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标题: RMSD突变点的相关疑问 [打印本页]

作者
Author: uenh1998 时间: 2022-2-23 21:05
标题: RMSD突变点的相关疑问
本帖最后由 uenh1998 于 2022-2-23 21:35 编辑

各位老师好，最近在做DNA与蛋白质探针的结合分析。跑了20ns的动力学模拟后，分别计算DNA、蛋白质自身的RMSD情况，如图。可见DNA的RMSD有一处突变，突变点对应的蛋白的RMSD也有上升。对该突变点，利用VMD查看对应时间的结构，并与非突变点的结构进行了对比。仔细发现DNA两幅图的结构并无明显差异。但是RMSD却差了4.几nm之多。想问下老师，这个是不是gmx自身计算RMSD时出了点小错误；以及总体来看，可不可以认为DNA链在模拟的时间段内较为稳定呢？用这个图，审稿人会不会打回来不通过。。。（20ns整体来看，复合物只有略微的平移与旋转）
另外，从DNA与蛋白质之间形成氢键的情况来看，RMSD突变时刻对应的氢键数目曲线也有略微的下降，解释为DNA蛋白质结合在这个时刻较弱，同时能够与DNA，蛋白质的RMSD曲线上升对应的上。利用氢键数目曲线这个图，也可不可以认为DNA模拟过程中稳定呢？

作者
Author: sobereva 时间: 2022-2-24 10:51
老生常谈的问题，仔细看第2节
谈谈怎么判断分子动力学模拟是否达到了平衡
http://sobereva.com/627（http://bbs.keinsci.com/thread-27122-1-1.html）

作者
Author: uenh1998 时间: 2022-2-24 14:57

sobereva 发表于 2022-2-24 10:51
老生常谈的问题，仔细看第2节
谈谈怎么判断分子动力学模拟是否达到了平衡
http://sobereva.com/627（http ...

恩明白了，谢谢社长！

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