高版本 gcc 的问题：
比如你需要 gcc-9.3.1，就可以安装

这是个办法，谢谢您
作者
Author: 静哥哥    时间: 2022-2-23 17:09
abin 发表于 2022-2-23 16:56
"docker-singularity方法？看帖子好像也是容易报错。"
你不会用吧?

的确不会用，但是可以试试
作者
Author: sobereva    时间: 2022-2-23 18:19
都装了新机子居然还用CentOS 7，以后编译新程序时破事多得很
作者
Author: 静哥哥    时间: 2022-2-23 18:32
sobereva 发表于 2022-2-23 18:19
都装了新机子居然还用CentOS 7，以后编译新程序时破事多得很

社长，新手怕出错，所以按照您帖子版本进行安装的。现在装系统装软件都比较熟悉了，所以准备整个最新版本试试cp2k。

对了，我想请问下您，能否用cp2k进行结构优化，再用vasp进行后续计算呢？另外，对于晶界这种模型，200多个原子，结构优化效率到底能提升多少呢。我昨天中午用vasp跑了一个250个原子的模型，现在还在跑，感觉有点慢。
作者
Author: 夜色七    时间: 2023-4-17 20:39
sobereva 发表于 2022-2-23 18:19
都装了新机子居然还用CentOS 7，以后编译新程序时破事多得很

新机子建议装什么系统
作者
Author: anson    时间: 2023-4-17 21:09
夜色七 发表于 2023-4-17 20:39
新机子建议装什么系统

直接Rocky Linux 9一步到位
作者
Author: sobereva    时间: 2023-4-18 00:21
静哥哥 发表于 2022-2-23 18:32
社长，新手怕出错，所以按照您帖子版本进行安装的。现在装系统装软件都比较熟悉了，所以准备整个最新版本 ...

能。但仅限那些不需要和优化级别严格一致的任务，诸如不能VASP基于CP2K优化的结构做振动分析

这种大小的体系，一般双路服务器用纯泛函优化，CP2K几个小时内就完事



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