计算化学公社

标题: 含Cl原子的氢键寿命如何计算 [打印本页]

作者
Author: 二饼妹 时间: 2022-2-23 20:20
标题: 含Cl原子的氢键寿命如何计算
想要计算氯化胆碱+甘油形成的低共熔溶剂中不同类型氢键的氢键寿命，已知该体系中大部分氢键是由Cl形成的，但是好像记得gmx hbond -life只能识别N和O作为氢键受体的氢键，那应该怎么计算Cl原子形成的氢键呢？

作者
Author: sobereva 时间: 2022-2-24 10:56
靠VMD自写脚本统计氢键寿命
要么改gmx源代码，令其支持Cl作为氢键受体
一些第三方的轨迹分析库可能也有现成的氢键寿命分析功能，需要自己写一些代码才能用

作者
Author: 二饼妹 时间: 2022-2-24 17:32

sobereva 发表于 2022-2-24 10:56
靠VMD自写脚本统计氢键寿命
要么改gmx源代码，令其支持Cl作为氢键受体
一些第三方的轨迹分析库可能也有现 ...

好的老师，那不同组分之间的相互作用能如何计算呢？如下图这样，我是用gmx energy -f md.edr，无法选择组分

作者
Author: sobereva 时间: 2022-2-24 21:16

二饼妹发表于 2022-2-24 17:32
好的老师，那不同组分之间的相互作用能如何计算呢？如下图这样，我是用gmx energy -f md.edr，无法选择组 ...

mdp里设置能量组，跑出来的edr里才有各个组的能量，才能用gmx energy提取

作者
Author: 二饼妹 时间: 2022-2-25 09:29
本帖最后由二饼妹于 2022-2-25 10:53 编辑

sobereva 发表于 2022-2-24 21:16
mdp里设置能量组，跑出来的edr里才有各个组的能量，才能用gmx energy提取

老师，我重新跑了一个体系，但提取的值除了CHO-CHO为负值之外，其余均为0，如图1，2，3所示，这是为什么呢？CHO：氯化胆碱阳离子；Cl：氯离子；ETG：乙二醇分子以下是修改后的mdp参数如下：
define =
integrator = md
dt       = 0.002
nsteps    = 5000000
comm-grps  = system
energygrps = CHO Cl ETG SOL
cos-acceleration = 0.05
;
nstxout = 1000
nstvout = 1000
nstfout = 1000
nstlog  = 1000
nstenergy = 100
nstxout-compressed = 1000
compressed-x-grps  = system
;
pbc = xyz
cutoff-scheme = Verlet
coulombtype = cut-off
rcoulomb    = 2.5
vdwtype    = cut-off
rvdw       = 2.5
DispCorr    = EnerPres
;
Tcoupl  = V-rescale
tau_t = 1.0 1.0 1.0 1.0
tc_grps = CHO Cl ETG SOL
ref_t = 313.15 313.15 313.15 313.15
;
Pcoupl    = Berendsen
pcoupltype = isotropic
tau_p = 1.0
ref_p = 1.0
compressibility = 4.5e-5
;
gen_vel  = no
gen_temp = 313.15
gen_seed = -1
;
freezegrps  =
freezedim =
constraints = hbonds
constraint_algorithm    = lincs
lincs_order             = 4
lincs_warnangle       = 30
morse                   = no
lincs_iter             = 1

作者
Author: sobereva 时间: 2022-2-25 11:17

二饼妹发表于 2022-2-25 09:29
老师，我重新跑了一个体系，但提取的值除了CHO-CHO为负值之外，其余均为0，如图1，2，3所示，这是为什么 ...

去掉cos-acceleration之类多余的再试

作者
Author: 二饼妹 时间: 2022-2-25 17:35

sobereva 发表于 2022-2-25 11:17
去掉cos-acceleration之类多余的再试

老师，我试了一下，仍然为0

作者
Author: 二饼妹 时间: 2022-2-26 11:44

sobereva 发表于 2022-2-25 11:17
去掉cos-acceleration之类多余的再试

老师，是不是因为在gpu版本下相互作用能就是0，但是如果这样的话一个岂不是要跑好久才出来结果？

作者
Author: sobereva 时间: 2022-2-26 16:13

二饼妹发表于 2022-2-26 11:44
老师，是不是因为在gpu版本下相互作用能就是0，但是如果这样的话一个岂不是要跑好久才出来结果？

跑动力学时候用GPU版，设能量组rerun的时候用CPU版。

作者
Author: 二饼妹 时间: 2022-2-26 16:29
本帖最后由二饼妹于 2022-2-26 16:31 编辑

sobereva 发表于 2022-2-26 16:13
跑动力学时候用GPU版，设能量组rerun的时候用CPU版。

老师那计算相互作用rerun一般跑几ns就可以了呢？（原先的NPT是跑了10ns)
rerun也是接着能量最小化之后跑是吧？

作者
Author: sobereva 时间: 2022-2-26 16:39

二饼妹发表于 2022-2-26 16:29
老师那计算相互作用rerun一般跑几ns就可以了呢？（原先的NPT是跑了10ns)
rerun也是接着能量最小化之后跑 ...

rerun花不了什么时间，一遍也就是几千、几万帧而已，耗时和当初跑轨迹相比不值得一提。原本轨迹跑了多少帧就rerun多少帧（当然，通常取已经平衡的部分rerun）

是否做能量极小化完全看你的目的。如果就是想考察实际MD中的相互作用能显然没必要做能量极小化。

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