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标题: 求教，Invalid order for directive atomtypes错误，根据其他帖子修改后还是错误 [打印本页]

作者
Author: 494085639 时间: 2022-2-23 16:28
标题: 求教，Invalid order for directive atomtypes错误，根据其他帖子修改后还是错误
老师您好，我根据其他帖子在TOP文件中添加了[ atomtypes ]部分后依旧会报错，不知道是不是添加的有问题，想请教下如何修改，附件有top和itp文件，谢谢各位老师
添加前错误
Fatal error:
Syntax error - File FES1.itp, line 3
Last line read:
'[ atomtypes ]'
Invalid order for directive atomtypes

添加后错误
Fatal error:
Syntax error - File topol.top, line 20
Last line read:
'[ atomtypes ]'
Invalid order for directive atomtypes
(, 下载次数 Times of downloads: 28)

作者
Author: sobereva 时间: 2022-2-23 18:33
显然开头的[ atomtypes ]部分必须挪到引入forcefield.itp之后

最老生常谈的问题

(, 下载次数 Times of downloads: 46)

作者
Author: 494085639 时间: 2022-2-24 19:56

sobereva 发表于 2022-2-23 18:33
显然开头的[ atomtypes ]部分必须挪到引入forcefield.itp之后

最老生常谈的问题

老师麻烦您，我更改以后依然会出现这个错误
Fatal error:
Syntax error - File FES1.itp, line 3
Last line read:
'[ atomtypes ]'
Invalid order for directive atomtypes

这是更改后的文件

; Include forcefield parameters
#include "./amber14sb.ff/forcefield.itp"

[ atomtypes ]
; name       mass    charge ptype    sigma (nm) epsilon (kJ/mol)
sh          0.000000 0.000000 A    3.563595E-01 1.046000E+00
f          0.000000 0.000000 A    3.118146E-01 2.552240E-01
hs          0.000000 0.000000 A    1.069078E-01 6.568880E-02

; Include chain topologies
#include "FAD.itp"
#include "FES1.itp"
#include "FES2.itp"
#include "MOS.itp"
#include "topol_Protein_chain_J.itp"
#include "topol_Protein_chain_K.itp"
#include "topol_Protein_chain_L.itp"

作者
Author: sobereva 时间: 2022-2-24 21:18

494085639 发表于 2022-2-24 19:56
老师麻烦您，我更改以后依然会出现这个错误
Fatal error:
Syntax error - File FES1.itp, line 3

把[ atomtypes ]合并到ffonbonded.itp的[ atomtypes ]里，如果还有问题，说明其它itp里还有这种字段

始终记住grompp看到的是所有include之后都展开后的内容，ppt里明确说了

作者
Author: 494085639 时间: 2022-2-24 22:21

sobereva 发表于 2022-2-24 21:18
把[ atomtypes ]合并到ffonbonded.itp的[ atomtypes ]里，如果还有问题，说明其它itp里还有这种字段

...

谢谢老师我解决了麻烦您了

作者
Author: Z.Zzzzzzz 时间: 2022-6-9 16:40

494085639 发表于 2022-2-24 22:21
谢谢老师我解决了麻烦您了

请问是如何解决的，能把最后解决了的方法和文件附上吗，谢谢

作者
Author: snljty2 时间: 2022-6-9 17:23

Z.Zzzzzzz 发表于 2022-6-9 16:40
请问是如何解决的，能把最后解决了的方法和文件附上吗，谢谢

认真看2L的slide。没法说的更详细了。

作者
Author: 牧生 时间: 2022-6-9 17:41

Z.Zzzzzzz 发表于 2022-6-9 16:40
请问是如何解决的，能把最后解决了的方法和文件附上吗，谢谢

http://bbs.keinsci.com/thread-19761-1-1.html

作者
Author: Z.Zzzzzzz 时间: 2022-6-9 19:31

牧生发表于 2022-6-9 17:41
http://bbs.keinsci.com/thread-19761-1-1.html

感谢

作者
Author: 494085639 时间: 2022-7-21 16:35

Z.Zzzzzzz 发表于 2022-6-9 16:40
请问是如何解决的，能把最后解决了的方法和文件附上吗，谢谢

我是把所有的都合并了，之前还有问题是因为其它itp里有重复的

作者
Author: skypeside 时间: 2022-7-28 10:52
本帖最后由 skypeside 于 2022-7-28 10:56 编辑

您好我想请教一下如果只是做单个配体和蛋白的话也会出现这种情况要如何处理呢？

作者
Author: skypeside 时间: 2022-7-28 10:58
top文件是这样的，它也是显示我报错atomtypes出现顺序错误，尝试用前面方法解决，还是失败了，希望各位老师指教一下

作者
Author: Alpaca 时间: 2023-5-27 21:00

skypeside 发表于 2022-7-28 10:58
top文件是这样的，它也是显示我报错atomtypes出现顺序错误，尝试用前面方法解决，还是失败了，希望各位老师 ...

您好，请问你解决了嘛，我也是单个配体和蛋白质

作者
Author: 暖身贴 时间: 2024-12-11 14:20

Alpaca 发表于 2023-5-27 21:00
您好，请问你解决了嘛，我也是单个配体和蛋白质

您好，请问您解决了嘛，我也是

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