计算化学公社

标题: gromacs安装过程中gmx文件不存在 [打印本页]

作者
Author: Caca-line 时间: 2022-2-24 10:36
标题: gromacs安装过程中gmx文件不存在
使用的虚拟机安装gromacs，根据视频：GROMACS2018.4在CentOS 7.6下的安装过程演示（https://www.bilibili.com/video/av39749252/）安装，其中cmake和fftw都正常安装上了，但是安装gromacs过程中出现错误提示。

作者
Author: sobereva 时间: 2022-2-24 11:42
看清楚博文里每一个空格
视力不好就直接复制
GROMACS的安装方法（含全程视频演示）
http://sobereva.com/457（http://bbs.keinsci.com/thread-11821-1-1.html）

搞清楚路径，别一会儿/sob一会儿/home/hc/sob

作者
Author: Caca-line 时间: 2022-2-24 12:05

sobereva 发表于 2022-2-24 11:42
看清楚博文里每一个空格
视力不好就直接复制
GROMACS的安装方法（含全程视频演示）

除了前两行获取root权限的，代码总共就3行，这个文件路径都是写的sob，但是提示却是/home/hc/sob,所以是不是sob的位置有问题

作者
Author: snljty 时间: 2022-2-24 14:15

Caca-line 发表于 2022-2-24 12:05
除了前两行获取root权限的，代码总共就3行，这个文件路径都是写的sob，但是提示却是/home/hc/sob,所以是 ...

两个点后面有个空格，卢老师都说了让你认真检查一下空格......

作者
Author: Caca-line 时间: 2022-2-24 16:35

snljty 发表于 2022-2-24 14:15
两个点后面有个空格，卢老师都说了让你认真检查一下空格......

非常感谢您的提醒，经过调整之后有产生了新的错误，无法找到安转的cmake，应该如何处理呢？
错误代码如下：
-- The CXX compiler identification is unknown
CMake Error at CMakeLists.txt:41 (project):
  No CMAKE_CXX_COMPILER could be found.

  Tell CMake where to find the compiler by setting either the environment
  variable "CXX" or the CMake cache entry CMAKE_CXX_COMPILER to the full path
  to the compiler, or to the compiler name if it is in the PATH.

-- Configuring incomplete, errors occurred!
See also "/home/hc/sob/gromacs-2018.8/build/CMakeFiles/CMakeOutput.log".
See also "/home/hc/sob/gromacs-2018.8/build/CMakeFiles/CMakeError.log".

作者
Author: Caca-line 时间: 2022-2-24 16:43

sobereva 发表于 2022-2-24 11:42
看清楚博文里每一个空格
视力不好就直接复制
GROMACS的安装方法（含全程视频演示）

我想问下就是视频中在安装好cmake也没有出现cmake的文件之类的，我安装完了同样也是没有文件出现，所以我想问下这个cmake是安装到了那里？

作者
Author: 牧生 时间: 2022-2-24 16:45
1 安装cmake 3.x

GROMACS 2018需要系统里有cmake 3.x才能编译。CentOS 7.6自带的cmake版本太老，因此需要先装cmake 3.x。

首先运行以下命令，添加EPEL源
yum install epel-release

然后在终端里输入yum install cmake3即可下载和安装cmake包，遇到提示的时候都输入y。之后输入cmake3 /V命令，如果显示出了3.x的版本号就说明没问题了。

注1：如果用yum的时候出现乱七八糟的提示安装不了，把操作系统重启一下往往就好了。

这个操作绝对不会出任何问题

作者
Author: snljty 时间: 2022-2-24 16:53

Caca-line 发表于 2022-2-24 16:35
非常感谢您的提醒，经过调整之后有产生了新的错误，无法找到安转的cmake，应该如何处理呢？
错误代码如 ...

sudo yum install gcc-c++ gcc-gfortran
cmake改成CC=gcc FC=gfortarn CXX=g++ cmake。注意别再看错有没有空格了。

作者
Author: Caca-line 时间: 2022-2-24 17:16

snljty 发表于 2022-2-24 16:53
sudo yum install gcc-c++ gcc-gfortran
cmake改成CC=gcc FC=gfortarn CXX=g++ cmake。注意别再看错有没 ...

我看了报错的问题觉得可能是我系统中没有C++编译器导致的，因为我也是刚开始自学这个，您这边第二行cmake。。。这些内容是要在哪里调整的？
根据第一行代码安装了gcc-c++的编译器，需要在重新安装cmake和fftw吗？

作者
Author: Caca-line 时间: 2022-2-24 18:26
目前gromacs安装的进度条已经走完了，在修改bashrc文件的时候，显示如图所示，依然能够弹出文本框

作者
Author: sobereva 时间: 2022-2-24 21:15

Caca-line 发表于 2022-2-24 18:26
目前gromacs安装的进度条已经走完了，在修改bashrc文件的时候，显示如图所示，依然能够弹出文本框

用vi编辑

作者
Author: changchem 时间: 2023-9-21 16:50
sob老师，按照GROMACS2018.4在CentOS 7.6下的安装过程演示（https://www.bilibili.com/video/av39749252/）安装，其中cmake和fftw都正常安装上了，但是安装gromacs过程中出现如图错误提示，请问怎么处理

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